Ključna razlika između MLVA i MLST-a je u tome što MLVA koristi polimorfizam tandemski ponovljenih sekvenci DNK za karakterizaciju mikrobnih vrsta, dok MLST koristi polimorfizam DNK sekvenci internih fragmenata višestrukih gena za održavanje kućanstva za karakterizaciju mikrobnih vrsta.
Mikrobna tipizacija se obično koristi za određivanje izvora i puteva infekcije. Potvrđuje ili isključuje izbijanje. Mikrobna tipizacija također prati unakrsni prijenos patogena povezanih sa zdravstvenom skrbi i prepoznaje virulentne sojeve. Štaviše, mikrobna tipizacija procjenjuje učinkovitost mjera kontrole patogenih mikrobnih vrsta. MLVA i MLST su dvije molekularne biološke tehnike koje se koriste u tipizaciji mikroba.
Šta je MLVA?
VNTR analiza više lokusa (MLVA) je molekularna biološka metoda koja koristi polimorfizam tandemski ponovljenih DNK sekvenci za karakterizaciju mikrobnih vrsta. To je metoda koja se koristi za genetsku analizu određenih mikrobnih vrsta.
Tokom prvog koraka MLVA, svaki ciljani VNTR lokus je amplificiran PCR-om sa bočnim prajmerima specifičnim za regiju. Zatim se dobijeni fragmenti odvajaju po veličini elektroforezom na kapilarnom sekvenceru. Genotipizacija svakog lokusa i rezultati prikupljeni iz svakog uzorka omogućavaju karakterizaciju mikroorganizma čija je vrsta poznata. Takođe omogućava identifikaciju podvrste kroz tipizaciju alela i poređenje sa MLVA bazama podataka.
Slika 01: MLVA
Ova MLVA metoda je selektivnija od MLST metode. Nadalje, MLVA metoda ne zahtijeva korak sekvenciranja DNK. Dakle, omogućava razlikovanje bliskih podvrsta ili klonskih vrsta.
Šta je MLST?
Tipizacija višestrukih sekvenci (MLST) je tehnika koja koristi polimorfizam DNK sekvenci internih fragmenata više gena za održavanje za karakterizaciju mikrobnih vrsta. MLST je tehnika u genetskoj analizi za tipizaciju višestrukih lokusa.
Slika 02: MLST
To je tip sekvenciranja koji se koristi kao referentna tehnika za razlikovanje različitih sojeva mikrobnih vrsta. Ova metoda se zasniva na sekvenciranju gena za održavanje kućanstva. Geni za održavanje obično kodiraju esencijalne proteine mikrobnih agenasa kao što je bakterija. Ove sekvence kućnih gena imaju posebnost što predstavljaju stabilan polimorfizam tokom vremena. Stoga su razlike u sekvencama gena za održavanje dovoljne da razlikuju sojeve jedni od drugih. Nadalje, prva MLST shema koja je razvijena bila je Neisseria meningitidis, uzročnik meningokoknog meningitisa i septikemije. Od svog uvođenja, MLST se koristi ne samo za ljudske patogene, već i za biljne patogene.
Koje su sličnosti između MLVA i MLST?
- MLVA i MLST su dvije molekularne biološke tehnike koje se koriste u tipizaciji mikroba.
- Obje tehnike se mogu koristiti za mikrobnu filogenetičku analizu.
- Obje tehnike su zasnovane na genetskom polimorfizmu.
- Mogu se koristiti za otkrivanje ljudskih bolesti koje uzrokuju mikrobne patogene.
- Obje tehnike bi trebali izvoditi vješti molekularni biolozi.
Koja je razlika između MLVA i MLST-a?
MLVA je tehnika koja koristi polimorfizam tandemski ponovljenih sekvenci DNK za karakterizaciju mikrobnih vrsta. U međuvremenu, MLST je tehnika koja koristi polimorfizam sekvenci DNK internih fragmenata više gena za održavanje domaćinstva za karakterizaciju mikrobnih vrsta. Dakle, ovo je ključna razlika između MLVA i MLST-a. Nadalje, MLVA metoda je selektivnija od MLST metode.
Infografika ispod predstavlja razlike između MLVA i MLST u tabelarnom obliku radi usporedbe.
Sažetak – MLVA vs MLST
MLVA i MLST su dvije molekularne biološke tehnike koje se koriste u tipizaciji mikroba. MLVA koristi polimorfizam tandemski ponovljenih sekvenci DNK za karakterizaciju mikrobnih vrsta, dok MLST koristi polimorfizam sekvenci DNK internih fragmenata višestrukih gena za održavanje kućanstva za karakterizaciju mikrobnih vrsta. Dakle, ovo je ključna razlika između MLVA i MLST-a.
