Ključna razlika između LINIJA i SINE-ova je u tome što su LINIJE (dugo isprepleteni nuklearni elementi) vrsta dužih ne-LTR retrotranspozona, dok su SINE-ovi (kratko intersperirani nuklearni elementi) vrsta mnogo kraćih ne-LTR retrotranspozona.
Non-LTR retrotranspozoni ne sadrže duga terminalna ponavljanja (LTR). Međutim, oni sadrže gene za reverznu transkriptazu, protein koji se vezuje za RNK, nukleazu i ribonukleazu H domen. Retrotranspozoni koji nisu LTR imaju kratka ponavljanja. Ova ponavljanja imaju obrnuti redosled baza jedna pored druge. Osim toga, ne-LTR retrotranspozoni također imaju direktna ponavljanja pronađena u LRT transpozonima. Retrotranspozoni koji nisu LTR spadaju u dvije kategorije kao LINEs i SINEs.
Šta su LINIJE?
LINE (dugo isprepleteni nuklearni elementi) su duži ne-LTR retrotranspozoni. Rasprostranjeni su u genomima eukariota. Obično čine 21,1% ljudskog genoma. Svaka LINIJA duga je oko 7000 baznih parova. LINIJE se mogu transkribirati u mRNA i prevesti u protein koji može funkcionirati kao enzim reverzne transkriptaze. Ova reverzna transkriptaza proizvodi DNK kopije LINIJE RNK. Ove DNK kopije mogu se integrirati u genom na novom mjestu.
Slika 01: LINIJE i SINE
Ljudski genom ima samo jednu bogatu LINiju koja se zove LINE-1. LINE-1 element je dugačak oko 6000 parova baza. Postoji oko 100.000 skraćenih LINE-1 elemenata u ljudskom genomu. Nasumična mutacija se može pojaviti u LINIJAMA. Zbog slučajnih mutacija, LINIJE mogu degenerirati. Više se ne prepisuju niti prevode. Nadalje, LINIJE su grupisane u pet glavnih grupa kao što su L1, RTE, R2, I i jockey. Ovih pet grupa dalje se dijeli na još 28 klada.
LINE se normalno propagiraju kroz mehanizam koji se zove ciljno primirani mehanizam reverzne transkripcije (TPRT). Umetanje LINIJA uzrokuje ljudske bolesti kao što su hemofilija A, rak, mendelski poremećaji, itd. Hipometilacija LINIJA također izaziva određene vrste raka.
Šta su SINE?
SINE (kratki interspered nuklearni elementi) su vrsta mnogo kraćih ne-LTR retrotranspozona. Duge su oko 100 do 700 parova baza. SINE su također DNK elementi koji se umnožavaju kroz eukariotske genome preko RNA intermedijara. SINE čine oko 13% genoma sisara. Unutrašnji regioni SINEs potiču od tRNA. I dalje je visoko očuvan. Često su prisutni kod mnogih vrsta kralježnjaka i beskičmenjaka. Varijacije broja kopija i mutacije u SINE-ovima mogu se uključiti u konstruiranje klasifikacije vrsta zasnovane na filogeniji.
SINE se mogu grupisati u tri glavna tipa: CORE-SINEs, V-SINEs i AmnSINEs. Alu element je najčešći SINE kod primata. Štaviše, postoji više od 50 ljudskih bolesti povezanih sa umetanjem SINE. Kada se umetnu unutar ili blizu egzona, mogu uzrokovati nepravilno spajanje ili promjenu okvira čitanja. To dovodi do fenotipova bolesti kao što su rak dojke, rak debelog crijeva, leukemija, hemofilija, cistična fibroza, rak debelog crijeva, Dentova bolest, neurofibromatoza, itd.
Koje su sličnosti između LINIJA i SINE-a?
- LINEs i SINE su dvije vrste ne-LTR retrotransposona.
- Oba nemaju duge krajnje regije (LTR).
- Oba se uglavnom nalaze samo kod eukariota.
- Obojica su neautonomna.
Koja je razlika između LINIJA i SINE-a?
LINE su duži ne-LTR retrotranspozoni, dok su SINE mnogo kraći ne-LTR retrotranspozoni. Dakle, ovo je ključna razlika između LINIJA i SINE. Nadalje, LINES kodira enzim reverzne transkriptaze, dok SINE ne kodira enzim reverzne transkriptaze. Dakle, ovo je još jedna razlika između LINIJA i SINE-a.
Više razlika između LINIJA i SINE-a je navedeno ispod u obliku tabele za jedno pored drugog poređenje.
Sažetak – LINEs vs SINEs
Retrotranspozoni se uglavnom nalaze kod svih eukariota, ali ih nema kod prokariota. Otprilike 37% ljudskog genoma sadrži retrotranspozone. Retrotranspozoni su uglavnom dva tipa: LTR i ne-LTR retrotranspozoni. Ne-LTR retrotranspozoni ne sadrže dugačka terminalna ponavljanja (LTR), koja su prisutna u LTR retrotranspozonima. Retrotranspozoni koji nisu LTR se dalje dijele u dvije kategorije: LINE i SINE. LINE su duži ne-LTR retrotranspozoni, dok su SINE mnogo kraći ne-LTR retrotranspozoni. Dakle, ovo je sažetak razlike između LINIJA i SINE.
