Ključna razlika između CDS-a i ORF-a je u tome što je CDS ta stvarna nukleotidna sekvenca gena koja se prevodi u protein, dok je ORF dio DNK sekvence koji počinje mjestom inicijacije translacije (početni kodon) i završava se mjesto prekida prijevoda (stop kodon).
Gen ima kodirajuću sekvencu (CDS). Sastoji se od ukupnih egzona gena i startnog kodona i stop kodona. To je stvarni dio gena koji prevodi i proizvodi protein. Otvoreni okvir čitanja ili ORF je nukleotidna sekvenca koja se nalazi između startnog kodona i stop kodona. Ne postoji stop kodon unutar ORF-a koji prekida genetski kod koji se prevodi u protein. Kod prokariota, CDS i ORF gena su isti.
Šta je CDS?
CDS ili kodirajuća sekvenca je dio gena koji se zapravo prevodi u protein. Sastoji se od egzona i dva kodona poznata kao AUG kodon i stop kodon. CDS ne sadrži dva Untranslated regiona: 5’ UTR i 3” UTR. Štaviše, introni nisu uključeni u CDS.
Slika 01: Sekvenca kodiranja
U poređenju sa celim genomom pojedinca, kodirajuće sekvence su mali deo. Kodirajuća sekvenca se sastoji od potrebne sekvence nukleotida za stvaranje aminokiselinske sekvence proteina. Stoga su CDS koncentrirani egzoni koji se mogu podijeliti na nukleotidne triplete ili kodone. Kodoni stvaraju aminokiseline.
Šta je ORF?
Otvoreni okvir čitanja ili ORF je kontinuirani dio nukleotidne sekvence koja počinje početnim kodonom i završava se stop kodonom. Jednostavnim riječima, ORF se odnosi na regiju nukleotidne sekvence koja se nalazi između startnog i stop kodona. Između toga, nema stop kodona koji prekida ORF. Nukleotidna sekvenca između startnog i stop kodona kodira aminokiseline. Generalno, početni kodon je ATG, dok su stop kodoni TAG, TAA i TGA. ORF daje funkcionalni protein kada se transkribira i prevede. Dakle, ORF uključuje startni kodon, nekoliko kodona u srednjoj regiji i stop kodon. Zanimljivo je da ORF ima dužinu koja se može podijeliti sa tri.
Slika 02: Otvoreni okvir za čitanje
Kod prokariota, pošto nema introna, ORF je kodirajuća sekvenca gena koja se transkribuje direktno u mRNA. Stoga su CDS i PRF isti kod prokariota. Kada tražite gene u prokariotima, lako je otkriti ORF i pronaći gen u prokariotima. Kod eukariota, budući da postoje introni, ORF je sekvenca kodona koja se formira nakon obrade ili spajanja RNK. ORF je dokaz koji pomaže u predviđanju gena sve dok je ORF vjerovatno dio gena.
Koje su sličnosti između CDS-a i ORF-a?
- Kod prokariota, CDS i ORF su isti.
- Oba imaju početni i stop kodon.
- Imaju broj nukleotida koji se mogu podijeliti sa tri.
- Kada prevedu, proizvode sekvence aminokiselina.
Koja je razlika između CDS-a i ORF-a?
CDS je stvarni dio gena koji se prevodi u protein, dok je ORF dio DNK između startnog kodona i stop kodona. Dakle, ovo je ključna razlika između CDS-a i ORF-a. Nadalje, CDS ne sadrži introne, ali ORF može sadržavati introne. CDS transkribuje u potpunosti u kompletnu sekvencu mRNA dok ORF može biti dio mRNA sekvence. Dakle, ovo je još jedna razlika između CDS-a i ORF-a.
U nastavku infografika tabelarno prikazuje razlike između CDS-a i ORF-a.
Sažetak – CDS vs ORF
CDS i ORF su dva važna dijela gena. CDS se odnosi na stvarnu regiju DNK koja se prevodi u protein. ORF je sekvenca DNK koja počinje početnim kodonom “ATG” i završava se bilo kojim od tri terminska kodona (TAA, TAG ili TGA). ORF može biti dio kompletne mRNA gena. Međutim, kodirajuća sekvenca gena se transkribuje u kompletnu sekvencu mRNA. Svi CDS-ovi su ORF-ovi. Ali nisu svi ORF-ovi CDS-ovi. Dakle, ovo rezimira razliku između CDS-a i ORF-a.
