Ključna razlika između translacije nicka i krajnjeg popunjavanja je ta što je translacija nicka proces koji stvara označene DNK sonde za različite reakcije hibridizacije, dok je end filling tehnika koja stvara zatupljene fragmente dodavanjem nukleotida u jednolančane previse.
Nick prijevod i završetak punjenja su dvije tehnike koje se koriste u molekularnoj biologiji. Nick translacija se koristi za označavanje sondi za hibridizaciju kako bi se otkrile specifične nukleotidne sekvence. Završno punjenje se koristi za izradu tupih fragmenata koji su imali ljepljive krajeve s jednolančanim prevjesima. Obje tehnike imaju veliki značaj i rutinski se izvode u laboratorijama za molekularna istraživanja.
Šta je Nick prevod?
Nick prevođenje je važna tehnika koja se koristi za pripremu označenih sondi za različite molekularno biološke tehnike kao što su bloting, in situ hibridizacija, fluorescentna in situ hibridizacija, itd. To je in vitro metoda obilježavanja DNK. DNK sonde se koriste za identifikaciju specifičnih sekvenci DNK ili RNK. Uz pomoć obilježene sonde, specifični fragmenti se mogu označiti ili vizualizirati iz složene mješavine nukleinske kiseline. Stoga se označene sonde pripremaju različitim tehnikama. Nick translacija je jedna takva metoda koja proizvodi označene sonde uz pomoć enzima DNase 1 i DNK polimeraze 1.
Slika 01: Nick prevod
Nick proces prevođenja počinje aktivnošću enzima DNase 1. DNaza 1 uvodi proreze u fosfatnu kičmu dvolančane DNK cijepanjem fosfodiestarskih veza između nukleotida. Jednom kada se napravi nick, proizvodiće se slobodna 3′ OH grupa nukleotida, a na nju će djelovati enzim DNK polimeraze 1. 5′ do 3′ egzonukleazna aktivnost DNK polimeraze 1 uklanja nukleotide iz ureza prema 3′ smjeru lanca DNK.
Istovremeno, aktivnost polimeraze enzima DNK polimeraze 1 radi i dodaje nukleotide kako bi zamijenili uklonjene nukleotide. Ako su nukleotidi obilježeni, do zamjene će doći označeni nukleotidi i označit će DNK za identifikaciju. Konačno, ova novosintetizirana označena DNK može se koristiti kao sonde u raznim reakcijama hibridizacije.
Šta je kraj punjenja?
End filling je tehnika koja se koristi u molekularnoj biologiji za pravljenje tupih fragmenata. Restrikcionom digestijom nastaju fragmenti sa previsima. Ovi fragmenti možda neće biti kompatibilni za ligiranje u plazmidne vektore. Vektori se često zatupljuju kako bi se omogućilo spajanje nekompatibilnih krajeva. Stoga se fragmenti s previsima mogu zatupiti dodavanjem nukleotida komplementarnom lancu korištenjem prevjesa kao šablona za polimerizaciju. Ovaj proces je poznat kao završno punjenje.
DNK polimeraze kao što je Klenow fragment DNK polimeraze I i T4 DNK polimeraze katalizuju krajnje punjenje. Oni dodaju nukleotide da popune (5′ → 3′) i ponovo žvaću (3′ → 5′). Kada se ljepljivi krajevi popune, postaju tupi i spremni su za vezanje u vektor.
Dalje, završno punjenje se može koristiti za označavanje DNK molekula. Međutim, može se koristiti samo za označavanje molekula DNK sa ljepljivim krajevima. U poređenju sa prevođenjem nicka, popunjavanje kraja je nježnija metoda koja rijetko uzrokuje lomove DNK.
Koje su sličnosti između Nick prevoda i završetka popunjavanja?
- I prevođenje nicka i popunjavanje kraja su molekularne biološke tehnike.
- Mogu se koristiti za označavanje sondi.
- Oba su in vitro
Koja je razlika između Nick prevoda i završetka popunjavanja?
Nick prijevod je tehnika koja stvara označene sonde za hibridizaciju. Nasuprot tome, završno punjenje je tehnika kojom se stvaraju tupi fragmenti za ligaciju u vektore. Dakle, ovo je ključna razlika između prijevoda nicka i popunjavanja kraja. Nadalje, Nick prijevod zahtijeva korištenje aktivnosti egzonukleaze od 5’ do 3′, dok završno punjenje ne zahtijeva aktivnost egzonukleaze od 5’ do 3′.
Infografika ispod prikazuje razlike između prijevoda nicka i krajnjeg popunjavanja detaljnije.
Sažetak – Nick prevod vs Kraj popunjavanja
Nick prijevod je metoda koja uključuje radioaktivno označene nukleotide u DNK. Sintetiše označene sonde na osnovu aktivnosti enzima DNase 1 i E. coli DNK polimeraze 1. Završno punjenje je, s druge strane, tehnika koja proizvodi tupe fragmente. Kada fragmenti imaju ljepljive krajeve (jednolančane prevjese), potrebno im je napraviti zatupljene krajeve kako bi se ligirali u vektore. Završno punjenje dodaje kompatibilne nukleotide i stvara fragmente tupih krajeva kako bi ih učinili kompatibilnim za ligaciju. Dakle, ovo rezimira razliku između prijevoda nicka i krajnjeg popunjavanja.
