Ključna razlika između nasumičnih prajmera i oligo dT je u tome što je nasumični prajmer mešavina svih mogućih heksamernih oligonukleotidnih sekvenci, dok se oligo dT prajmer sastoji od jednolančanog dela od 12-18 deoksitimidina.
Reverzna transkripcija je mehanizam u kojem se cDNK može sintetizirati korištenjem mRNA ili bilo koje vrste RNK. Da bi se proizvela cDNK, potrebno je obezbijediti enzim reverzne transkriptaze i druge potrebne komponente, posebno šablon i prajmere. Prajmeri su kratke DNK sekvence posebno dizajnirane za amplifikaciju ciljnih sekvenci. Slučajni prajmeri i oligo dT prajmeri su dva uobičajena tipa prajmera koji se koriste u reverznoj transkripciji. Stoga su nasumični prajmer ili oligo dT prajmer kratke DNK oligonukleotidne sekvence potrebne da bi reverzna transkriptaza inicirala reverznu transkripciju. U zavisnosti od RNA šablona, odgovarajući prajmer se može izabrati između ova dva tipa prajmera.
Šta su nasumični primeri?
Random prajmer je mešavina oligonukleotida koji predstavljaju sve moguće sekvence heksamera. Prajmer sekvenca slučajnog prajmera je 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T ili C. Stoga se nasumični prajmeri mogu koristiti za amplifikaciju jednolančane DNK ili RNK pomoću DNK polimeraze ili reverzne transkriptaze, respektivno. Osim toga, nasumična mješavina prajmera je sposobna da pojača sve regije RNK za stvaranje cDNK. Dakle, proizvodi različite dužine cDNK.
Slika 01: Slučajni primeri
Što je najvažnije, nasumična mješavina prajmera ne pokazuje specifičnost šablona. Nije u stanju da razlikuje mRNA i druge vrste RNK. I, žari se sa bilo kojom vrstom RNK u uzorku. Međutim, nasumična mješavina prajmera je pogodna za reverznu transkripciju RNK bez poli(A) repova, kao što su rRNA, tRNA, nekodirajuće RNA, male RNK, prokariotska mRNA itd., degradirana RNA i RNA sa poznatim sekundarnim strukturama.
Šta je Oligo dT?
Oligo dT prajmer je deo od 12 – 18 deoksitimina (dT). Sekvenca prajmera može biti predstavljena kao 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3. Koristi se za proizvodnju cDNK iz mRNA koja sadrži poli(A) rep. U osnovi, djeluje kao prajmer za reakciju koju katalizira reverzna transkriptaza. Tokom obrnute transkripcije, oligo dT prajmer se spaja sa poli-adeniliranim repom koji se nalazi na 3´ kraju većine eukariotskih mRNA i započinje proces.
Slika 02: Reverzna transkripcija pomoću Oligo dT Primer
Za razliku od slučajnog prajmera, oligo dT prajmer nije pogodan za degradiranu RNK ili RNK kojoj nedostaje poli(A) rep, uključujući prokariotsku RNK i mikroRNA.
Koje su sličnosti između nasumičnih primera i Oligo dT-a?
- Slučajni prajmer i oligo dT prajmer su dva tipa prajmera koji se koriste u obrnutoj transkripciji i stvaranju cDNK.
- Upotreba nasumičnog prajmera i oligo dT prajmera zajedno povećava osetljivost sinteze cDNK.
- Oni su jednolančani kratki nukleotidni nizovi.
Koja je razlika između nasumičnih primera i Oligo dT?
Random prajmer je kratka oligonukleotidna sekvenca sastavljena od nasumične sekvence. U međuvremenu, oligo dT prajmer je kratak lanac sastavljen od 12 do 18 deoksitimidina. Dakle, ovo je ključna razlika između nasumičnih prajmera i oligo dT. Sekvenca nasumičnih prajmera je 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T ili C. Dok je sekvenca oligo dT prajmera 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3´. Stoga, ovo možemo smatrati još jednom razlikom između nasumičnih prajmera i oligo dT.
Štaviše, nasumični prajmeri ne pokazuju specifičnost šablona i spajaju se sa bilo kojom vrstom RNK, dok oligo dT prajmeri pokazuju specifičnost za poli(A) repove eukariotske mRNA.
Infografika ispod sažima razliku između nasumičnih primera i oligo dT.
Sažetak – Random Primers vs Oligo dT
Slučajni prajmer i oligo dT prajmer su dva tipa prajmera koji se koriste u sintezi cDNK. Slučajni prajmer se sastoji od mješavine oligonukleotida, koji predstavljaju sve moguće sekvence heksamera, dok je oligo dT prajmer jednolančana sekvenca od 12 do 18 deoksitimidina. Dakle, ovo je ključna razlika između nasumičnih prajmera i oligo dT. Osim toga, oligo dT prajmeri su korisni za reverznu transkripciju RNK pune dužine sa poli(A) repom, dok su nasumični prajmeri korisni za reverznu transkripciju većine RNK vrsta, uključujući degradiranu RNK, RNK kojoj nedostaje poli(A) rep i RNK koja sadrži sekundarne strukture. Stoga, nasumični prajmer ne pokazuje specifičnost šablona, dok oligo dT prajmer pokazuje specifičnost prema eukariotskoj mRNA koja sadrži poli(A) rep.
