Ključna razlika između gradijenta saharoze i ultracentrifugiranja sa saharoznim jastukom je u tome što se u ultracentrifugaciji sa gradijentom saharoze koristi kontinuirani gradijent saharoze, dok se u ultracentrifugaciji sa saharoznim jastukom koristi diskontinuirani gradijent saharoze.
Gradijent saharoze i ultracentrifugiranje sa saharoznim jastukom su dvije slične vrste tehnika koje se koriste za odvajanje specifičnih tipova makromolekula. U obje tehnike koristi se gradijent gustoće saharoze. Ali u ultracentrifugaciji sa gradijentom saharoze, koristi se kontinuirani gradijent gustine, dok se u ultracentrifugaciji sa saharoznim jastukom koristi diskontinuirani gradijent gustine.
Šta je ultracentrifugacija sa gradijentom saharoze?
Ultracentrifugiranje sa gradijentom saharoze je tehnika koja se može koristiti za frakcioniranje makromolekula kao što su DNK, RNK i proteini. Postoji nekoliko koraka u ovoj tehnici. To su priprema gradijenta saharoze, centrifugiranje, odvajanje i eluiranje. Priprema gradijenta je ključni korak u ovoj tehnici. U ovoj tehnici, uzorak koji sadrži makromolekule različite veličine nanosi se na površinu kolone sa gradijentom saharoze. Prilikom centrifugiranja, makromolekule različite veličine se talože kroz kolonu sa gradijentom saharoze različitim brzinama. Sedimentacija zavisi od nekoliko faktora, uključujući silu centrifugiranja, oblik veličine i gustinu makromolekula, gustinu i viskoznost gradijenta. Na kraju centrifugiranja, makromolekule su prostorno odvojene po gustini. Veći makromolekuli (makromolekuli visoke gustine) se talože prema dnu. Lakši (makromolekuli niske gustine) ostaju na vrhu gradijenta. Stoga se molekuli razdvajaju kao različite trake. Zatim treba razdvojiti trake i izvršiti pročišćavanje specifične makromolekule od saharoze.
Slika 01: Ultracentrifugiranje sa gradijentom saharoze
Na strani primjene, ova metoda se intenzivno koristi za frakcioniranje molekula DNK. Ultracentrifugiranje sa gradijentom saharoze se obično koristi za karakterizaciju veličine i sastava proteinskog kompleksa. Štaviše, ova tehnika se koristi za djelomično pročišćavanje mRNA.
Šta je ultracentrifugacija na jastuku sa saharozom?
Ultracentrifugiranje sa saharozom je još jedna tehnika koja omogućava frakcionisanje makromolekula. Za razliku od ultracentrifugiranja sa gradijentom gustine saharoze, ultracentrifugiranje sa saharoznim jastukom koristi diskontinuirani gradijent gustine. Koncentracija saharoze raste odozgo prema dolje u diskretnim koracima. U ovoj tehnici, razdvajanje se postiže stavljanjem bistrenog ekstrakta na malu zapreminu rastvora saharoze u epruveti za centrifugiranje, takozvanim saharoznim jastukom. Ovo omogućava bolje odvajanje u centrifugiranju velikom brzinom. Kada se molekuli razdvoje kao traka između saharoznog jastuka, bijela traka se može prikupiti i pročistiti. Štaviše, nečistoće se mogu dalje ukloniti metodom saharoznog jastuka. Metoda saharoznog jastuka omogućava da se 60-70% epruvete napuni uzorkom. Dakle, metoda sa saharoznim jastukom omogućava obradu veće količine uzorka.
Koje su sličnosti između gradijenta saharoze i ultracentrifugiranja sa saharoznim jastukom?
- Gradijent saharoze i ultracentrifugiranje na jastuku saharoze su dvije tehnike koje se koriste za odvajanje mješavine makromolekula.
- U obje metode koristi se gradijent saharoze.
- Centrifugiranje je korak u obje metode.
- Molekuli se talože kao traka ili zona u svakoj metodi.
Koja je razlika između gradijenta saharoze i ultracentrifugiranja sa saharoznim jastukom?
Ultracentrifugacija sa saharozom u gradijentu je tehnika koja koristi kontinuirani gradijent saharoze u epruveti za centrifugiranje, dok je ultracentrifugiranje sa saharoznim jastukom tehnika koja koristi diskontinuirani gradijent saharoze. Dakle, ovo je ključna razlika između gradijenta saharoze i ultracentrifugiranja na jastuku saharoze.
Štaviše, ultracentrifugiranje sa saharoznim jastukom omogućava obradu veće količine uzorka, dok ultracentrifugiranje sa gradijentom saharoze omogućava obradu relativno niske zapremine uzorka.
U infografici je prikazano više razlika između gradijenta saharoze i ultracentrifugiranja sa saharoznim jastukom.
Sažetak – Gradijent saharoze naspram ultracentrifugiranja jastuka saharoze
Ultracentrifugiranje sa gradijentom saharoze razdvaja makromolekule koristeći kontinuirani gradijent saharoze. Nasuprot tome, ultracentrifugiranje sa saharoznim jastukom koristi diskontinuirani gradijent saharoze kako bi se odvojile specifične vrste čestica u mješavini. Dakle, ovo je ključna razlika između gradijenta saharoze i ultracentrifugiranja sa saharoznim jastukom. Metoda saharoznog jastuka omogućava sakupljanje morfološki netaknutih čestica jer ne uzrokuje mehanički stres, za razliku od ultracentrifugiranja sa gradijentom saharoze, koja drobi molekule na dno epruvete. Štaviše, ultracentrifugiranje sa saharoznim jastukom omogućava obradu većeg volumena uzorka nego ultracentrifugiranje sa gradijentom saharoze.
