Ključna razlika između DNK i RNA sondi je u tome što su DNK sonde fragmenti DNK koji su komplementarni ciljnim nukleotidnim sekvencama dok su RNA sonde delovi jednolančane RNK koji su komplementarne sekvence nukleinskih kiselina ciljnih sekvenci.
Proba je umjetno sintetizirana kratka sekvenca DNK ili RNK koja se može označiti radioaktivno ili neradioaktivnim molekulima. Može imati dužinu od 100 do 1000 baza. Sonde su korisne u otkrivanju ciljnih nukleotidnih sekvenci koje su komplementarne sekvenci sonde. Jednom kada se dodaju, sonde se hibridiziraju s komplementarnim sekvencama ili ciljnim sekvencama i čine ih vidljivim za identifikaciju ciljnih sekvenci jer nose radioaktivnost. Sonde su važni molekularni alati za mnoge mikrobne i molekularne oblasti kao što su otkrivanje genetskih bolesti, u virologiji, u forenzičkoj patologiji, u testiranju očinstva, u DNK otisku prstiju, RFLP, molekularnoj citogenetici, in situ hibridizaciji, itd.
Šta su DNK sonde?
DNK sonde su jednolančani dijelovi DNK. Mogu se koristiti za detekciju prisutnosti komplementarnih sekvenci nukleinskih kiselina (ciljnih sekvenci) hibridizacijom. Jednom kada se DNK sonda hibridizira sa svojom komplementarnom sekvencom, ona formira dvolančani hibrid. Kako bi ih otkrili, DNK sonde su općenito označene radioizotopima, biotinom, epitopima ili fluoroforima. DNK sonde označene biotinom mogu se otkriti streptavidinom označenom alkalnom fosfatazom brojnim enzimskim i hemijskim metodama.
Slika 01: DNK sonda
Nukleotidna sekvenca DNK sonde je poznata. To su kratke sekvence dužine od 100 do 1000 parova baza. Duge DNK sonde se mogu generirati tehnologijom rekombinantne DNK. Mogu se generirati i PCR-om i kloniranjem. U kliničkim mikrobiološkim laboratorijama, DNK sonde su lako dostupne za brzu dijagnozu zaraznih bolesti.
Šta su RNA sonde?
RNA sonde su jednolančani dijelovi RNK. One su komplementarne sekvence ciljanim sekvencama u uzorku. Obično se sintetiziraju s RNA polimerazama iz bakteriofaga SP6, T7 ili T3 in vitro transkripcijom DNK. Duge RNK sonde se mogu generirati in vitro transkripcijom iz linearizirane plazmidne DNK. Generalno, RNA sonde se snažno i čvršće vezuju za svoje komplementarne sekvence nego DNK sonde. Slično DNK sondama, RNA sonde se takođe mogu označiti dok se transkribuju.
Koje su sličnosti između DNK i RNA sondi?
- I DNK i RNA sonde su jednolančane nukleotidne sekvence.
- Oba su umjetno dizajnirana i sintetizirana.
- Štaviše, mogu se označiti radioizotopima, epitopima, biotinom ili fluoroforima.
- Oni imaju jak afinitet prema specifičnoj DNK ili RNA ciljnoj sekvenci.
- Koriste se u raznim tehnikama upijanja i in situ hibridizacije za detekciju sekvenci ciljnih nukleinskih kiselina.
- Obje vrste sondi mogu se hibridizirati sa svojim komplementarnim sekvencama.
- Koriste se i u identifikaciji mikroorganizama i dijagnostici zaraznih, nasljednih i drugih bolesti.
Koja je razlika između DNK i RNA sondi?
DNK sonda je kratak dio DNK koji je komplementaran ciljnoj sekvenci. S druge strane, RNA sonda je kratki jednolančani dio RNK komplementaran ciljnoj sekvenci. Dakle, ovo je ključna razlika između DNK i RNK sondi. Nadalje, DNK sonde sadrže A, T, C i G dok RNA sonde sadrže A, U, C i G.
Štaviše, dodatna razlika između DNK i RNK sondi je njihova termodinamička stabilnost. RNK sonde pokazuju veću termodinamičku stabilnost u poređenju sa DNK sondama.
U infografici ispod su prikazane važne razlike između DNK i RNA sondi.
Sažetak – DNK vs RNA sonde
Proba je mali fragment DNK ili RNK koji se koristi za otkrivanje prisustva specifične sekvence u uzorku DNK ili RNK molekularnom hibridizacijom. DNK sonde su kratki jednolančani DNK fragmenti, dok su RNK sonde kratke jednolančane RNK sekvence. To su poznate sekvence. Termodinamička stabilnost je veća u RNK sondama nego DNK sondama. RNK sonde se čvrsto vezuju za svoje komplementarne sekvence nego što se vežu DNK sonde. Dakle, ovo rezimira razliku između DNK i RNK sondi.
