Ključna razlika – uzvodno vs nizvodno DNK
Važno je imati opće znanje o sastavu i strukturi DNK kako bi se razumjela razlika između uzvodne i nizvodne DNK. DNK se sastoji od polinukleotidnih lanaca. Nukleotidi su građevni blokovi koji stvaraju polinukleotidne lance i svaki nukleotid je napravljen od tri komponente: šećera sa pet ugljenika, azotne baze i fosfatne grupe. Fosfatna grupa i OH grupa su vezane za ugljik na 5' poziciji i 3' ugljik u molekuli šećera u nukleotidu, respektivno. Nukleotidi su međusobno povezani fosfodiesterskim vezama formiranim između 5’ fosfatne grupe jednog nukleotida i 3’ OH grupe susjednog nukleotida. Ako polinukleotidni lanac ima slobodnu 5’ fosfatnu grupu, on se dodjeljuje kao 5’ kraj; ako ima slobodnu 3’ OH grupu, dodjeljuje mu se kao 3’ kraj. Prema tome, lanci DNK obično imaju 5’ i 3’ krajeve prema krajnjim pozicijama polinukleotidnih lanaca. DNK postoji i kao dvolančani oblik. Dvije niti su međusobno antiparalelne. Dakle, DNK ima dva lanca koji se kreću u smjeru 5’ do 3’ i 3’ do 5’. Uzvodno i nizvodno DNK se odnosi na transkripciju i sintezu 5’ do 3’ mRNA lanca. Ako se DNK posmatra prema 5. kraju kodirajućeg lanca od mjesta inicijacije transkripcije, to je poznato kao uzvodno DNK. Ako se DNK posmatra prema 3’ kraju od kodirajućeg lanca sa mjesta inicijacije transkripcije, poznato je kao nizvodno DNK. Ovo je ključna razlika između uzvodne i nizvodne DNK.
Šta je upstream DNK?
Gen je strukturna i funkcionalna jedinica nasljeđa koja se nalazi na DNK organizma. Pohranjen je s uputama za konstruiranje proteina. Gen ima specifičan region molekula DNK. Kada je potrebno, transkribuje i prevodi u protein putem sinteze mRNA lanca. Obično se kodirajući lanac gena kreće od 5’ do 3’ smjera. Kada se transkribuje, proizvodi mRNA lanac u istom smjeru 5’ do 3’. Tokom transkripcije, 3’ do 5’ antisense lanac služi kao šablonski lanac i pokreće sintezu mRNA. U genu postoji mjesto inicijacije transkripcije. U odnosu na mjesto inicijacije transkripcije, DNK regija prema 5' kraju kodirajućeg lanca poznata je kao uzvodna DNK. Promotor gena se normalno nalazi u uzvodnoj regiji DNK. U eukariotskim genima postoje TATA kutije, proksimalni elementi promotora i pojačivači u području uzvodno od gena. Uzvodno područje gena označava se negativnim brojevima. Upstream DNK gena je od najveće važnosti za transkripciju.
Šta je nizvodni DNK?
Mjesto inicijacije transkripcije poznato je kao +1 tačka gena. Područje DNK od +1 tačke prema 3’ kraju kodirajućeg lanca poznato je kao nizvodno DNK. Drugim riječima, nizvodno od gena je od mjesta inicijacije transkripcije prema 5' kraju lanca šablona. Stoga, nizvodna DNK genskog regiona uključuje transkripcionu jedinicu i druge sekvence kao što je sekvenca terminatora. Promotor može uticati na nizvodnu sekvencu gena. Nizvodni dio gena označava se pozitivnim brojevima. Nizvodno DNK gena je stvarna regija koja daje proteinski proizvod.
Slika 01: Uzvodno i nizvodno DNK
Koja je razlika između upstream i downstream DNK?
Uzvodno vs nizvodno DNK |
|
| DNK regija prema 5' kraju kodirajuće sekvence od mjesta inicijacije transkripcije poznata je kao uzvodna DNK. | DNK regija prema 3’ kraju kodirajućeg lanca od mjesta inicijacije transkripcije poznata je kao nizvodno DNK. |
| Elementi | |
| Promotori i pojačivači se nalaze na uzvodnoj DNK | Jedinica transkripcije i terminatorske sekvence nalaze se u nizvodnoj DNK. |
| Numeriranje | |
| Nukleotidi u uzvodnoj regiji se upućuju negativnim brojevima | Nukleotidi se upućuju pozitivnim brojevima. |
| Funkcija | |
| Ova regija sadrži elemente neophodne za regulaciju i pokretanje transkripcije | Ova regija sadrži instrukcije za proizvodnju proteina i prekid transkripcije |
Sažetak – Upstream vs DNK DNK
Lako je identificirati uzvodno i nizvodno od RNA lanca. Što se tiče referentnog mjesta, regija prema 5’ kraju RNA lanca poznata je kao uzvodna RNA, dok je regija prema 3’ kraju poznata kao nizvodna RNA. Međutim, u DNK postoje dva lanca koji se kreću u oba smjera 5’ do 3’ i 3’ do 5’. Stoga je razlika između uzvodne i nizvodne DNK komplikovana. Stoga se razlikuje u odnosu na transkripciju gena. Od mjesta inicijacije transkripcije prema 5 kraju osjetilnog lanca, DNK regija je poznata kao uzvodna DNK, dok je od mjesta inicijacije transkripcije prema 3' kraju osjetilnog lanca poznata kao nizvodna DNK. Ovo je razlika između uzvodno i nizvodno od DNK.
