Ključna razlika između hijerarhijskog i čitavog genomskog sekvenciranja sačmaricama je u tome što se kod hijerarhijskog sekvenciranja sačmaricama genom razbija na veće fragmente prije sekvenciranja, dok se kod sekvenciranja pukom cijelog genoma cijeli genom razbija na male fragmente za sekvenciranje.
Sekvenciranje je važna tehnika u molekularnim procesima, posebno u preciznoj identifikaciji vrsta. U stvari, to je tehnika identifikacije preciznog reda nukleotida u genu ili genomu. Postoji mnogo tehnika za sekvenciranje. Neki od njih uključuju Maxam Gilbertovu metodu, Sangerovu metodu i automatiziranu Sangerovu metodu.
Šta je hijerarhijsko sekvenciranje sačmarica?
Hijerarhijsko sekvenciranje sačmarica je jedna metoda sekvenciranja. Naziva se i 'od vrha prema dolje sekvenciranje'. Nadalje, ova metoda se sastoji od dva koraka: prvi korak je amplifikacija genoma, a drugi korak je fragmentacija genoma. U ovoj metodi, genom se prvo siječe na velike fragmente. Slijedi kloniranje ovih velikih fragmenata u različite domaćine pomoću vektora ili umjetnih hromozoma. Zatim se ovi rekombinantni vektori slažu u biblioteku. Tokom sekvenciranja sačmaricama, rekombinantni vektorski klonovi prolaze pojedinačno sekvenciranje. Fragmenti u klonovima prolaze kroz restrikcijsku digestiju kako bi se dodatno smanjila veličina genoma, čime se podvrgava sekvenciranju.
Slika 01: Hijerarhijski redoslijed sačmarica
Tokom hijerarhijskog sekvenciranja pušaka, veliki komadi fragmenata moraju biti poređani po redu, prije sekvenciranja sačmarice. To se odvija uz pomoć molekularnih markera koji su ugrađeni tokom procesa kloniranja.
Hijerarhijsko sekvenciranje puške stvara mapu gena niske rezolucije. Ali kreira uređenu mapu sekvence. Dakle, traje duže od direktnog sekvenciranja. Cijeli proces kasni zbog stvaranja rekombinantne vektorske biblioteke. Da li je to i radno intenzivna tehnika. Međutim, trenutno je tehnika automatizovana kako bi se olakšao rad.
Šta je sekvenciranje puške cijelog genoma?
Sekvenciranje cijelog genoma je proces sekvenciranja u jednom koraku. U ovom procesu prvo se odvija kompletno smicanje genoma. Nakon toga, svaki od ovih malih fragmenata se podvrgava nasumično sekvenciranju. Po završetku sekvenciranja, vrši se analiza sekvenci. Tokom analize sekvence, sekvence koje se preklapaju se uklanjaju, a analiza nije uređen proces. Stoga je sastavljanje sekvenci manje efikasan proces u poređenju sa hijerarhijskim sekvenciranjem sačmarica. Međutim, proces sekvenciranja čitavog genoma je brži, a analiza cijelog genoma se može odvijati u jednoj instanci.
Koje su sličnosti između hijerarhijskog i čitavog genomskog sekvenciranja sačmarica?
- Hijerarhijsko i sekvenciranje cijelog genoma su dva pristupa sekvenciranju.
- Oba se podvrgavaju Sanger-ovom sekvenciranju ili automatskim Sanger-ovim metodama sekvenciranja.
- Oni su uključeni u sekvenciranje DNK i RNA fragmenata.
- Štaviše, obje metode su važne u molekularnoj dijagnostici i u istraživačke svrhe.
- Trenutno su obje tehnike automatizirane ili bazirane na kompjuteru.
- Obje tehnike se oslanjaju na fragmentaciju genoma.
Koja je razlika između hijerarhijskog i kompletnog genomskog sekvenciranja?
Hijerarhijsko sekvenciranje sačmaricama generiše fragmente veće veličine u poređenju sa sekvenciranjem sačmarice cijelog genoma, koje radi s malim fragmentima sekvenci. Dakle, ovo je ključna razlika između hijerarhijskog i čitavog genomskog sekvenciranja. Osim toga, hijerarhijsko sekvenciranje sačmarice se sastoji od dva glavna koraka, dok se sekvenciranje puške cijelog genoma oslanja na jedan glavni korak.
Dalje, još jedna razlika između hijerarhijskog i sekvenciranja sačmarica cijelog genoma je ta što je rezolucija viša u sekvenciranju puške cijelog genoma u poređenju sa hijerarhijskim sekvenciranjem sačmarice.
Sljedeća infografika sažima razliku između hijerarhijskog i sekvenciranja puške cijelog genoma.
Sažetak – hijerarhijsko naspram sekvenciranja cijelog genoma
Hijerarhijsko sekvencioniranje sačmaricama u cijelom genomu su dvije tehnike sekvenciranja velikih genoma. Hijerarhijska sekvenca sačmarice je proces sekvenciranja u dva koraka gdje se genom razbija na veće fragmente. Nasuprot tome, sekvencioniranje sačmaricama cijelog genoma je jednostepeno sekvenciranje gdje se genom razbija na male fragmente i direktno sekvencira. Dakle, ovo je ključna razlika između hijerarhijskog i čitavog genomskog sekvenciranja. Štaviše, tehnički aspekti mogu varirati između dvije tehnike.
