Ključna razlika – DNK vs RNA ekstrakcija
Proučavanje DNK i RNK su vitalni aspekti kako bi se razumjeli osnovni koncepti molekularne biologije, biotehnologije i genetike. Ekstrakcija čistih uzoraka DNK i RNK neophodna je da bi se sprovele eksperimentalne procedure tokom ovih studija. Ključna razlika između ekstrakcije DNK i RNK je u tome što proces ekstrakcije DNK pročišćava DNK dok ekstrakcija RNK pročišćava RNK. Proces ekstrakcije DNK ima tri različita koraka: ćelijska liza i katabolizam membranskih lipida i proteina, zgrušavanje katabolita koncentriranom otopinom soli i taloženje DNK etanolom. Postupak u tri koraka može se sastojati od dva opciona koraka. Proces pročišćavanja RNK sastoji se od četiri različita koraka: dodavanje gvanidijevog tiocijanata za lizu ćelija, denaturacija proteina uključujući ribonukleaze, odvajanje RNK dodavanjem hloroforma i fenola i ispiranje taloga etanolom.
Šta je ekstrakcija DNK?
DNK ekstrakcija je fizički i hemijski proces koji se koristi za pročišćavanje DNK iz uzorka. Ekstrakcija DNK je važan aspekt u kontekstu molekularne biologije i forenzičkih nauka. Proces se sastoji od tri osnovna koraka. U početku treba nabaviti ćelije od interesa. Zatim se olakšava ćelijska liza kako bi se razbila ćelijska membrana, što otvara ćeliju i izlaže citoplazmu zajedno sa DNK. Surfaktanti ili drugi deterdženti mogu se koristiti za lizu lipida sa ćelijske membrane dok se prisutni proteini kataboliziraju proteazama. Ovo je izborni korak. Jednom kada je ćelija lizirana, zgrušavanje kataboliziranih molekula je olakšano koncentriranim otopinama soli. Nakon toga slijedi centrifugiranje otopine koja odvaja nakupine ostataka od DNK. U ovoj fazi, diferencirana DNK se miješa sa reagensima i solima koji se koriste tokom ćelijskog ciklusa.
Slika 01: Ekstrakcija DNK
Da bi se dodatno pročistio, mogli bi se koristiti sljedeći koraci. Jedna metoda je precipitacija etanolom, koja uključuje miješanje ledeno hladnog etanola sa odvojenim uzorkom DNK. DNK je netopiva u alkoholu i na taj način stvara pelet zbog agregacije molekula DNK zajedno. U ovom procesu se dodaje natrijum acetat kako bi se povećao stepen precipitacije povećanjem jonske snage. Pored procesa taloženja etanola, za to se može indukovati i proces ekstrakcije fenola i hloroforma. U ovoj metodi, fenol denaturira proteine prisutne u uzorku. Nakon centrifugiranja, denaturirani proteini će ostati u organskoj fazi, dok će molekuli DNK koji su pomiješani sa hloroformom biti prisutni u vodenoj fazi. Hloroform će ukloniti ostatke fenola. Kada se ekstrakcija završi, DNK se drži rastvorenom u TE puferu ili ultra čistoj vodi.
Šta je ekstrakcija RNK?
RNA prečišćavanje je proces kojim se RNA pročišćava iz biološkog uzorka. Zbog prisustva ribonukleaze u ćelijama i tkivima, ovaj proces je komplikovan. Enzim ribonukleaza ima sposobnost da brzo razgradi RNK. Hemijska priroda ribonukleaza je izuzetno stabilna i teško ih je inaktivirati. Neutralizacija ribonukleaza je opcija. Pošto je ovaj enzim sveprisutan u ćelijama i tkivima, razvijene su posebne tehnike za ekstrakciju RNK. Od mnogih metoda, uobičajena metoda je ekstrakcija gvanidinijum tiocinat-fenol-kloroform.
Slika 02: Ekstrakcija RNK
Metoda ekstrakcije gvanidinijum tiocinat-fenol-hloroform zavisi od centrifugiranja i odvajanja faza. Smjesa koja se centrifugira sastoji se od vodenog uzorka i vode zasićenog rastvora koji se sastoji od fenola i hloroforma. Nakon centrifugiranja, otopina se sastoji od gornje vodene faze i donje organske faze pod neutralnim pH uvjetima (pH 7-8). RNK je prisutna u vodenoj fazi. Organska faza se obično sastoji od proteina rastvorenih u fenolu i lipida rastvorenih u hloroformu. Dodaje se haotropni agens (molekul koji ima sposobnost razbijanja vodikovih veza između molekula vode); ovo je poznato kao gvanidinijum tiocijanat. Ovaj agens ima sposobnost da denaturira proteine koji uključuju ribonukleaze koje mogu razgraditi RNK i uključen je u ćelijsku lizu. Takođe odvaja rRNA od ribosomskih proteina. Završni korak prečišćavanja RNK je ispiranje precipitacije vodene faze etanolom. RNK se takođe može pročistiti tečnim azotom.
Koje su sličnosti između ekstrakcije DNK i RNK?
- Oba procesa ekstrakcije koriste štetne hemikalije kao što su fenol i hloroform.
- Centrifugiranje je bitna tehnika za oba procesa.
- Etanol se koristi za ispiranje taloga i za dobijanje prečišćene DNK ili RNK.
Koja je razlika između ekstrakcije DNK i RNK?
DNK vs RNA ekstrakcija |
|
| Ekstrakcija DNK je proces kojim se izdvaja DNK iz organizma ili uzorka. | RNK ekstrakcija je proces koji izdvaja RNK iz uzorka. |
| Koraci | |
| Proces ekstrakcije DNK se sastoji od tri različita koraka sa dva opciona koraka. | Proces ekstrakcije RNK sastoji se od četiri različita koraka. |
| Reagensi | |
| Površinski aktivne supstance, proteaze (opciono), alkohol, hloroform, fenol, natrijum acetat se koriste za ekstrakciju DNK. | Gvanidijum tiocijanat, hloroform, fenol, etanol se koriste za ekstrakciju RNK. |
Sažetak – Ekstrakcija DNK vs RNK
Ekstrakcija DNK i RNK vitalni su aspekti eksperimentalnih procedura za proučavanje molekularne biologije, genetike i biotehnologije. Oba procesa uključuju slične reagense, ali ekstrakcija RNK koristi poseban reagens poznat kao Guanidium tiocijanat koji smanjuje aktivnost ribonukleaza. Ovo je glavna razlika između ekstrakcije DNK i RNK.
Preuzmite PDF verziju ekstrakcije DNK vs RNA
Možete preuzeti PDF verziju ovog članka i koristiti ga za vanmrežne svrhe prema napomeni o citatu. Molimo preuzmite PDF verziju ovdje Razlika između ekstrakcije DNK i RNK
