Ključna razlika između metagenomike i metatranskriptomike oslanja se na tip biomolekula koji se proučava u svakoj oblasti. Metagenomika proučava DNK, njene sekvence i njeno ponašanje u organizmima, dok metatranskriptomika proučava transkribovanu DNK, uglavnom sekvence mRNA i njeno ponašanje u organizmima.
Metagenomika i metatranskriptomika su dvije oblasti koje su stekle veliku popularnost tokom godina u odnosu na mikrobnu zajednicu. Važni su u zdravstvu, industriji i poljoprivrednoj biotehnologiji. I metagenomika i metatranskriptomika omogućavaju proučavanje pojedinačnih organizama u zajednici i njihovih funkcionalnih uloga koje su korisne ili štetne.
Šta je Metagenomika?
Metagenomika je polje proučavanja koje istražuje deoksiribonukleinsku kiselinu (DNK). Najvažnije je za mikrobnu zajednicu. Takođe, to je naprednije polje u poređenju sa genomikom. U genomici se vrši analiza DNK određenog organizma. Međutim, metagenomika uključuje analizu genetskog materijala u zajednici organizama. Dakle, ovo omogućava proučavanje ponašanja zajednice organizama koji se odnose na jedno stanje ili jednu okolinu.
Slika 01: Metagenomika
Glavna tehnika uključena u metagenomske studije je sekvenciranje sljedeće generacije (NGS) koje koristi tehnologiju mikro-niza. NGS metode mogu analizirati više organizama u jednoj reakciji na prisustvo ili odsustvo specifičnih sekvenci DNK. Ove DNK sekvence mogu biti odgovorne za jedno stanje bolesti ili stanje okoline. Stoga, korištenjem metagenomskog znanja, skrining organizama se može obaviti lako i precizno. Sekvenciranje tokom NGS odvija se u kratkim čitanjima i profilisanje DNK organizama. DNK sekvenca 16s je popularna sekvenca koja se proučava u metagenomiji u vezi s mikroorganizmima.
Slijedeći sekvenciranje zajednice organizama, potrebno je izvršiti poravnanje sekvenci. Alati poput alata Basic Local Alignment Sequence (BLAST) se koriste za ispunjavanje zadatka poravnanja. Nakon usklađivanja, filogenetsko stablo pruža odnos svakog organizma u zajednici i detalje u vezi sa njegovim ponašanjem.
Šta je metatranskriptomika?
Metatranskriptomika je polje proučavanja koje se bavi transkriptomom organizma. Transkriptom čini čitave sekvence RNK transkribovane tokom DNK transkripcije. Sekvence mRNA prisutne u transkriptomu pružaju informacije o genetskoj ekspresiji. Metatranskriptomika je analiza višestrukih transkriptoma među populacijama ili zajednicama.
Slika 02: Analiza transkriptoma
Metatranskriptomičke studije takođe koriste mikromrežne tehnologije da pronađu sekvence kratkih sekvenci čitanja. Štaviše, metatranskriptomika takođe uključuje detaljnu bioinformatičku analizu koristeći alate za poravnanje i metode dizajniranja stabla. Međutim, polje metatranskriptomike je mnogo teže u odnosu na metagenomiku. Ekstrakcija mRNA ili RNK u cjelini nije tako laka kao što se čini. Budući da je RNK vrlo sklona uništavanju i ima vrlo kratko vrijeme života, održavanje i pohranjivanje ovih bi mogli biti mogući upit.
Koje su sličnosti između metagenomike i metatranskriptomike?
- Metagenomika i metatranskriptomika su tehnike visoke propusnosti za analizu zajednica organizama, uglavnom mikrobnih zajednica.
- Obje tehnike koriste tehnologiju mikromreža za izvođenje nalaza.
- Dobijeni rezultati se često analiziraju korištenjem BLAST poravnanja i filogenetskih stabala.
- Štaviše, obje tehnike se ne fokusiraju na jedan organizam, već na grupu ili organizme zajednice.
- Osim toga, oba koncepta se takođe proučavaju uglavnom u odnosu na mikrobe – glavni razlog je njihova različita uloga.
Koja je razlika između metagenomike i metatranskriptomike?
Metagenomika i metatranskriptomika uključuju analizu genetske materije u zajednici organizama. Dakle, metagenomika se odnosi na obrasce i sekvence DNK, dok se metatranskriptomika odnosi na analizu mRNA ili transkribovane DNK. Dakle, ovo je ključna razlika između metagenomike i metatranskriptomike.
Štaviše, postupak ekstrakcije se razlikuje u obje tehnike; metagenomika uključuje postupke ekstrakcije DNK, a metatranskriptomika postupke ekstrakcije RNK. Dakle, ovo je takođe značajna razlika između metagenomike i metatranskriptomike.
Infografika ispod sažima razliku između metagenomike i metatranskriptomike:
Sažetak – Metagenomika vs Metatranskriptomika
Metagenomika i metatranskriptomika su nova polja proučavanja koja analiziraju zajednicu organizama za određeno stanje. Dakle, metagenomika se odnosi na analizu sekvenci DNK. Nasuprot tome, metatranskriptomika se odnosi na analizu RNA sekvenci ili transkribovanih DNK proizvoda. U tom smislu, metatranskriptomika omogućava identifikaciju ekspresije gena za određeni slučaj. Oba su važna u analizi mutacija i njihovih efekata. Ovo su brze i pouzdanije tehnike koje se koriste u prethodnoj dijagnostici. Dakle, ovo je sažetak razlike između metagenomike i metatranskriptomike.
