Ključna razlika – proteomika vs transkriptomika
Omic tehnologija je trenutni trend, gdje se različite biomolekule organizma posmatraju kao cjelina zbirka s obzirom na svojstva i funkcije. Omic tehnologija ima širok spektar primjena. Različite omike biološkog uzorka uključuju genomiku, proteomiku, transkriptomiku i metabolomiku. Proteomika uključuje kompletno proučavanje svih proteina u živom organizmu. Definiše se kao skup svih eksprimiranih proteina u organizmu, njegovih strukturnih i funkcionalnih svojstava. Kompletan skup proteina, dakle, formira proteom. Transkriptomika je kompletna studija svih molekula RNK (mRNA) prisutnih u živom organizmu. Dakle, transkriptomika se bavi genima koji su aktivno eksprimirani u živom organizmu. Ukupan skup mRNA u živom organizmu naziva se transkriptom. Ključna razlika između Proteomike i Transkriptomike zasniva se na tipu biomolekula. U proteomici se proučava ukupan skup eksprimiranih proteina u živom organizmu, dok se u transkriptomici proučava ukupna mRNA živog organizma.
Šta je proteomika?
Izraz proteomika je skovan 1995. godine i prvobitno je definisan kao ukupni proteinski komplementar u ćeliji, tkivu ili organizmu. Sa napretkom u proteomskim studijama, onda je modificiran da se smatra krovnim terminom u koji su uključena mnoga područja proučavanja. Trenutno se pod temom proteomika proučava struktura, orijentacija, funkcije, njene interakcije, modifikacije, primjena i značaj proteina. Stoga se trenutno provode mnoga istraživanja u oblasti proteomike.
Prve proteomske studije su urađene da bi se utvrdio sadržaj proteina u Escherichia coli. Mapiranje ukupnog sadržaja proteina urađeno je korištenjem dvodimenzionalnih (2D) gelova. Nakon uspjeha ovoga, naučnici su prešli na karakterizaciju ukupnog sadržaja proteina kod životinja kao što su zamorci i miševi. Trenutno se mapiranje humanih proteina vrši pomoću 2D gel elektroforeze.
Primjena proteomike
Postoje mnoge prednosti proučavanja proteomike, jer su proteini upravljački molekuli većine aktivnosti zbog svojstva katalizatora proteina. Dakle, proučavanje cjelovitih proteina može pružiti informacije o zdravstvenom stanju organizma. Neke aplikacije su;
- Opis genoma: Proučavanjem sadržaja proteina u organizmu, mogu se odrediti tačni genomi odgovorni za aktivni protein. U ovom scenariju rezultati iz sve genomike, transkriptomika i proteomika su važni.
- Identifikacija bolesti/Dijagnostika: Proteomika se koristi u identifikaciji stanja bolesti, upoređivanjem zdravih i bolesnih
- Za provođenje ekspresije proteina proučavane tokom eksperimentiranja.
- Proteinske modifikacije i studije interakcija: Da bi se koristili proteini in vitro uslovima ili i in vivo uslovima, da bi se odlučili uslovi skladištenja ovih ekstrahovanih proteina i da se proučava ponašanje proteina in vitro, in vivo i in – siliko metode.
Slika 01: Proteomika
Postoje različite tehnike uključene u proteomiku
- Ekstrakcija ukupnog proteina i odvajanje proteina pomoću 2D gel elektroforeze. Proteini se takođe mogu odvojiti pomoću tečne hromatografije visokih performansi (HPLC).
- Sekvenciranje ekstrahiranih proteina korištenjem metoda kao što je Edmundova metoda sekvenciranja ili masena spektrometrija.
- Kada su sekvence identifikovane, strukturna i funkcionalna svojstva sadržaja proteina se analiziraju korišćenjem kompjuterskog softvera i bioinformatičkih alata.
Šta je transkriptomika?
Termin transkriptom skovan je nedavno. Transkriptomika je proučavanje ukupnog sadržaja mRNA u organizmu. Ukupna mRNA je izražena DNK u živom organizmu ili ćeliji. Kompletna kolekcija mRNA se naziva transkriptom.
Koraci ka analizi transkriptoma uključuju,
- Ekstrakcija RNK, odvajanje mRNA pomoću kolonske gel hromatografije sa poli DT perlicama.
- Sekvenciranje mRNA je urađeno.
Microarray tehnologija je jedan uobičajeni način identifikacije transkriptoma organizma. Tehnika mikromreža uključuje ploču sonde sa komplementarnim nitima transkriptoma. Nakon hibridizacije, mRNA prisutna u organizmu ili ćelijama može se okarakterisati.
Slika 02: Transkriptomske tehnike
Transkriptomika se sada široko koristi u medicinskom polju. Dijagnostika bolesti i profilisanje bolesti glavna su polja u kojima se koristi transkriptomika. Analizom transkriptoma organizma može se identificirati strana mRNA, a ako postoje infekcije, može se identificirati. Nekodirajuća RNK se može odvojiti pomoću transkriptomskih tehnologija. Takođe se može pratiti ekspresija gena pod različitim stresovima iz okoline.
Koje su sličnosti između proteomike i transkriptomike?
- Oboje čine dio koncepta omic tehnologije.
- Oba se koriste u dijagnostici bolesti i karakterizaciji bolesti organizma.
- Obje oblasti istraživanja uključivale su ekstrakciju biomolekula, odvajanje biomolekula i korake sekvenciranja.
Koja je razlika između proteomike i transkriptomike?
Protemics vs Transcriptomics |
|
| Proteomika uključuje kompletno proučavanje svih proteina u živom organizmu. | Transkriptomika je kompletna studija svih molekula RNK (mRNA) prisutnih u živom organizmu. |
| Proučeni tip biomolekula | |
| Proteini se proučavaju u proteomici. | mRNA se proučavaju u transkriptomici. |
| Proučeni faktori | |
| Struktura, funkcija, interakcije, modifikacije i primjene proteina proučavaju se u proteomici. | Struktura sekvence, interakcije sa okolinom i primjene mRNA proučavaju se u transkriptomici. |
Sažetak – Proteomika protiv transkriptomike
Omici igraju važnu ulogu u oblasti prirodnih nauka. Proteomika se odnosi na proučavanje proteoma koji formira kompletnu kolekciju proteina u ćeliji ili organizmu. Transkriptomika se odnosi na proučavanje transkriptoma koji je kompletan skup izražene DNK koji je u obliku mRNA. Dvije studijske oblasti, proteomika i transkriptomika, nastale su nakon uvođenja genomike i trenutno se široko koriste u medicinskoj dijagnostici i karakterizaciji i skriningu organizama. Ovo je razlika između proteomike i transkriptomike.
Preuzmite PDF Proteomics vs Transcriptomics
Možete preuzeti PDF verziju ovog članka i koristiti je za vanmrežne svrhe prema napomeni o citatu. Molimo preuzmite PDF verziju ovdje: Razlika između proteomike i transkriptomike
