Ključna razlika – SDS stranica vs Western Blot
Western blotting je tehnika koja detektuje specifičan protein iz uzorka proteina. Ova tehnika se izvodi kroz nekoliko ključnih koraka: gel elektroforeza, blotiranje i hibridizacija. Natrijum dodecil sulfat poliakrilamid gel elektroforeza (SDS stranica) je vrsta tehnike gel elektroforeze koja se koristi za razdvajanje proteina prema njihovoj veličini (molekularnoj težini). Western blot je poseban list membrane za upijanje koji se koristi za prijenos istog uzorka proteina na SDS stranici. Ključna razlika između SDS stranice i western blot-a je u tome što SDS stranica omogućava odvajanje proteina u mješavini, dok western blot omogućava detekciju i kvantifikaciju specifičnog proteina iz mješavine. Oba su korisna u studijama analize proteina.
Šta je SDS stranica?
SDS stranica je tehnika gel elektroforeze koja se koristi za odvajanje proteina. Obično se koristi u biohemiji, genetici, forenzici i molekularnoj biologiji. Kada se proteini ekstrahuju iz uzorka, oni se stavljaju na gel sastavljen od SDS-a i poliakrilamida. SDS je anionski deterdžent koji se koristi za linearizaciju proteina (denaturiranih proteina) i davanje negativnog naboja lineariziranim proteinima proporcionalno njihovoj molekulskoj masi. Poliakrilamid postaje čvrsta podloga za gel. Denaturirani proteini koji su negativno nabijeni migriraju prema pozitivnom kraju aparata kroz gel. U zavisnosti od veličine proteina, brzine migracije se razlikuju među proteinima i dolazi do razdvajanja. Stoga je SDS stranica korisna za odvajanje pojedinačnih proteina na osnovu njihove veličine.
Priprema poliakrilamidnog gela za frakcionisanje proteina je ključni korak u SDS stranici. Ispravna koncentracija poliakrilamida i vrsta upotrijebljenog sredstva za umrežavanje snažno utiču na fizička svojstva gela, što čini stvarno odvajanje različitih proteina. Veličina pora gela treba da se pravilno upravlja radi efikasnog odvajanja. Međutim, SDS stranica se smatra tehnikom odvajanja proteina visoke rezolucije.
SDS tehnika stranice ima veliko ograničenje u analizi proteina. Budući da SDS denaturira proteine prije odvajanja, on ne dozvoljava otkrivanje enzimske aktivnosti, interakcija vezanja proteina, proteinskih kofaktora, itd.
Slika 01: SDS stranica
Šta je Western Blot?
Western blotting tehnika omogućava detekciju specifičnog proteina iz mješavine proteina i mjerenje količine i molekularne težine proteina. Western blot je membrana koja se koristi tokom postupka upijanja da bi se dobila zrcalna slika proteinskih uzoraka u SDS-poliakrilamidnom gelu. Membrana koja se koristi za western blot uglavnom se sastoji od nitroceluloze ili poliviniliden difluorida (PVDF). Membrana sa prenesenim proteinom može se koristiti za identifikaciju željenog proteina. Za detekciju željenog proteina hibridizacijom potrebno je antitijelo visokog kvaliteta. Antitijelo se veže za svoj specifični antigen i otkriva prisustvo željenog antigena koji je protein.
Transfer proteina iz SDS poliakrilamidnog gela u western blot vrši se elektroblotiranjem. To je efikasna i brza metoda koja uzrokuje da proteini elektroforezuju iz gela i prelaze na nitroceluloznu membranu (western blot).
Slika 02: Western Blot
Koja je razlika između SDS stranice i Western Blota?
SDS stranica vs Western Blot |
|
| SDS stranica je tehnika gel elektroforeze. | Western blot je tehnika koja se izvodi na membrani da bi se otkrio specifični protein iz mješavine. |
| Koristi | |
| SDS stranica omogućava odvajanje proteina prema njihovoj veličini. | Western blot dozvoljava prijenos proteina na gel SDS stranice bez promjene njegovog uzorka i omogućava hibridizaciju sa specifičnim antitelima. |
| Nedostaci | |
| Denaturacija proteina, visoka cena i prisustvo hemikalija neurotoksina su nedostaci ove tehnike. | Ova tehnika oduzima mnogo vremena i zahtijeva dobro iskusno lično i specifične kontrolirane uslove. |
Sažetak – SDS stranica vs Western Blot
SDS stranica i western blot su dvije metode uključene u analizu proteina. SDS stranica omogućava lako odvajanje proteina na gelu prema njihovoj molekularnoj težini. Western blot pomaže da se potvrdi prisustvo i količina specifičnog proteina hibridizacijom sa specifičnim antitijelima. Ovo je razlika između SDS stranice i western blota.
