Ključna razlika između FISH i CGH je u tome što je FISH molekularna tehnika koja detektuje specifičnu sekvencu DNK na hromozomu koristeći fluorescentno obeležene sonde, dok je CGH još jedna molekularna citogenetička tehnika koja detektuje promene u genomskoj DNK.
Citogenetska analiza igra važnu ulogu u medicini kada se otkrivaju hromozomske abnormalnosti kao što su aneuploidije, delecije, duplikacije i preuređivanja, itd. Krmosomske abnormalnosti na kraju dovode do genetskih bolesti kao što su rak, neplodnost, Downov sindrom, Klinefelterov sindrom sindroma, leukemije itd. Postoje različite molekularne citogenetičke metode za otkrivanje gore navedenih mana i bolesti. Među njima, FISH (fluorescentna in situ hibridizacija) i CGH (komparativna genomska hibridizacija) su dvije moćne tehnike hibridizacije. Međutim, obje metode imaju prednosti i nedostatke.
Šta je RIBA?
FISH je tehnika hibridizacije nukleinske kiseline koja se izvodi na dijelu ili dijelu tkiva, u cijelom tkivu ili ćelijama. To je metoda zasnovana na sondi. Tehnika ovisi o teoriji Watson Crick komplementarnog uparivanja baza, što rezultira ili DNK – DNK hibridima ili DNK – RNK hibridima, koji na taj način mogu otkriti mutirane gene ili identificirati gen od interesa. Dalje, ova tehnika koristi jednolančane DNK sekvence, dvolančane DNK sekvence, jednolančane RNK sekvence ili sintetički oligonukleotid pripremljen korišćenjem nick translacije kao sonde koje su komplementarne genskim sekvencama od interesa. Osim toga, najvažnija karakteristika ove tehnike je označavanje sondi fluorescentnim bojama. Tako se sonde vežu za komplementarne dijelove hromozoma i olakšavaju otkrivanje.
Štaviše, FISH je vrlo osjetljiva i specifična metoda. Stoga je to uobičajena tehnika u istraživanju i dijagnostici hematoloških maligniteta i solidnih tumora. Ali, FISH pokazuje nisku rezoluciju. Takođe je potrebno prethodno poznavanje ciljne abnormalnosti za dizajniranje sekvenci sonde.
Slika 01: RIBA
Postoje mnoge primjene FISH-a, uglavnom u molekularnoj dijagnostici zaraznih bolesti za identifikaciju prisustva patogena i potvrđivanje patogena putem molekularne dijagnostike. Štaviše, FISH je uobičajena tehnika u oblasti razvojne biologije, kariotipizacije i filogenetske analize i fizičkog mapiranja hromozoma.
Šta je CGH?
Uporedna genomska hibridizacija (CGH) je još jedna molekularna citogenetička tehnika zasnovana na DNK koja može otkriti promjene genomskih DNK sekvenci. Metoda je napredna metoda koja može analizirati hromozomske i genske modifikacije kako bi se otkrile promjene ili alteracije u sekvencama genomske DNK. Nadalje, CGH zahtijeva izolaciju i fragmentaciju DNK iz eksperimentalnog uzorka i referentnog uzorka. Zatim, uzorke treba označiti pomoću dvije različite fluorescentne boje (obično crvene i zelene). Kasnije se oba uzorka miješaju i dozvoljavaju za kompetitivnu hibridizaciju. Završni korak je analiza uzoraka na promjene u DNK kao što su umnožavanje gena, gubitak gena, itd. Posebno, mjeri se razlike u broju kopija DNK između testnog uzorka i kontrolnog uzorka.
Slika 02: CGH
Još jedna verzija CGH je sada dostupna; to je naprednija metoda od normalnog CGH. To je tehnika koja se zove CGH baziran na nizu ili aCGH. aCGH omogućava preciznu identifikaciju gena ili brisanja sekvenci u više hiljada sekvenci u jednom eksperimentu.
Koje su sličnosti između FISH i CGH?
- FISH i CGH su dvije molekularne tehnike.
- I FISH i CGH se oslanjaju na hibridizaciju nukleinske kiseline.
- Takođe, obje tehnike trebaju dizajnirane sonde za otkrivanje specifičnih DNK ciljeva.
- Koristimo ih za prenatalnu i postnatalnu dijagnostiku genetskih bolesti.
- Štaviše, i FISH i CGH su vrlo moćni alati za proučavanje genomskih promjena.
- Koriste fluorescentne boje za označavanje sondi.
Koja je razlika između FISH i CGH?
FISH je in situ procedura hibridizacije koja koristi fluorescentne sonde za detekciju specifičnih DNK sekvenci, dok je CGH tehnika molekularne hibridizacije koja detektuje promene genomskih DNK sekvenci. Dakle, ovo je ključna razlika između FISH i CGH.
Štaviše, FISH zahtijeva prethodno znanje o ciljnoj abnormalnosti da bi dizajnirao sekvence sonde, dok CGH ne zahtijeva prethodno znanje. Takođe, dodatna razlika između FISH i CGH je u tome što FISH pokazuje ograničenu rezoluciju dok aCGH pokazuje visoku rezoluciju.
Infografika ispod rezimira razliku između FISH i CGH.
Sažetak – FISH vs CGH
FISH i CGH su dvije molekularne citogenetičke tehnike koje olakšavaju detekciju genskih sekvenci od interesa. FISH olakšava detekciju specifične DNK sekvence na hromozomu koristeći fluorescentno obeležene sonde, dok CGH olakšava detekciju promena u genomskoj DNK. Dakle, ovo je ključna razlika između FISH i CGH.
