Ključna razlika između ITS1 i ITS2 je u tome što je ITS1 razmaknica DNK koja se nalazi između 18S i 5.8S rRNA gena kod eukariota, dok je ITS2 razmaknica DNK locirana između 5.8S i 28S rRNA gena kod eukariota.
Interni transkribovani razmaknik (ITS) je razmaknica DNK koja se obično nalazi između male podjedinice ribosomalne RNK i velike podjedinice ribosomalne RNK gena u hromozomu ili u odgovarajućem transkribovanom regionu u policistronskom rRNA prekursorskom transkriptnom molekulu. Kod bakterija i arheja postoji samo jedan ITS između 16S i 23S rRNA gena. Ali kod eukariota postoje dva ITS spacer DNK: ITS1 (između 18S i 5.8S rRNA geni) i ITS2 (između 5.8S i 28S rRNA). Stoga su ITS1 i ITS2 dva razmaknuta DNK pronađena između rRNA gena kod eukariota.
Šta je ITS1?
ITS1 je razmaknica DNK koja se nalazi između 18S i 5.8S rRNA gena kod eukariota. ITS se odnosi na dio nefunkcionalne razmaknice DNK smješten između rRNA gena. ITS1 ima veću varijaciju dužine od ITS2. Varijacija dužine ITS1 je približno (200-300bp). ITS markeri kao što je ITS1 su dokazali svoju efikasnost u razjašnjavanju filogenetskih odnosa među različitim taksonima. Štaviše, ITS1 spacer DNK je manje očuvan od ITS2 spacer DNK. ITS1 strukture su sačuvane samo u mnogo manjim taksonomskim jedinicama. Svaki eukariotski ribosomski klaster takođe sadrži regije koje se nazivaju eksterni transkribovani razmaknici (5’ i 3’ ETS).
Slika 01: ITS1 region
ITS1 spacer DNK je vrlo blizak 5'spoljnom transkribovanom spaceru (5' ETS). Nadalje, ako neko želi da pojača ITS1 regiju za studije filogenetskih odnosa, mora koristiti specifičan par prajmera (obrnuti i naprijed prajmeri) u tu svrhu. Za amplifikaciju ITS1 regiona, dva seta prajmera se obično koriste u PCR protokolima laboratorija. To su ITS1 naprijed i ITS2 nazad ili ITS1 naprijed i ITS4 nazad.
Šta je ITS2?
ITS2 je razmaknica DNK koja se nalazi između 5.8S i 28S rRNA gena kod eukariota. ITS2 regija ima kraću varijaciju dužine nego ITS1 regija. Varijacija dužine ITS2 je približno (180-240bp). Međutim, region ITS2 je očuvaniji od regiona ITS1 u mnogim taksonomskim jedinicama. Identificira da sve ITS2 sekvence dijele zajedničko jezgro sekundarne strukture. Štaviše, 40% ITS2 regiona je očuvano među svim kritosjemenicama, dok je moguće uskladiti 50% ITS2 regiona preko porodice i višeg nivoa.
Slika 02: ITS2 region
Bez obzira na obim očuvanja, upotreba ITS2 regiona je takođe veoma popularna, kao što je ITS1 region u studijama filogenetskih odnosa, posebno u barkodiranju gljivične DNK. Za amplifikaciju ITS2 regiona, poseban set prajmera se generalno koristi u PCR protokolima laboratorija. To je ITS1 naprijed i ITS4 nazad. Ali kada PCR protokol koristi ovaj set prajmera, on takođe pojačava ITS1 region zajedno sa ITS2 regionom. Nadalje, ITS2 razmaknica DNK je vrlo bliska 3’spoljnom transkribovanom razmaknice (3’ ETS).
Sličnosti između ITS1 i ITS2
- ITS1 i ITS2 su dva razmaknuta DNK smještena između rRNA gena.
- Prisutni su samo kod eukariota.
- Oba se mogu pojačati upotrebom specifičnih parova prajmera.
- Oboje se izrezuju u sazrevanju rRNA kao nefunkcionalni nusproizvodi.
- Oba su veoma važna za filogenetičke studije odnosa, posebno u barkodiranju gljivične DNK.
Razlika između ITS1 i ITS2
ITS1 je razmaknica DNK prisutna između 18S i 5.8S rRNA gena kod eukariota, dok je ITS2 razmaknica DNK koja se nalazi između 5.8S i 28S rRNA gena kod eukariota. Dakle, ovo je ključna razlika između ITS1 i ITS2. Nadalje, ITS1 ima veću varijaciju dužine u odnosu na ITS2. S druge strane, ITS2 ima kraću varijaciju dužine u odnosu na ITS1. Ovo je još jedna razlika između ITS1 i ITS2.
Infografika ispod navodi razlike između ITS1 i ITS2 u obliku tabele radi usporedbe.
Sažetak – ITS1 vs ITS2
Interna transkribovana regija (ITS) je nefunkcionalni dio razmaknice DNK smješten između rRNA gena. Kod bakterija i arheja postoji samo jedna ITS regija. Ali kod eukariota postoje dva ITS regiona: ITS1 i ITS2. ITS1 je razmaknica DNK koja se nalazi između 18S i 5.8S rRNA gena kod eukariota, dok je ITS2 razmaknica DNK koja se nalazi između gena 5.8S i 28S rRNA kod eukariota. Dakle, ovo je sažetak razlike između ITS1 i ITS2.
