Ključna razlika – Exome naspram RNA sekvenciranja
Sekvenciranje nukleinske kiseline je tehnika kojom se određuje redosled nukleotida u određenom fragmentu DNK ili RNK organizma. Sekvenciranje je važno u identifikaciji DNK i RNK sastava ćelije i razlikovanju određenih gena koji kodiraju funkcionalne proteine; stoga se sekvenciranje može koristiti za razumijevanje mutacija ovih gena i ekspresije gena. Sangerova metoda sekvenciranja ili naprednije metode sekvenciranja sljedeće generacije su metode sekvenciranja koje se obično koriste. Sekvenciranje egzoma je sekvenciranje kompletnog skupa egzona ili kodirajućih DNK regiona prisutnih u organizmu, dok je sekvenciranje RNK postupak sekvenciranja ribonukleinskih kiselina (RNA). Ovo je ključna razlika između egzoma i RNA sekvenciranja.
Šta je Exome sekvenciranje?
Exome je podskup genoma koji se sastoji od kodirajućih gena određenog organizma. Kodirajući geni su imenovani kao egzoni i transkribiraju se u mRNA, a zatim prevode u sekvence aminokiselina. Tokom post-transkripcijskih modifikacija, mehanizam spajanja RNK kod eukariota uklanja introne (nekodirajuće regije), a egzoni ostaju. Postoje dvije glavne tehnike u kojima se vrši sekvenciranje egzoma: zasnovano na rješenju i bazirano na nizu.
U sekvenciranju egzoma zasnovanom na rastvoru, uzorci DNK se fragmentiraju upotrebom restrikcijskih enzima ili mehaničkom metodom i denaturiraju toplinom. U ovoj tehnici, biotinilirane oligonukleotidne sonde (mamci) se koriste za selektivnu hibridizaciju sa ciljnim regijama u genomu. Magnetne zrnce streptavidina koriste se za korak vezivanja. Nakon vezivanja slijedi korak ispiranja gdje se nevezane i neciljane sekvence ispiru. Vezane mete se zatim umnožavaju pomoću lančane reakcije polimeraze (PCR), a zatim se sekvenciraju pomoću Sangerove sekvence ili tehnike sekvenciranja sljedeće generacije.
Slika 01: Exome Sequencing
Metoda zasnovana na nizu je takođe slična metodi zasnovanoj na rastvoru, osim što se fragmenti DNK hvataju u mikro niz, a zatim slede koraci vezivanja i ispiranja pre nego što se sekvenciraju.
Exome sekvenciranje se koristi u mnogim aplikacijama kao što su genetska dijagnoza bolesti, u genskoj terapiji, u identifikaciji novih genetskih markera, u poljoprivredi za identifikaciju različitih korisnih agronomskih svojstava i u postupcima oplemenjivanja biljaka.
Šta je sekvenciranje RNA?
RNK sekvenciranje se zasniva na transkriptomu, koji je kompletan transkript ćelije. Ključni ciljevi sekvenciranja RNK su katalogiziranje svih vrsta transkripta, uključujući mRNA, nekodirajuću RNK i malu RNK, kako bi se odredila transkripciona struktura gena i kvantificirali nivoi ekspresije svakog transkripta tokom razvoja. Tokom sekvenciranja RNK, tehnologije hibridizacije (koje su bile komplementarne DNK izvedene iz zrelih sekvenci mRNA) su prvobitno korištene za sekvenciranje. Trenutno se za sekvenciranje RNK koristi preciznija i naprednija tehnika protoka.
Slika 02: RNK sekvenciranje
U sekvenciranju RNK, uzorak RNK koji može biti totalna RNK ili frakcionisana RNK se konvertuje u njenu komplementarnu DNK (cDNK) korišćenjem reverzne transkripcije i priprema se biblioteka cDNK. Svaki cDNK fragment je vezan za adaptere s obje strane (sekvenciranje u paru) ili s jedne strane (sekvenciranje na jednom kraju). Ove označene sekvence se sekvenciraju korištenjem Sangerovog sekvenciranja ili sljedeće generacije, kao što je sekvenciranje egzoma.
Koje su sličnosti između Exome i RNA sekvenciranja?
- Kratko odabrani fragmenti ili cijeli set DNK/RNA se mogu koristiti za Exome ili RNA sekvenciranje.
- Uzastopni fragmenti su sačuvani u bibliotekama.
- Sanger sekvenciranje ili sekvenciranje Next Generation se može koristiti.
- Obje su metode in vitro sekvenciranja.
- Sekvencirani fragmenti se mogu odrediti fluorescentnim oznakama.
Koja je razlika između Exome i RNA sekvenciranja?
Exome vs RNA sekvenciranje |
|
| Exome sekvenciranje je sekvenciranje kompletnog skupa egzona ili kodiranih DNK regiona prisutnih u organizmu. | RNA sekvenciranje se odnosi na proceduru sekvenciranja ribonukleinskih kiselina (RNA); transkriptom. |
| Početni uzorak | |
| Genomska DNK je početni uzorak sekvenciranja egzoma. | RNA je početni uzorak sekvenciranja RNA. |
| Composition | |
| Ovo sadrži samo kodirajuće regije ukupne DNK poznate kao egzoni | Ovo sadrži RNA-mRNA / transkriptom. |
| Sequencing | |
| Postoje dvije glavne metode sekvenciranja egzoma; tehnologije zasnovane na rješenjima i nizovima. | RNK sekvenciranje se vrši pripremom cDNK biblioteke ekstrakcijom ukupne RNK ili fragmentirane RNK. |
Sažetak – Exome vs RNA sekvenciranje
Exome je kompletan skup kodirajućih regiona organizma i tehnike uključene u određivanje tačnog nukleotidnog reda Exomea poznate su kao sekvenciranje egzoma. RNK sekvenciranje je tehnika uključena u određivanje nukleotidnog reda RNK organizma. Ovo je razlika između egzoma i RNA sekvenciranja.
Preuzmite PDF verziju Exome vs RNA sekvenciranja
Možete preuzeti PDF verziju ovog članka i koristiti ga za vanmrežne svrhe prema napomeni o citatu. Molimo preuzmite PDF verziju ovdje Razlika između Exome i RNA sekvenciranja
