Ključna razlika – Primer prema naprijed i nazad
Lančana reakcija polimeraze (PCR) je metoda amplifikacije DNK koja se koristi u molekularno-biološkim aplikacijama. To je uobičajena tehnika koja pravi milione do milijarde kopija posebno zainteresovane sekvence DNK. To je in vitro metoda koja se izvodi u laboratorijama. PCR tehnika u potpunosti ovisi o komercijalno proizvedenoj DNK polimerazi zvanoj Taq polimeraza. A također zahtijeva nekoliko drugih komponenti i pravilno održavanje temperature. Jedna važna komponenta su prajmeri. Prajmeri su kratke DNK sekvence posebno dizajnirane za ciljnu sekvencu DNK. Obično su dugački oko 20 nukleotida. Taq polimeraza katalizira dodavanje nukleotida u već postojeći nukleotidni niz. Dakle, prajmeri služe kao polazne tačke za sintezu novih niti. Taq polimeraza djeluje samo u smjeru 5’ do 3’, stoga se sinteza DNK odvija u istom smjeru 5’ do 3’. Pošto je DNK dvolančana, za PCR su potrebne dvije vrste prajmera. Poznati su kao prednji prajmer i reverzni prajmer. Prednji i reverzni prajmeri se nazivaju na osnovu smjera elongacije prajmera u DNK kada dolazi do sinteze DNK. Prednji prajmer se spaja sa antisens DNK lancem i inicira sintezu +ve lanca gena u smjeru 5’ do 3’. Reverzni prajmer se žari sa senzorskim lancem i inicira sintezu komplementarnog lanca kodirajućeg lanca; što je – pomerite lanac gena u smjeru od 5’ do 3’. Ovo je ključna razlika između prajmera naprijed i nazad.
Šta je Forward Primer?
Orijentacija prema naprijed je sinteza kodirajućeg ili osjetilnog lanca gena. Taq polimeraza katalizira sintezu novog lanca u smjeru od 5’ do 3’. Sinteza kodirajućeg lanca događa se kada se prajmer učvrsti s nekodirajućim ili antisense lancem i produži u smjeru 5’ do 3’.
Slika 01: Prednji i reverzni prajmeri
Primer koji se spaja sa antisens lancem ili nekodirajućim lancem ili šablonskim lancem poznat je kao prednji prajmer jer prednji prajmer deluje kao početna tačka za sintezu kodirajućeg ili pozitivnog lanca gena. Prednji prajmer ima kratku nukleotidnu sekvencu koja je komplementarna 3' bočnom kraju antisens lanca. Hibridizira se sa antisens lancem i olakšava Taq polimerazu da doda nukleotide koji su komplementarni šablonskom lancu.
Šta je obrnuti primer?
Reverzni prajmer je kratka sekvenca DNK koja se spaja sa 3’ krajem osjetnog lanca ili kodirajućeg lanca. Reverzni prajmer služi kao početna tačka za sintezu komplementarnog lanca kodirajuće sekvence ili nekodirajuće sekvence. Reverzni prajmer je dizajniran kao komplementaran 3’ kraju kodirajućeg niza. Stoga se žari sa bočnim 3’ krajem kodirajućeg lanca i omogućava Taq polimerazi da sintetizira antisens lanac ili šablonski lanac. Pošto je njegova orijentacija obrnuta, ovaj prajmer je označen kao obrnuti prajmer.
I reverzni i prednji prajmeri važni su za proizvodnju miliona do milijardi kopija određenih regiona DNK koji su ciljani ili zainteresovani.
Koje su sličnosti između prednjeg i obrnutog primera?
- I naprijed i nazad prajmeri su napravljeni od oligonukleotida.
- I prednji i reverzni prajmeri posjeduju kratku nukleotidnu sekvencu komplementarnu bočnim krajevima dvostrukih lanaca DNK.
- I prednji i reverzni prajmeri se obično sastoje od 20 nukleotida.
- I naprijed i natrag prajmeri se koriste u lančanim reakcijama polimeraze.
- Primer prema naprijed i nazad se sintetiziraju komercijalno.
- I naprijed i natrag prajmeri su temperaturno stabilni i obično imaju sličan Tm.
- I prednji i reverzni prajmeri su žareni sa ciljnim DNK sekvencama.
- Primeri naprijed i nazad su dizajnirani prema PCR reakcijama.
- I naprijed i unatrag prajmeri služe kao početne tačke za amplifikaciju DNK.
- I reverzni i prednji prajmeri važni su za proizvodnju miliona kopija određenih regiona ciljanih ili zainteresovanih DNK sekvenci.
Koja je razlika između prednjeg i obrnutog primera?
Forward Primer vs Reverse Primer |
|
| Prednji prajmer je kratka DNK sekvenca koja se hibridizuje sa 3' krajem nekodirajućeg ili šablonskog lanca gena i služi kao početna tačka za sintetizaciju kodirajuće sekvence. | Reverzni prajmer je kratka sekvenca DNK koja se hibridizuje sa 3' krajem kodirajućeg ili netemplate lanca i služi kao početna tačka za sintetizaciju nekodirajuće sekvence. |
| Annealing Strand | |
| Naprijed prajmer žarenje sa šablonskim pramenom. | Obrnuti prajmer žarenje s pramenom bez šablona. |
| Rezultirajuća nova sekvenca | |
| Forward prajmer olakšava sintezu kodnog niza. | Reverzni prajmer olakšava sintezu nekodirajuće sekvence. |
Sažetak – Primer prema naprijed i obrnuto
Postoje dvije vrste prajmera uključene u PCR tehniku. To su prajmeri naprijed i nazad. Na osnovu elongacije prajmera u sintezi novog lanca DNK, ovi prajmeri su označeni ili imenovani. Taq polimeraza sintetizira novu DNK u orijentaciji od 5’ do 3’. Stoga su prajmeri dizajnirani kao komplementarni 3’ krajevima dvostrukih niti. Prednji prajmer koji se izdužuje u smjeru 5’ do 3’ hibridizira se s 3’ krajem antisense ili šablonom ili nekodirajućom sekvencom. Služi kao početna tačka za sintetizaciju sekvence kodiranja. Reverzni prajmer koji se izdužuje u smjeru 5’ do 3’ hibridizira se s 3’ krajem kodiranja ili netemplate ili osjetilnog niza. Ona služi kao početna tačka za sintetizaciju nekodirajuće sekvence. Ovo je razlika između prajmera naprijed i nazad.
