Ključna razlika između elektroforeze agaroze i poliakrilamidnog gela je u tome što elektroforeza u agaroznom gelu koristi horizontalno izlivene agarozne gelove za odvajanje relativno većih fragmenata DNK, dok elektroforeza u poliakrilamidnom gelu koristi vertikalno izlivene fragmente poliakrila za razdvajanje fragmenata kiseline
Elektroforeza je vrsta tehnike koja koristi električno polje primijenjeno na matricu gela za odvajanje biomolekula poput DNK, RNK i proteina. Ovo razdvajanje biomolekula kao što su DNK, RNK i proteini putem elektroforeze zasniva se na naboju i veličini. Uzorci se stavljaju u jažice gela. Kasnije se električno polje primjenjuje na gel. Polje uzrokuje da se negativno nabijene molekule kreću prema pozitivnoj elektrodi. Gel matrica djeluje kao molekularno sito kroz koje najmanji molekuli prolaze ili putuju brzo, dok se veći molekuli kreću sporo. Ovo omogućava razdvajanje molekula na osnovu naboja i veličine. Stoga su elektroforeza na agaroznom i poliakrilamidnom gelu dvije vrste tehnika gel elektroforeze koje uglavnom pomažu odvajanju molekula na osnovu njihove veličine i naboja.
Šta je agarozna gel elektroforeza?
Agarozna gel elektroforeza je tehnika koja koristi agarozne gelove za odvajanje biomolekula kao što su DNK i RNK. To je tehnika koja se koristi za razdvajanje nukleinskih kiselina prvenstveno po veličini. Glavni spoj zvan agaroza korišten u ovoj tehnici je polisaharid. Dolazi iz morskih algi. Agaroza se može rastvoriti u kipućem puferu, a zatim se može sipati u tacnu koja se drži horizontalno. U tacni se stvrdne kada se ohladi i formira ploču. Agarozni gelovi se sipaju sa češljem na mestu kako bi se napravile jažice u koje se ubacuju nukleinske kiseline kao što su DNK ili RNK kada se gel očvrsne.
Slika 01: Agarozna gel elektroforeza
Gel se kasnije uranja u odgovarajući pufer, a struja se primjenjuje preko gela. DNK ima ujednačen negativni naboj koji je nezavisan od sastava sekvence molekula. Stoga će molekuli DNK migrirati od katode (-) prema anodi (+). Brzina migracije direktno ovisi o veličini molekula. Najvećim makromolekulama je najteže kretanje kroz gel. S druge strane, manje makromolekule brzo i prilično lako klize kroz gel.
Šta je poliakrilamidna gel elektroforeza?
Elektroforeza u poliakrilamidnom gelu (PAGE) je tehnika koja koristi poliakrilamidne gelove za odvajanje biomolekula. To je tehnika koja se široko koristi za razdvajanje bioloških makromolekula, obično proteina i nukleinskih kiselina, prema njihovoj elektroforetskoj pokretljivosti. Hidratacija akrilonitrila dovodi do stvaranja molekula akrilamida pomoću nitril hidrataze. Akrilamid je topiv u vodi, a dodatkom inicijatora slobodnih radikala, akrilamid polimerizira, što rezultira stvaranjem poliakrilamidnog gela. Normalno, povećane koncentracije akrilamida rezultiraju smanjenjem veličine pora u gelu. Poliakrilamidni gelovi se sipaju okomito, za razliku od agaroznih gelova.
Slika 02: Poliakrilamidna gel elektroforeza
U elektroforezi u poliakrilamidnom gelu, molekuli mogu raditi u svom prirodnom stanju, čuvajući strukturu višeg reda molekula. Ova metoda se zove native PAGE. Alternativno, može se dodati i kemijski denaturant kako bi se uklonila struktura višeg reda i pretvorila molekula u nestrukturirani molekul čija pokretljivost ovisi samo o njegovoj dužini. Ovaj tip se zove SDS-PAGE.
Koje su sličnosti između elektroforeze agaroze i poliakrilamidnog gela?
- Agarozna i poliakrilamidna gel elektroforeza su dvije vrste tehnika gel elektroforeze.
- U stvari, to su molekularne biološke tehnike.
- Obje tehnike se koriste za otkrivanje bioloških makromolekula poput DNK i proteina.
- Ove tehnike rade iskusni tehničari ili istraživači.
- U obje tehnike, razdvajanje makromolekula je zasnovano na naboju i veličini.
- Obe tehnike dozvoljavaju odvajanje nukleinskih kiselina poput DNK i RNK.
Koja je razlika između agarozne i poliakrilamidne gel elektroforeze?
Agarozna gel elektroforeza je tehnika koja koristi horizontalno izlivene agarozne gelove za odvajanje biomolekula, dok je elektroforeza u poliakrilamidnom gelu tehnika koja koristi vertikalno izlivene poliakrilamidne gelove za odvajanje biomolekula. Ovo je ključna razlika između elektroforeze u agaroznom i poliakrilamidnom gelu. Nadalje, elektroforeza u agaroznom gelu koristi se za odvajanje DNK i RNK, dok se elektroforeza na poliakrilamidnom gelu koristi za odvajanje nukleinskih kiselina kao što su DNK, RNK ili proteini.
Sljedeća tabela sumira razliku između elektroforeze u agaroznom i poliakrilamidnom gelu.
Sažetak – elektroforeza agaroze protiv poliakrilamidnog gela
Agarozna i poliakrilamidna gel elektroforeza su dvije vrste tehnika gel elektroforeze koje se koriste u laboratorijama molekularne biologije. Elektroforeza u agaroznom gelu koristi agarozni gel za odvajanje biomolekula. Agaroza općenito nije toksična za ljude, dok je poliakrilamid toksičan za ljude. Štaviše, elektroforeza u agaroznom gelu pokazuje nisku rezoluciju, dok elektroforeza u poliakrilamidnom gelu pokazuje veću rezoluciju. Elektroforeza u poliakrilamidnom gelu koristi poliakrilamidni gel za odvajanje biomolekula. Ovo sumira razliku između elektroforeze agaroze i poliakrilamidnog gela
