Ključna razlika između molekularnog spajanja i bodovanja je u tome što je spajanje tehnika koja se koristi za određivanje afiniteta vezivanja između dva molekula dok je bodovanje proces procjenjivanja određene poze brojanjem broja povoljnih međumolekularnih interakcija.
Izrazi molekularno spajanje i bodovanje se koriste u polju molekularnog modeliranja. Molekularno modeliranje je tehnika koja se koristi za određivanje mogućih rasporeda različitih molekula u datoj tvari. Ova tehnika je važna u stvaranju novih stabilnih jedinjenja.
Šta je molekularno povezivanje?
Molekularno spajanje je kompjuterska simulacija vezivanja kandidata liganda za receptor. Ova metoda predviđa poželjnu orijentaciju jednog molekula prema drugom molekulu kada se vežu jedan za drugi kako bi se formirao stabilan kompleks. Rezultati dobiveni ovom tehnikom mogu se koristiti za predviđanje jačine afiniteta povezivanja ili vezivanja između dva molekula. Ovdje je funkcija molekularnog bodovanja također važna.
Slika 01: Jednostavan dijagram koji prikazuje proces molekularnih interakcija u biološkim sistemima
Općenito, ova tehnika razmatra biološki relevantne molekule kao što su proteini, peptidi, nukleinske kiseline, ugljikohidrati i lipidi. Ovi molekuli su vrlo važni i igraju važnu ulogu u mehanizmima transdukcije signala u našem tijelu. Stoga, orijentacija dvaju molekula koji će se vezati za ovaj proces transdukcije signala utječe na tip signala koji se ovdje proizvodi. To znači; molekularno spajanje je važno u određivanju i jačine i vrste signala proizvedenog tokom transdukcije signala u biološkim sistemima.
Štaviše, tehnike molekularnog spajanja su važne u dizajniranju lijekova zasnovanih na strukturi. To je zbog njegove predvidljivosti konformacije vezivanja malih molekula kao što su ligandi na odgovarajuće mjesto vezivanja.
Šta je molekularno bodovanje?
Molekularno bodovanje je vrsta matematičke funkcije koja je korisna u procjeni napretka molekularnog spajanja. U polju računalne hemije, funkcije bodovanja se koriste za predviđanje afiniteta vezivanja između dva molekula nakon procesa spajanja. Na primjer, ako imamo malu molekulu lijeka u obliku čestica i postoji biološka meta kao što je protein, možemo procijeniti afinitet lijeka prema mjestu vezivanja. Štaviše, molekularno bodovanje se može koristiti za predviđanje intermolekularnih interakcija između dva proteina ili između proteina i molekula DNK.
Slika 02: Funkcija bodovanja ukratko
Glavna primjena molekularnog bodovanja je u procesima dizajniranja lijekova - na primjer, virtuelni skrining, de novo dizajn, optimizacija elektroda, itd.
Koja je razlika između molekularnog spajanja i bodovanja?
Molekularno spajanje i bodovanje su važni u molekularnom modeliranju. Ključna razlika između molekularnog spajanja i bodovanja je u tome što je spajanje tehnika koja se koristi za određivanje afiniteta vezivanja između dva molekula, dok je bodovanje proces procjenjivanja određene poze brojenjem broja povoljnih međumolekularnih interakcija.
Sljedeća infografika sumira razliku između molekularnog spajanja i bodovanja.
Sažetak – Molekularno spajanje vs bodovanje
Molekularno spajanje i bodovanje su važni u molekularnom modeliranju. Ključna razlika između molekularnog spajanja i bodovanja je u tome što je spajanje tehnika koja se koristi za određivanje afiniteta vezivanja između dva molekula, dok je bodovanje proces procjenjivanja određene poze brojenjem broja povoljnih međumolekularnih interakcija.
