Ključna razlika između LTR i ne-LTR retrotranspozona je u tome što su LTR retrotranspozoni vrsta retrotranspozona koji imaju duge terminalne ponavljanja u svojoj strukturi, dok su ne-LTR retrotranspozoni vrsta retrotranspozona koji nemaju dugačka terminalna ponavljanja u njihovoj strukturi.
Retrotranspozoni (transpozibilni elementi klase I ili transpozoni preko RNA intermedijara) su vrsta genetske komponente koja se može kopirati i zalijepiti na različite genomske lokacije. Oni to izvode tako što pretvaraju RNK natrag u DNK kroz proces koji se naziva reverzna transkripcija koristeći intermedijer za transpoziciju RNK. Postoje dvije glavne vrste retrotranspozona kao što su LTR i ne-LTR retrotranspozoni
Šta su LTR retrotranspozoni?
LTR retrotranspozoni su tip retrotranspozona koji imaju duge terminalne ponavljanja u svojoj strukturi. Dugi nizovi DNK koji se ponavljaju mogu se naći na svakom kraju LTR retrotranspozona. Oni su poznati kao duga terminalna ponavljanja (LTR). Svaki LTR dugačak je nekoliko stotina parova baza. LTR retrotranspozoni su obično dugi preko 5 kilobaza. Štaviše, između dugih terminalnih ponavljanja, postoje geni koji se mogu transkribovati ekvivalentni retrovirusnim genima gag i pol. Ovi geni se preklapaju tako da kodiraju proteazu koja normalno obrađuje rezultirajući transkript u funkcionalne genske proizvode.
Slika 01: LTR retrotranspozoni
Gag gen retrotranspozona čini proizvod koji se povezuje sa drugim transkriptima retrotranspozona da bi formirao čestice slične virusu. Pol gen stvara proizvode koji uključuju enzime kao što su reverzna transkriptaza, integraza i ribonukleaza H domena. Enzim reverzne transkriptaze vrši reverznu transkripciju retrotranspozonske DNK. Enzim Integraza integriše retrotranspozonsku DNK u DNK eukariotskog genoma. H domene ribonukleaze su korisne u cijepanju fosfodiestarskih veza između RNA intermedijara. LTR retrotranspozoni također kodiraju transkripte sa tRNA veznim mjestima, tako da se mogu lako podvrgnuti reverznoj transkripciji. Nadalje, pošto retrotranspozon sadrži informacije o eukariotskom genomu, on može umetnuti kopije sebe u druge genomske lokacije unutar eukariotske ćelije.
Šta su ne-LTR retrotranspozoni?
Non-LTR retrotranspozoni su tip retrotranspozona koji nemaju dugačka terminalna ponavljanja u svojoj strukturi. Kao i LTR retrotranspozoni, ne-LTR retrotranspozoni također sadrže gene za reverznu transkriptazu, RNK vezujući protein, nukleazu, a ponekad i ribonukleazu H domene. Ali nedostaju im duga terminalna ponavljanja; umjesto toga, imaju kratka ponavljanja koja mogu imati obrnuti poredak baza jedna pored druge. Proteini koji se vezuju za RNK vezuju se za intermedijer transpozicije RNA, a nukleaze razbijaju fosfodiestarske veze između nukleotida u nukleinskim kiselinama.
Slika 02: LTR i ne-LTR retrotranspozoni
Iako su retrotranspozoni, ne mogu izvršiti reverznu transkripciju koristeći RNA intermedijer na isti način kao LTR retrotranspozoni. To je zato što ne-LTR retrotranspozoni ne sadrže sekvence koje vežu tRNA. Dakle, ne-LTR retrotranspozon transkribovan u mRNA i preveden u proteine djeluje kao reverzna transkriptaza. Reverzna transkriptaza pravi DNK kopiju RNK ne-LTR retrotranspozona koja se može integrirati u genom na novom mjestu. Nadalje, ne-LTR retrotranspozoni dijele se na dvije vrste: LINEs (dugo isprepleteni nuklearni elementi) i SINE (kratko isprepleteni nuklearni elementi).
Koje su sličnosti između LTR i ne-LTR retrotranspozona?
- LTR i ne-LTR retrotranspozoni su dvije glavne vrste retrotranspozona.
- Obje vrste sadrže gene za enzime kao što su reverzna transkriptaza, RNA vezujući protein, nukleaza i ribonukleaza H domena.
- Mogu se naći u ljudskom genomu.
- Obje vrste su evolutivno važne.
Koja je razlika između LTR i ne-LTR retrotranspozona?
LTR retrotranspozoni imaju duga terminalna ponavljanja u svojoj strukturi, dok ne-LTR retrotranspozoni nemaju dugačka terminalna ponavljanja u svojoj strukturi. Dakle, ovo je ključna razlika između LTR i ne-LTR retrotranspozona. Nadalje, LTR retrotranspozoni imaju duga direktna ponavljanja koja su samo jedna sekvenca baza koje se ponavljaju. S druge strane, ne-LTR retrotranspozoni imaju kratka ponavljanja koja mogu imati obrnuti poredak baza jedna pored druge.
Infografika ispod predstavlja razlike između LTR i ne-LTR retrotranspozona u tabelarnom obliku za usporedbu.
Sažetak – LTR vs Non-LTR retrotranspozoni
LTR i ne-LTR retrotranspozoni su dvije glavne vrste retrotranspozona. LTR retrotranspozoni imaju dugačka terminalna ponavljanja u svojoj strukturi, dok ne-LTR retrotranspozoni nemaju dugačka terminalna ponavljanja u svojoj strukturi. Dakle, ovo je ključna razlika između LTR i ne-LTR retrotranspozona.
