Ključna razlika – Probe vs Primer
Molekularna sonda je mali fragment DNK ili RNK koji prepoznaje komplementarne sekvence u DNK ili RNK i omogućava identifikaciju ciljne sekvence. Prajmer je mali deo DNK ili RNK koji služi kao početna tačka za sintezu DNK. Prajmeri i sonde hibridiziraju se s komplementarnim nukleotidima DNK šablona ili ciljne DNK. Međutim, ključna razlika između sonde i prajmera je ta što su prajmeri neophodni za replikaciju DNK, dok su sonde neophodne za detekciju specifičnih sekvenci u uzorku DNK.
Šta je sonda?
Proba je mali fragment DNK ili RNK koji se koristi za detekciju ciljne DNK ili RNK u uzorku molekularnom hibridizacijom. Poznati su i kao molekularni markeri. Dužina sonde može varirati (100 do 1000 baza), a nukleotidi sonde su komplementarni dijelu ciljne sekvence. Radi lakšeg otkrivanja, sonde su označene radioaktivnim izotopima ili fluorescentnim bojama ili antitijelima. Sonde se vezuju za komplementarne baze ciljne sekvence i otkrivaju prisustvo ciljne DNK ili RNK u uzorku. Postoje dvije glavne metode označavanja sondi: označavanje kraja i prevođenje nicka. Sonde su kategorizirane u različite tipove uključujući DNK sonde, RNA sonde, cDNa sonde i sonde sintetičkih oligonukleotida, a pripremaju se različitim tehnikama.
Sonde su važni alati u mnogim mikrobnim i molekularnim područjima kao što su virologija, forenzička patologija, testiranje očinstva, DNK otisak prsta, otkrivanje genetskih bolesti, RFLP, molekularna citogenetika, in situ hibridizacija, itd.
Slika 01: Fluorescentno označena sonda koja se koristi u FISH-u za detekciju patogena
Šta je Primer?
Primer je kratak DNK ili RNA fragment koji služi kao inicijator za sintezu DNK. Enzim DNK polimeraza dodaje nukleotide 3’ OH grupi prajmer sekvence i sintetiše novi lanac komplementaran DNK šablona. Prajmeri su vrlo kratki fragmenti dužine od 18 do 20 nukleotida. Hemijski se sintetiziraju u laboratoriji za in vitro amplifikaciju DNK (PCR). Prajmeri mogu imati bilo koju sekvencu nukleotida jer ih je dizajnirao korisnik. Sintetiziraju se tako da odgovaraju komplementarnim bazama DNK šablona. Stoga može imati bilo koju sekvencu nukleotida. Prajmeri su od najveće važnosti za replikaciju DNK jer DNK polimeraza ne može sintetizirati novu DNK bez prethodno postojećeg dijela DNK. Prilikom dizajniranja prajmera za PCR, potrebno je uzeti u obzir sljedeće stvari:
- Primeri bi trebali sadržavati komplementarne nukleotide na bočnom kraju DNK koji želi da se pojača.
- Primeri bi trebali imati temperaturu topljenja između 55 – 65 0C
- G i C sadržaj bi trebao biti između 50 i 60%.
Dva prajmera se koriste u PCR-u kao naprijed i nazad za repliciranje oba lanca DNK uzorka. Prajmeri se obično koriste za PCR i DNK sekvenciranje.
Slika 02: žarenje prajmera u PCR-u
Koja je razlika između Probe i Primera?
Probe vs Primer |
|
| Proba je mali fragment DNK/RNA koji se koristi za otkrivanje prisustva ciljne sekvence u uzorku molekularnom hibridizacijom. | Primer je mali dio DNK ili RNK koji služi kao početna tačka za replikaciju DNK. |
| Funkcija | |
| Ovo detektuje prisustvo specifične sekvence u uzorku DNK ili RNK. | Ovo služi kao početna tačka za sintezu DNK. |
| Dužina | |
| Dužina može biti u rasponu od 100 – 1000 baza | Dužina je općenito oko 18 – 20 baza |
| Vezivanje s komplementarnom sekvencom | |
| Probe se hibridizira sa komplementarnim bazama ciljne sekvence | Primer se žari sa komplementarnim bazama DNK lanaca. |
| Označavanje | |
| Sonde su označene radi lakše detekcije | Primeri uglavnom nisu označeni |
| Koristite u PCR-u | |
| Probe se ne koriste u PCR-u | Primeri se koriste u PCR-u |
Sažetak – Probe vs Primer
Proba je mali fragment DNK ili RNK sekvence koji se može hibridizirati sa komplementarnim nukleotidima kako bi se otkrila ciljna sekvenca u uzorku. Sonde se označavaju radioaktivno, imunološki ili fluorescentno da se vidi prisustvo ciljne sekvence. Prajmer je vrlo mali fragment DNK ili RNK koji služi kao polazna tačka za in vitro amplifikaciju DNK. DNK polimeraza identifikuje prajmer 3’ OH grupe i inicira izgradnju novog lanca komplementarnog šablonu. Sonde i prajmeri rade slično hibridizacijom sa komplementarnim nukleotidima. Dakle, ključna razlika između sonde i prajmera je njihova osnovna funkcija.
