Ključna razlika – gel za slaganje naspram gela za odvajanje
Izrazi gel za slaganje i gel za odvajanje koriste se u objašnjavanju SDS-PAGE tehnike. SDS-PAGE ili elektroforeza na natrijum dodecil sulfat-poliakrilamidnom gelu je laboratorijska tehnika koja se koristi za odvajanje proteinskih molekula na osnovu njihove molekularne težine. Teorija iza ove tehnike je da proteini s različitim molekularnim težinama pokazuju različite stope migracije; Molekuli male molekularne težine migriraju brže, dok molekuli visoke molekulske težine migriraju sporo. Medij za migraciju je gel. Postoje dvije vrste gelova koji se zovu gel za slaganje i gel za odvajanje. Ključna razlika između gela za slaganje i gela za odvajanje je ta što je pH gela za slaganje 6,8 dok je pH gela za odvajanje 8,8.
Šta je gel za slaganje?
Stacking gel je niskokoncentrovani poliakrilamidni gel koji se stavlja na vrh koncentrisanijeg gela za razdvajanje (odvajajućeg gela) u SDS-PAGE tehnici. Gel za slaganje se koristi za poboljšanje rezolucije elektroforeze. Rezolucija se povećava zbog razlike između koncentracija gela za slaganje i gela za razdvajanje koje utiču na proteine u uzorku. Budući da je koncentracija poliakrilamida u gelu za slaganje niska, veličina pora je veća. Ovo također pomaže u povećanju razdvajanja.
Gel za slaganje je labavi poliakrilamidni gel sa velikim porama od oko 7% poliakrilamida. Ove pore ne djeluju kao značajna barijera za velike proteinske molekule. Stoga ovaj gel blago utječe na pokretljivost tih proteina. Ovo čini razdvajanje prema pokretljivosti i veličini proteina koncentrirajući ih između dva gela.
Slika 01: SDS-PAGE akrilamidni gel
PH gela za slaganje je 6,8. Njegov pH je kiseo od pH vrednosti gela za 2 pH jedinice. Ovaj pH podrazumijeva nižu ionsku snagu, a time i veći električni otpor. Ovo izaziva pokretljivost proteina u odnosu na druge nabijene čestice prisutne u gelu.
Šta je gel za odvajanje?
Gel za razdvajanje ili gel za razdvajanje SDS-PAGEtechnique je visoko koncentrirani poliakrilamidni gel koji se stavlja na vrh nisko koncentriranog gela za slaganje. Gel za razdvajanje sadrži veliku količinu poliakrilamida (10%). pH ovog gela se održava kao pH=8,8, što je viši pH nivo od pH gela za slaganje.
Slika 02: Aparat za gel elektroforezu
Kada proteinski molekuli stignu do odvajajućeg gela, migracija tih molekula je usporena jer je odvajajući gel gel visoke koncentracije s malom veličinom pora koji može djelovati kao značajna barijera za kretanje proteinskih molekula. Ovo usporavanje omogućava drugim proteinima da polako migriraju kako bi sustigli, što rezultira uskim, koncentriranim pojasom između dva gela.
Kakav je odnos između gela za slaganje i gela za odvajanje?
Oba tipa gela za slaganje i gela za odvajanje se koriste u istom aparatu
Koja je razlika između gela za slaganje i gela za odvajanje?
Gel za slaganje vs gel za odvajanje |
|
| Stacking gel je nisko koncentrirani poliakrilamidni gel koji se stavlja na vrh koncentriranijeg gela za razrjeđivanje (odvajajućeg gela) u SDS-PAGE tehnici. | Gel za razdvajanje ili gel za razdvajanje SDS-PAGE tehnike je visoko koncentrirani poliakrilamidni gel koji se stavlja na vrh nisko koncentriranog gela za slaganje. |
| Plasman | |
| Gel za slaganje se stavlja na gel za razdvajanje. | Gel za odvajanje se stavlja na dno posude koja se koristi za gel elektroforezu. |
| Koncentracija | |
| Koncentracija gela za slaganje je visoka. | Koncentracija gela za odvajanje je niska. |
| Sadržaj poliakrilamida | |
| Gel za slaganje sadrži oko 7% poliakrilamida. | Gel za odvajanje sadrži oko 10% poliakrilamida. |
| pH | |
| PH gela za slaganje je 6,8. | PH gela za razdvajanje je 8,8. |
| Veličina pora | |
| Velike veličine pora su prisutne u gelu za slaganje. | Male veličine pora su prisutne u gelu za odvajanje. |
| Rezolucija | |
| Gel za slaganje daje bolju rezoluciju. | Gel za razdvajanje daje lošu rezoluciju. |
Sažetak – gel za slaganje vs gel za odvajanje
Gel za slaganje i gel za odvajanje su dvije vrste poliakrilamidnih gelova koji se koriste za bolje odvajanje proteinskih molekula u datom uzorku. Razlika između gela za slaganje i gela za odvajanje je u tome što je pH gela za slaganje 6,8 dok je pH gela za odvajanje 8,8.
