Ključna razlika – SDS stranica u odnosu na izvornu stranicu
SDS i nativna stranica su dvije vrste tehnika elektroforeze na poliakrilamidnom gelu koje se koriste u molekularnoj biologiji. Ključna razlika između SDS stranice i Native Page je vrsta poliakrilamidnog gela koji se koristi. U SDS stranici se koristi denaturirajući gel, stoga se molekuli razdvajaju na osnovu njihove molekularne težine. Nasuprot tome, u Native Page, koriste se nedenaturirajući gelovi. Stoga su molekuli odvojeni na osnovu njihove veličine, naboja i oblika.
Polyacrylamide Gel Electrophoreza (Page) koristi gel napravljen polimerizacijom akrilamidnih monomera sa metilen bisakrilamidom. Poliakrilamid je čvršći i toplinski stabilniji od agaroze. Poliakrilamidni gelovi imaju manju veličinu pora što omogućava efikasno odvajanje proteina. Postoje dvije glavne vrste podešavanja stranice, odnosno SDS stranica i izvorna stranica. SDS Page ili elektroforeza natrijum-dodecil sulfata na poliakrilamidnom gelu razdvaja proteine na osnovu njihove molekularne težine. Denaturirajući gelovi se koriste u SDS stranici. Native Page koristi nedenaturirajuće gelove i odvaja proteine na osnovu njihove veličine, naboja i oblika (3D konformacija).
Šta je SDS stranica?
SDS stranica je najčešća elektroforetska tehnika koja se koristi za odvajanje proteina na osnovu njihove molekularne težine. Gel se pravi dodavanjem SDS (Sodium dodecyl sulfate), koji je deterdžent. SDS proteze pretvara proteine u monomere. SDS je anjonski deterdžent. Stoga, dodaje neto negativni naboj proteinima unutar širokog pH raspona. Kada se neto negativni naboj prenese na molekule proteina, zbog varijacije naboja, složene strukture se razgrađuju. Zbog negativnog naboja, proteini se privlače prema pozitivnom kraju. Tako molekuli sa nižom molekulskom težinom putuju brže po matrici gela i mogu se posmatrati blizu anode, dok se proteini veće molekularne težine primećuju bliže jamicama.
Slika 01: SDS stranica
Vezivanje SDS za polipeptidni lanac je proporcionalno njegovoj relativnoj molekulskoj masi. Stoga se molekularna masa može odrediti i putem SDS stranice. Bojenje gelova SDS Page se vrši bojenjem bromofenol plavim. Primjena SDS stranica u većoj mjeri gdje se može koristiti za procjenu relativne molekulske mase i za određivanje relativne količine proteina u mješavini proteina. SDS stranica se također može koristiti za određivanje distribucije proteina u mješavini proteina. SDS stranica se također primjenjuje za pročišćavanje i procjenu proteina. Koristi se kao preliminarni postupak za western blotting i hibridizaciju, koji se zauzvrat koristi za mapiranje i identifikaciju proteina.
Šta je izvorna stranica?
Nativna poliakrilamidna gel elektroforeza (nativna stranica) koristi ne-denaturirajući gel. Stoga se SDS ili bilo koji drugi denaturirajući agens ne dodaje u matricu gela. U Native Page, razdvajanje proteina je zasnovano na naboju i veličini proteina. Prema tome, mobilnost proteina zavisi od naboja i veličine proteina.
Naboj proteina zavisi od bočnih lanaca aminokiselina. Ako su bočni lanci negativno nabijeni, protein će dobiti ukupni negativni naboj i obrnuto. Proteini zadržavaju 3D konformaciju zbog savijanja koje se događa. Preklapanje je rezultat nekoliko tipova veza u proteinima kao što su disulfidne veze, hidrofobne interakcije i vodikove veze. Stoga, ako se nativni Page nosi na neutralnom pH, proteini će biti razdvojeni prema molekularnom obliku proteina. Stoga se Native Page može koristiti kao osjetljiva tehnika za otkrivanje promjene naboja ili konformacije proteina.
Glavna prednost native Page je u tome što se protein koji se koristi za analizu stranice može vratiti u prvobitno stanje nakon analize stranice, pošto protein nije poremećen tokom procesa. Native Page je tehnika relativno visoke propusnosti, a stabilnost proteina je povećana.
Slika 02: Izvorna stranica
Po završetku ciklusa gela, Native Page gel se može pogledati bojenjem bromofenol plavim ili bilo kojim drugim odgovarajućim reagensom za bojenje. Primjena Native Page uključuje odvajanje kiselih proteina uključujući glikoproteine kao što je humani rekombinantni eritropoetin ili identifikaciju proteina prisutnih u albuminu goveđeg seruma (BSA).
Koje su sličnosti između SDS stranice i matične stranice?
- I SDS Page i Native Page sistemi koriste poliakrilamidni gel kao matricu gela.
- Oba se koriste za odvajanje i identifikaciju proteina.
- Oba koriste elektroforetsku pokretljivost za razdvajanje jedinjenja.
- Oboje se može uraditi vertikalno ili horizontalno (uglavnom kao vertikalno podešavanje stranice jer je dužina rada veća).
- Aparat za elektroforezu uključujući rezervoar za gel, češljeve, napajanje je potrebno za rad obje tehnike.
- Vizualizacija gela se može uraditi metodama bojenja u obje tehnike.
Koja je razlika između SDS stranice i matične stranice?
SDS stranica vs izvorna stranica |
|
| SDS stranica ili stranica natrijum-dodecil sulfata razdvaja proteine na osnovu njihove molekularne težine i koristi denaturirajući gel. | Native Page koristi ne-denaturirajuće gelove i odvaja proteine na osnovu njihove veličine, naboja i oblika (3D konformacija). |
| Vrsta gela | |
| Na SDS stranici se koristi denaturirajući gel. | Nedenaturirajući gel se koristi na matičnoj stranici. |
| Prisustvo SDS | |
| SDS je prisutan kao deterdžent koji daje negativan naboj na uzorku na stranici SDS. | SDS nije prisutan na matičnoj stranici. |
| Osnova razdvajanja | |
| Razdvajanje proteina zavisi od molekularne težine proteina na stranici SDS. | Razdvajanje zavisi od veličine i oblika proteinskog molekula na nativnoj stranici. |
| Stabilnost proteina | |
| Stabilnost proteina je niska na SDS stranici. | Stabilnost proteina je visoka na nativnoj stranici. |
| Oporavak originalnog proteina | |
| Nije moguće jer je denaturiran na SDS stranici. | Moguće na matičnoj stranici. |
Sažetak – SDS stranica vs izvorna stranica
SDS stranica i Native Page su dvije vrste tehnika elektroforeze u poliakrilamidnom gelu koje se koriste za razdvajanje proteina. SDS stranica se tretira deterdžentom koji se zove SDS. SDS daje ukupni negativni naboj proteinu, što zatim rezultira denaturacijom proteina. Stoga se proteini razdvajaju na osnovu njihove molekularne težine. Nasuprot tome, tehnika Native Page ne koristi nikakav denaturirajući agens. Tako se proteini ili razdvajaju na osnovu njihove veličine ili oblika. Ovo je razlika između SDS stranice i matične stranice.
