Ključna razlika između CGH i niza CGH je u tome što je CGH tradicionalna molekularna citogenetička metoda za analizu varijacije broja kopija u DNK testnog uzorka koji ima nižu rezoluciju, dok je niz CGH potpuno automatizirana molekularna citogenetička metoda za analiziranje varijacije broja kopija u DNK testnog uzorka koji ima višu rezoluciju.
CGH i niz CGH su dvije tehnike za otkrivanje varijacija broja kopija kod pojedinaca. Varijacija broja kopija odnosi se na dijelove genoma koji se ponavljaju. Broj kopija varira od pojedinca do pojedinca. Varijacije broja kopija općenito su kategorizirane u dvije grupe: kratka ponavljanja i duga ponavljanja. Jedan od najpoznatijih primjera za varijaciju kratkog broja kopija je ponavljanje CAG trinukleotida u genu Huntingtin. Ovo uzrokuje neurološki poremećaj koji se zove Huntingtin. Najbolji primjer za varijaciju broja kopija dugih ponavljanja je gen alfa amilaze, koji uzrokuje otpornost na inzulin. Varijacije broja kopija mogu se otkriti tehnikama kao što su FISH, CGH i niz CGH.
Šta je CGH?
CGH je tradicionalna molekularna citogenetička metoda za analizu varijacije broja kopija u DNK testnog uzorka u poređenju sa referentnim uzorkom. Ima nižu rezoluciju u poređenju sa automatizovanim tehnikama. Cilj ove tehnike je brzo i efikasno uporediti dva uzorka genomske DNK koja potiču iz različitih izvora.
Slika 01: CGH
Procedura uključuje izolaciju DNK iz dva izvora: test i referentni. Zatim je sljedeći korak neovisno obilježavanje testnih i referentnih DNK uzoraka fluoroforima različitih boja. Kasnije su dva uzorka DNK denaturirana kako bi se dobili jednolančani DNK uzorci. Konačno, izvršena je hibridizacija dva dobijena uzorka DNK u odnosu 1:1 prema normalnom metafaznom širenju hromozoma. Kromosomske razlike mogu se identificirati između dva izvora pomoću fluorescentnog mikroskopa i kompjuterskog softvera. Nadalje, CGH tehnika može otkriti samo neuravnotežene hromozomske abnormalnosti.
Šta je niz CGH?
Array CGH je potpuno automatizirana molekularna citogenetička metoda za analizu varijacije broja kopija u DNK uzorka za testiranje u poređenju sa referentnim uzorkom. Ima veću rezoluciju i razvijen je kako bi se minimizirala ograničenja tradicionalnog CGH. Niz CGH kombinuje principe CGH sa upotrebom mikronizova. Umjesto korištenja metafaznog širenja hromozoma, ova metoda koristi slajdove u nizu s malim segmentima DNK kao mete. Ovi mikronizovi su napravljeni deponovanjem i imobilizacijom male količine DNK (sonde) na čvrstu staklenu podlogu. Veličina sondi može varirati od oligonukleotida do bakterijskog umjetnog hromozoma.
Slika 02: Niz CGH
Bez obzira na sonde, osnovna metoda niza CGH je slična CGH. Nakon što se pripreme sonde koje sadrže mikroniz, dva uzorka DNK (testni i referentni) označena fluoroforima različitih boja se pomiješaju i dodaju u mikroniz. Budući da je DNK u uzorcima jednolančana zbog denaturacije, ova DNK se hibridizira s nizom jednolančanih sonda. Koristeći digitalni sistem za snimanje, moguće je identifikovati hromozomske razlike između dva izvora.
Koje su sličnosti između CGH i niza CGH?
- CGH i niz CGH su dvije tehnike za otkrivanje varijacija broja kopija.
- To su molekularne citogenetičke metode.
- Obje metode dijagnosticiraju neuravnotežene hromozomske abnormalnosti.
- Fluorofori su uključeni u obje metode.
- Obje metode se mogu koristiti za otkrivanje genetskih poremećaja zbog varijacija broja kopija.
- Oni se široko koriste u komparativnoj genomskoj analizi.
Koja je razlika između CGH i niza CGH?
CGH je tradicionalna molekularna citogenetička metoda za analizu varijacije broja kopija u DNK testnog uzorka koji ima nižu rezoluciju, dok je niz CGH potpuno automatizirana molekularna citogenetička metoda za analizu varijacije broja kopija u DNK testnog uzorka koji ima veću rezoluciju. Dakle, ovo je ključna razlika između CGH i niza CGH. Nadalje, u CGH, testni i referentni DNK uzorci hibridiziraju se s normalnim metafaznim širenjem hromozoma, ali u nizu CGH, testni i referentni DNK uzorci hibridiziraju se sa imobiliziranim DNK sondama koje sadrže mikromrež.
Infografika ispod navodi razlike između CGH i niza CGH u tabelarnom obliku radi usporedbe.
Sažetak – CGH vs Array CGH
CGH i niz CGH su dvije molekularne citogenetičke tehnike za otkrivanje neuravnoteženih hromozomskih abnormalnosti. Oni se široko koriste u komparativnoj genomskoj analizi. CGH je tradicionalna molekularna citogenetička metoda za analizu varijacije broja kopija u DNK testnog uzorka koji ima nižu rezoluciju. Nasuprot tome, niz CGH je potpuno automatizirana molekularna citogenetička metoda za analizu varijacije broja kopija u DNK testnog uzorka koji ima višu rezoluciju. Dakle, ovo sumira razliku između CGH i niza CGH.
