Ključna razlika između dNTP i ddNTP je u tome što su dNTP ili deoksiribonukleotidi građevni blokovi DNK i imaju 3'-OH grupu u strukturi šećera pentoze, dok su ddNTP ili dideoksinukleozid trifosfati nukleotidi kojima nedostaje 3'-OH grupa i oni se koriste u Sanger tehniki sekvenciranja dideoksi DNK za proizvodnju sekvenci DNK različite dužine.
dNTP i ddNTP su nukleotidi. dNTP se odnosi na nukleotide deoksiriboze. Oni su gradivni blokovi DNK. dNTP se koriste za sintezu DNK. dNTP se, s druge strane, odnosi na dideoksinukleozid trifosfate. Koriste se u Sangerovom sekvenciranju kako bi se prekinula sinteza DNK na različitim dužinama. Nedostaje im OH grupa na 3' poziciji. Vodonik je prisutan na poziciji 3' umjesto OH grupe. Stoga, ddNTP nisu u stanju da formiraju fosfodiestarsku vezu sa sledećim nukleotidom. dNTP je sposoban da izvrši sintezu DNK, dok je ddNTP sposoban da prekine polimerizaciju DNK.
Šta je dNTP?
dNTP znači deoksiribozni nukleotid ili deoksiribonukleotid. To je građevinski blok DNK. Postoje četiri tipa dNTP-a. To su dATP, dTTP, dCTP i dGTP. Nazivaju se prema azotnim bazama purina ili pirimidina: adenin (A), gvanin (G), timin (T) i citozin (C).
Slika 01: dNTP
Adenin i gvanin su purinske baze dok su timin i citozin pirimidinske baze. Pentozni šećer dNTP-a je deoksiriboza. Postoji i fosfatna grupa. Dakle, dNTP se sastoji od tri komponente: azotne baze, dezoksiriboze šećera i fosfatne grupe. Ovi dNTP se međusobno kombinuju preko fosfodiestarskih veza. U dNTP-ovima postoji OH grupa vezana za poziciju 3' pentoznog šećera koja je potrebna da formira vezu sa fosfatnom grupom vezanom za 5' ugljenik šećera sledećeg nukleotida. Pošto svi dNTP imaju ovu 3'-OH grupu, oni su sposobni da sintetiziraju i produže DNK lance. Dakle, dNTP djeluje kao osnovna ponavljajuća jedinica DNK i hemijske materije gena. Sinteza DNK se uvijek odvija od 5' do 3'.
Šta je DdNTP?
Sanger sekvencioniranje je prva generacija metode sekvenciranja DNK koju su razvili Frederick Sanger i njegovi koledži 1977. Također je poznato kao sekvenciranje prekida lanca ili dideoksi sekvenciranje jer je osnovni princip ove metode završetak lanca korištenjem dideoksinukleozid trifosfata (ddNTPs). ddNTP su nukleotidi koji se koriste u Sangerovom sekvenciranju. Sanger sekvenciranje se zasniva na selektivnoj inkorporaciji ddNTP-a i prekidu sinteze DNK tokom in vitro replikacije DNK. Posebnost ddNTP-a je da im nedostaje 3'-OH grupa na pentoznom šećeru da bi nastavila formiranje fosfodiestarske veze između fosfatne grupe 5' u susjednom nukleotidu. Dakle, kada se ddNTP veže na lanac koji se proteže, izduženje lanca prestaje i završava se od te tačke. ddNTP djeluju kao inhibitori DNK polimeraze koji produžavaju lanac tokom Sangerove metode sekvenciranja.
Slika 02: ddNTP
Postoje četiri ddNTP: ddATP, ddCTP, ddGTP i ddTTP koji se koriste u Sangerovom sekvenciranju. Ovi nukleotidi zaustavljaju proces replikacije DNK kada se ugrade u rastući lanac DNK. Kao rezultat, Sanger sekvenciranje proizvodi različite dužine kratke DNK. Kapilarna gel elektroforeza se koristi za organiziranje ovih kratkih lanaca DNK prema njihovoj veličini na gelu. ddNTP su radioaktivno ili fluorescentno označeni različitim bojama radi lakše analize sekvence DNK. Analizom gela može se odrediti nukleotidna sekvenca nepoznatog DNK lanca.
Koje su sličnosti između dNTP i DdNTP?
- I dNTP i ddNTP se koriste u Sangerovom sekvenciranju.
- Postoje četiri tipa dNTP-a i ddNTP-ova.
- Sastoje se od tri komponente: azotne baze, deoksiriboze šećera i fosfatnih grupa.
Koja je razlika između dNTP i DdNTP?
dNTP je jedan od četiri tipa deoksiribonukleotida koji su građevni blokovi DNK. ddNTP je jedan od četiri tipa dideoksiribonukleozid trifosfata koji se koriste u Sanger tehnici sekvenciranja. dNTP ima 3'-OH grupu na šećeru pentoze, dok ddNTP nema 3'-OH grupu na šećeru pentoze. Dakle, ovo je ključna razlika između dNTP i ddNTP. Štaviše, dNTP provode DNK polimerizaciju dok ddNTP završavaju DNK polimerizaciju. Dakle, ovo je još jedna velika razlika između dNTP i ddNTP.
Infografika ispod navodi razlike između dNTP i ddNTP u obliku tabele.
Sažetak – dNTP vs DdNTP
Normalni dNTP su gradivni blokovi DNK dok su ddNTP nukleotidi koji se koriste u Sangerovoj tehnici sekvenciranja. dNTP ima 3'-OH dok ddNTP nema 3'-OH. Dakle, ovo je ključna razlika između dNTP i ddNTP. Štaviše, dNTP može sintetizirati lanac DNK, dok ddNTP može prekinuti polimerizaciju DNK. Stoga se ddNTP koriste u Sangerovom sekvenciranju kako bi se proizvele različite DNK lance različitih dužina. Tokom Sanger sekvenciranja, uključeni su i dNTP i ddNTP.
