Ključna razlika – Exome vs Transcriptome
Gen sadrži kodirajuće i nekodirajuće regije unutar sebe. Kodirajuće sekvence poznate su kao egzoni, a nekodirajuće sekvence poznate su kao introni. Nukleotidna sekvenca egzona gena predstavlja genetski kod gena za sintetizaciju specifičnog proteina. Dakle, egzoni ostaju u molekuli mRNA. Ukupni egzonski region genoma poznat je kao egzom i važan je dio genoma. Genetski kod gena se pretvara u genetski kod molekula mRNA, koji je potreban za proizvodnju proteina. Cijeli mRNA molekuli transkribovani u ćeliji ili ćelijskoj populaciji u isto vrijeme poznati su kao transkriptom. Ključna razlika između egzoma i transkriptoma je u tome što egzom predstavlja sekvence egzonskih regija genoma, dok transkriptom predstavlja ukupnu mRNA ćelije ili tkiva u datom trenutku.
Šta je Exome?
Geni se sastoje od egzona, introna i regulatornih sekvenci. Egzoni su regioni gena koji se transkribiraju u mRNA sekvencu tokom transkripcije. Introni i drugi nekodirajući regioni se uklanjaju tokom transkripcije. Nukleotidna sekvenca egzona određuje genetski kod gena koji sintetiše specifični protein koji kodira. Samo egzoni ostaju unutar mRNA proteina. Kolekcija egzona u genomu poznata je kao egzom organizma. Predstavlja dio genoma koji je izražen u genima. Kod ljudi, egzom čini 1% genoma. To je dio ljudskog genoma koji kodira protein.
Slika 01: Exome
Šta je transkriptom?
Transkriptom je kolekcija svih transkripata koji kodiraju i nekodiraju proteine (RNA) u datom tkivu. Transkriptom predstavlja kolekciju ukupnih mRNA molekula izraženih genima u ćeliji ili tkivu. Transkriptom ćelije može varirati sa transkriptomom druge vrste ćelije. Transkriptom je također dinamičan – mijenja se s vremenom kao odgovor na unutrašnje i vanjske podražaje. Čak i unutar istog tkiva ili unutar istog tipa ćelije, transkriptom se može promijeniti nakon nekoliko minuta.
Transkriptom se razlikuje od egzoma organizma. Transkriptom uključuje samo eksprimirane sekvence egzoma. Iako egzom ćelije ostaje isti, transkriptom se razlikuje među ćelijama jer ekspresija gena nije ista za sve ćelije ili tkiva. Samo esencijalni geni se eksprimiraju u različitim ćelijama i tkivima. Ekspresija gena je proces specifičan za tkivo ili tip ćelije. Regulišu ga različiti faktori, uključujući faktore životne sredine. Stoga transkriptom može varirati u zavisnosti od vanjskih uvjeta okoline.
Transkriptom se koristi kao prekursor za proteomske studije. Svi proteini su izvedeni iz sekvenci mRNA. Translacijske modifikacije mogu rezultirati promjenama u proteinima. Međutim, transkriptom pruža važne osnovne informacije za proteomske studije.
Slika 02: Transkriptom embrionalnih matičnih ćelija
Koja je razlika između Exome i Transcriptome?
Exome vs Transcriptome |
|
| Exome je zbirka gena koji kodiraju proteine. | Transkriptom je skup svih transkribovanih RNK uključujući mRNA. |
| Uzorak | |
| Exome se proučava korištenjem DNK uzorka. | Transkriptom se proučava korištenjem RNA uzorka. |
| Metoda studija | |
| Sekvenciranje cijelog egzoma je metoda proučavanja egzoma. | RNA sekvenciranje je metoda proučavanja transkriptoma. |
Sažetak – Exome vs Transcriptome
Egzoni su kodirajuće sekvence gena i određuju mRNA sekvence proteina. Kolekcija ovih kodirajućih sekvenci (egzona) poznata je kao egzom organizma. Geni se transkribiraju u mRNA molekule prije stvaranja proteina. Ukupni mRNA molekuli ćelije ili tkiva u bilo kojem trenutku poznati su kao transkriptom. Transkriptom predstavlja gene koji se aktivno eksprimiraju u mRNA u bilo kojem trenutku. Transkriptom je specifičan za ćelije i tkivo i utiče na uslove okoline. Ovo je razlika između egzoma i transkriptoma.
