Ključna razlika između ekstrakcije biljne i životinjske DNK je u tome što je kod ekstrakcije biljne DNK potrebno razbiti ćelijski zid mljevenjem tkiva u suhom ledu ili tekućem dušiku kako bi se oslobodio ćelijski sadržaj tokom ekstrakcije životinjske DNK, nije potrebno izvršiti ovaj korak jer životinjske ćelije nemaju ćelijski zid.
Genomska DNK je genetski materijal biljnih i životinjskih ćelija. Genomska DNK je jedinstvena za svaku pojedinačnu biljku ili životinju. Ekstrakcija DNK dobrog kvaliteta DNK je preduslov za molekularna istraživanja. DNK organizama se ekstrahuje za identifikaciju, dijagnozu bolesti, detekciju specifičnih gena i sekvenci, forenzičke svrhe, utvrđivanje očinstva, sekvenciranje genoma, razvoj lijekova itd. Metoda ekstrakcije DNK varira u zavisnosti od vrste ćelije – da li se radi o životinjskoj ili biljnoj.
Šta je ekstrakcija biljne DNK?
DNK u biljnim ćelijama se ekstrahuje za različite molekularne studije. Potrebno je izdvojiti netaknutu, čistu genomsku DNK. Dakle, postoje različite vrste protokola za ekstrakciju DNK koji se razlikuju od protokola ekstrakcije DNK iz životinjskih ćelija. To je zato što biljne ćelije imaju ćelijski zid koji treba razbiti da bi se izvukao ćelijski sadržaj.
Ekstrakcija se obično vrši mlevenjem biljnog tkiva u suvi led ili tečni azot koristeći m alter i tučak. Tada se stanične membrane poremete, a ćelijski sadržaj se vadi u pufer za ekstrakciju. To se obično radi pomoću deterdženta; SDS (natrijum dodecil sulfat) ili CTAB (cetiltrimetilamonijum bromid) pufer. Oslobođena DNK je zaštićena od endogenih nukleaza upotrebom helatnog sredstva kao što je EDTA. Štaviše, proteini se odvajaju od DNK pomoću hloroforma ili fenola.
Slika 01: Ekstrakcija DNK biljaka
Biljke sintetiziraju polisaharide i polifenole, uključujući flavonoide i druge sekundarne metabolite. Ova jedinjenja ometaju ekstrakciju čiste genomske DNK. Stoga većina protokola ekstrakcije biljne DNK uključuje još jedan korak, kao što je tehnika gradijenta gustine cezijum hlorida za eliminaciju ovih jedinjenja.
Većina protokola za ekstrakciju DNK preporučuje korištenje svježih uzoraka listova za ekstrakciju DNK. Neke metode ne uključuju opasne kemikalije kao što su tekući dušik i fenol. CTAB (Cetyl trimethylammonium bromide) protokol je popularan protokol ekstrakcije biljne DNK koji olakšava ekstrakciju visokokvalitetne biljne genomske DNK. To je jednostavan, siguran, pouzdan i isplativ metod za ekstrakciju biljne DNK. Većina ostalih metoda su modificirane verzije CTAB metode.
Šta je ekstrakcija DNK životinja?
Ekstrakcija životinjske DNK je ekstrakcija genomske DNK iz životinjskih ćelija za molekularnu analizu. Za razliku od ekstrakcije biljne DNK, razgradnja ćelijskog zida nije neophodna za životinjske ćelije jer im nedostaje ćelijski zid. Krvne ćelije su najčešći tip životinjskih ćelija koje se koriste u različite svrhe.
Slika 02: Ekstrakcija DNK
Fenol-hloroform metoda je jedan od najboljih izbora za krvna zrnca. Prinos i kvalitet DNK su visoki pri ekstrakciji DNK ovom metodom. To je protokol ekstrakcije DNK tekućina-tečnost, a ova metoda razdvaja molekule DNK na osnovu njihove rastvorljivosti u rastvorima koji se ne mešaju. Fenol, hloroform i izoamil alkohol su tri najbolja sastojka ove metode.
Koje su sličnosti između ekstrakcije DNK biljaka i životinja?
- Tokom ekstrakcije biljne i životinjske DNK, ćelijske membrane moraju biti poremećene.
- DNK treba biti zaštićena od endogenih nukleaza.
- Štaviše, striženje DNK treba spriječiti.
- Dostupni su komercijalni kompleti za ekstrakciju biljnog DNK i životinjskog DNK.
- Za većinu metoda ekstrakcije DNK biljaka i životinja potrebna je stalna modifikacija i standardizacija.
Koja je razlika između ekstrakcije biljne i životinjske DNK?
Ključna razlika između ekstrakcije biljne i životinjske DNK je u tome što ekstrakcija biljne DNK zahtijeva mljevenje biljnog tkiva u suhom ledu ili tekućem dušiku kako bi se razbio ćelijski zid, dok ekstrakcija DNK životinja ne zahtijeva ovaj korak jer su životinje ćelije nemaju ćelijski zid. CTAB metoda je jedna od najboljih metoda za ekstrakciju biljne DNK dok je fenol-kloroform metoda jedna od najboljih metoda za ekstrakciju životinjske DNK.
U infografici ispod su prikazane razlike između ekstrakcije biljne i životinjske DNK.
Sažetak – Ekstrakcija DNK biljaka protiv životinja
Dostupne su različite metode za ekstrakciju DNK iz različitih tipova ćelija. Stoga se protokoli ekstrakcije DNK biljaka razlikuju od protokola ekstrakcije DNK životinjskih stanica. Ekstrakcija biljne DNK zahtijeva razbijanje ćelijskog zida, ćelijske membrane i nuklearne membrane, dok ekstrakcija DNK životinja zahtijeva razgradnju ćelijske membrane i nuklearne membrane. Što je još važnije, ekstrakcija DNK životinjskih stanica ne zahtijeva razbijanje ćelijskih zidova mljevenjem u suhom ledu ili tekućem dušiku. Dakle, ovo je ključna razlika između ekstrakcije biljne i životinjske DNK.
