Ključna razlika između profiliranja polisoma i profiliranja ribosoma je u tome što profiliranje polisoma analizira ponašanje ribozoma koristeći i ribozom i mRNA (polizom) tokom translacije, dok profiliranje ribozoma analizira ponašanje ribozoma samo koristeći sekvencu mRNA tokom translacije.
Translacija je druga faza sinteze proteina koja pretvara informacije u mRNA u sekvencu aminokiselina. Translatomika je studija ORF-ova (otvorenih okvira za čitanje) koji se aktivno prevode u ćeliji organizma. Tehnike profiliranja polisoma i ribosoma su dvije vrste tehnika u području molekularne biologije za procjenu i zaključivanje različitih parametara u kontekstu analize translatoma.
Šta je Polysome Profiling?
Profiliranje polisoma je tehnika koja zaključuje status translacije specifične mRNA analizom ponašanja ribozoma i mRNA (polisoma). Drugim riječima, ova tehnika pruža podatke i zaključke o povezanosti mRNA sa ribosomima. Polizom se odnosi na grupu ribozoma vezanih za mRNA koja je prisutna tokom faze elongacije translacije.
Slika 01: Polysome Profiling
Profiliranje polizoma zahtijeva ćelijski lizat, koji se zatim centrifugira. Centrifugirani uzorak se zatim odvaja na osnovu njihove gustine kako bi se okarakterisale male i velike podjedinice ribozoma i odgovarajuća mRNA uključena u formiranje polisoma. Nadalje, proces također uključuje mjerenje optičke gustine. Za izvođenje profiliranja polisoma potrebni su stručnjaci.
Tehnika profiliranja polizoma je važan alat za mnoge aplikacije. Naučnici koriste ovu tehniku za proučavanje stepena translacije u ćelijama. Konkretnije, to je alat za pružanje tačnih informacija o proučavanju pojedinačnih proteina i njihovih specifičnih mRNA. U kontekstu proučavanja stepena translacije određene mRNA, tehnika profilisanja polisoma je od vitalnog značaja. Ovdje se 3’ i 5’ sekvence mRNA mogu istražiti s obzirom na njihov učinak na količinu proizvedene mRNA i nivo translacije.
Šta je profilisanje ribosoma?
Profiliranje ribosoma je tehnika koja analizira ponašanje ribozoma u odnosu na njegovu mRNA tokom translacije. Ovu tehniku su pronašle i razvile Joan Steitz i Marilyn Kozak. Kasnije su ovu tehnologiju dodatno razvila dva naučnika, Nicholas i Jonathan, u kombinaciji sa sekvenciranjem sledeće generacije, što je dovelo do razvoja različitih srodnih tehnika kao što je metodologija prevođenja afiniteta ribosoma (TRAP).
Slika 02: Sekvenciranje ribosoma
Procedura profiliranja ribozoma uključuje izolaciju mRNA, uklanjanje RNK koja nije vezana za ribozome i odvajanje mRNA vezane za ribozome. Nakon ove procedure, izolat mRNA se reverzno transkribuje i dolazi do sinteze cDNK. Konačno, podaci o sekvenci se mogu uskladiti s translacijskim profilom kako bi se zaključile karakteristike ponašanja ribosoma u odnosu na mRNA.
Profiliranje ribosoma pomaže mnogim istraživačima da identifikuju i zaključuju lokaciju početnih mjesta translacije, komplement prevedenih otvorenih okvira čitanja (ORF) u ćeliji ili tkivu, distribuciju ribozoma na mRNA i brzinu prevođenje ribozoma. Profiliranje ribosoma je također poznato kao otisak ribosoma ili Ribo Seq.
Koje su sličnosti između profiliranja polisoma i profiliranja ribosoma?
- Profiliranje polisoma i ribosoma su molekularne biološke tehnike važne u istraživanju.
- Oni pružaju informacije o procesu prevođenja.
- Oba procesa profiliranja daju podatke kroz analizu translatoma.
- Potrebni su profesionalni stručnjaci za izvođenje obje tehnike za tačne rezultate.
- Bioinformatički alati igraju važnu ulogu u obje tehnike.
Koja je razlika između profiliranja polisoma i profiliranja ribosoma?
Profiliranje polizoma analizira ponašanje ribozoma koristeći ribozom i mRNA (polizom) tokom translacije, dok profiliranje ribozoma analizira ponašanje ribozoma samo koristeći sekvencu mRNA tokom translacije. Dakle, ovo je ključna razlika između profiliranja polisoma i profiliranja ribosoma. Štaviše, profiliranje polisoma uključuje tehnike poput centrifugiranja gradijenta gustoće i mjerenja optičke gustoće, dok profiliranje ribosoma uključuje ekstrakciju mRNA i tehnike sekvenciranja. Također, profiliranje ribosoma je preciznije od profiliranja polisoma.
Infografika ispod predstavlja razlike između profiliranja polisoma i ribosoma u obliku tabele za usporedbu.
Sažetak – Profiliranje polizoma vs profiliranje ribosoma
Translacija je druga faza sinteze proteina koja uključuje pretvaranje informacija o sekvenci mRNA u sekvencu aminokiselina. Ovaj proces zahtijeva mRNA šablon, ribozome, aminokiseline, tRNA i druge faktore. Profiliranje polisoma i ribosoma su dvije molekularne tehnike. Profiliranje polisoma analizira ponašanje ribosoma koristeći ribozom i mRNA (polizom) tokom translacije, dok profilisanje ribosoma analizira ponašanje ribosoma samo koristeći sekvencu mRNA tokom translacije. Profiliranje polisoma uključuje tehnike poput centrifugiranja gradijenta gustoće i mjerenja optičke gustoće. Profiliranje ribosoma uključuje tehnike kao što su ekstrakcija mRNA, sinteza cDNK i sekvenciranje. Dakle, ovo rezimira razliku između profiliranja polisoma i profiliranja ribosoma.
