Ključna razlika – YAC vs M13 Phage Vector
Kloniranje DNK je važan proces koji omogućava razmnožavanje važnih fragmenata DNK organizama. Zahteva spajanje specifične DNK sa vektorskom DNK da bi se stvorila rekombinantna DNK koja se transformiše u organizam domaćina. Vektor je molekul DNK koji se ponaša kao sredstvo za prenošenje stranog genetskog materijala u drugu ćeliju ili organizam. Trebao bi biti sposoban da se replicira unutar organizma domaćina i proizvodi više kopija rekombinantne DNK. Postoje različite vrste vektora koji se koriste u kloniranju DNK. Umjetni hromozom kvasca (YAC) i vektor faga M13 su dvije vrste među njima. Ključna razlika između YAC i vektora faga M13 je u tome što je YAC umjetni kromosom koji se replicira u stanicama kvasca, dok je vektor faga M13 jednolančani kružni DNK bakteriofaga M13 koji se replicira u ćelijama E Coli.
Šta je YAC vektor?
YAC je veštački izgrađen hromozom koji ima sposobnost da nosi veliki segment stranog DNK i da se replicira unutar ćelija kvasca. Ima centromere, telomere i sekvence koje se autonomno repliciraju neophodne za replikaciju i stabilnost. YAC takođe treba da nosi selektivni marker ili markere i restrikciona mesta kako bi bio efikasan vektor za kloniranje. Velike sekvence u rasponu od 1000 kb do 2000 kb mogu se umetnuti u YAC i prenijeti u kvasac.
Slika 01: YAC Vector
Šta je M13 Phage Vector?
Bacteriophage M13 je virus koji inficira i replicira u E Coli. Genom bakteriofaga M13 je male veličine, oko 6,7 kb. To je jednolančana, kružna i pozitivno osjetilna DNK. Ovaj virus specifično inficira bakteriju E Coli preko F pilusa. Jednom kada uđe u ssDNK u bakteriju, ona sintetiše svoj komplementarni lanac i postaje dsDNK ili replikativni oblik (RF) M13. RF se može ponašati kao plazmid unutar organizma domaćina. dsDNK se replicira unutar E Coli i proizvodi ssDNK koja nosi nove fage. Ovi novi fagi se kontinuirano oslobađaju iz E Coli bez ubijanja ćelije domaćina. Međutim, infekcija usporava rast E Coli. dsDNK se može ekstrahovati iz bakterijskih ćelija i koristiti kao vektori u kloniranju DNK. Oni su poznati kao vektori faga M13. Njima se može lako manipulirati i koristiti slično kao i plazmidni vektori.
Inherentna sposobnost infekcije ovih M13 faga služi kao dobra kvalifikacija da se koristi kao vektor u kloniranju gena. Kada se M13 razvija u vektor, u njegov genom treba ugraditi nekoliko elemenata. Oni su gen za protein lac represor (lac I), proksimalni region lac Z gena, promotor lac i mjesto za višestruko kloniranje (polilinker). Kada se dsDNK M13 koristi kao vektori, može se tretirati kao plazmidni vektor. Međutim, upotreba ssDNA M13 ima prednosti u sekvenciranju DNK i mutagenezi usmjerenoj na mjesto.
Pošto M13 fagni vektor nosi višestruko mjesto kloniranja u lacZ regiji, rekombinovani vektori se mogu lako identifikovati skriningom plavo/bijele kolonije na agar pločama koje sadrže IPTG i X-Gal. Plavi plakovi nastali na pločama ne sadrže rekombinovane fage. Stoga se fagi sa umetcima mogu odabrati u svrhu kloniranja.
Slika 02: Bakteriofag M13
Koja je razlika između YAC i M13 Phage Vector?
YAC vs M13 Phage Vector |
|
| YAC je genetski modifikovan hromozom koji ima sposobnost da nosi veliki segment stranog DNK i replicira se unutar ćelija kvasca. | M13 vektor faga je virusni vektor koji je razvio bakteriofag M13 koji se koristi za umetanje strane DNK u E Coli. |
| Svrha | |
| YACs su dizajnirani da kloniraju velike fragmente genomske DNK u kvasac. | M13 vektori faga se koriste za umetanje strane DNK u E Coli. |
| Insert Length | |
| YAC-ovi mogu sadržavati genomske umetke veličine megabaze (1000 kb – 2000 kb). | Veličina umetaka je oko 1500 bps. |
| Izgradnja | |
| YAC DNK je teško pročistiti netaknutu i zahtijeva visoku koncentraciju za generiranje YAC vektorskog sistema. | To se događa putem cikličkog fotosintetskog lanca elektrona. |
| Stabilnost | |
| YAC je nestabilan. | M13 fagi se mogu lako izdvojiti. |
| Veličina | |
| Enzimi su veće molekule. | M13 fagi su stabilni od YAC. |
Sažetak – YAC vs M13 Phage Vector
YAC je veštački konstruisan vektorski sistem koji koristi specifičnu regiju hromozoma kvasca za umetanje velikih segmenata genetskog materijala u ćelije kvasca. M13 vektor faga je vektorski sistem izveden iz bakteriofaga M 13 koji koristi E coli kao organizam domaćina. Ovo je glavna razlika između YAC i M13 Phage Vector. Oba su podjednako korisna u tehnologiji rekombinantne DNK i kloniranju gena.
