Ključna razlika između sličnosti i identiteta u poravnanju sekvenci je ta što je sličnost sličnost (sličnost) između dva niza u poređenju dok je identitet broj karaktera koji se tačno poklapaju između dva različita niza.
Bioinformatika je interdisciplinarna oblast nauke koja uglavnom uključuje molekularnu biologiju i genetiku, računarstvo, matematiku i statistiku. Usklađivanje sekvenci je glavni pojam u bioinformatici. To je postupak u kojem se sekvence DNK, RNK ili proteina raspoređuju kako bi se identifikovala područja sličnosti koja je posljedica funkcionalnog, strukturnog ili evolucijskog odnosa između sekvenci. Na kraju poravnanja, oni će biti predstavljeni kao redovi unutar matrice. Da bi se identični znakovi poravnali u uzastopnim bojama, umetnuti praznini su prisutni između ostataka.
Šta je sličnost?
Sličnost u poravnanju sekvenci je sličnost između dve sekvence kada se uporede. Ova činjenica zavisi od identiteta sekvenci. Sličnost opisuje stepen do kojeg su ostaci poravnati. Dakle, slične sekvence sadrže slična svojstva. U bioinformatici, sličnost je alat za procjenu sličnosti između dva proteina.
Slika 01: Sličnost u poravnanju sekvenci
Postoje dva glavna koraka za proces poravnanja sekvence. Početni korak je poravnanje u paru, koje pomaže da se pronađe optimalno poravnanje između dvije sekvence (uključujući praznine) koristeći algoritame kao što su BLAST, FastA i LALIGN. Algoritam podudaranja pronalazi minimalni broj operacija uređivanja; in-delove i supstitucije kako bi se jedna sekvenca uskladila s drugom sekvencom. Nakon poravnanja u paru, potrebno je dobiti dva kvantitativna parametra iz svakog poređenja u paru. Oni su identitet i sličnost.
Šta je identitet?
Identitet u poravnanju sekvence je broj znakova koji se tačno poklapaju između dva različita niza. Stoga se praznine ne računaju pri procjeni identiteta. Smatra se da je mjerenje povezano sa kraćom sekvencom između dvije sekvence. To značajno implicira da ima učinak tamo gdje identitet sekvence nije tranzitivan. Ako je X=Y i Y=Z, tada X nije nužno jednak Z. Ovo se izvodi u smislu mjere udaljenosti identiteta.
Slika 02: Identitet u poravnanju sekvenci
Na primjer, X ima sekvencu AAGGCTT, Y ima sekvencu AAGGC i Z ima sekvencu AAGGCAT. Identitet između X i Y je 100% {5 identičnih nukleotida/min[dužina(X), dužina(Y)]}. Identitet između Y i Z je također 100%. Ali identitet između X i Z je samo 85% {(6 identičnih nukleotida / 7)}.
Koje su sličnosti između sličnosti i identiteta u poravnanju sekvenci?
- I sličnost i identitet su dva termina koja koristimo u poravnanju sekvenci.
- Takođe, oni se odnose na sličnost između dva niza.
- Štaviše, izražavamo ih kao procentualne vrijednosti.
Koja je razlika između sličnosti i identiteta u poravnanju sekvenci?
Sličnost u poravnanju govori o sličnosti između dva niza kada se uporede, dok identitet u poravnanju sekvence govori o količini znakova koji se tačno podudaraju između dva različita niza. Dakle, ovo je ključna razlika između sličnosti i identiteta u poravnanju sekvenci.
Sažetak – Sličnost naspram identiteta u poravnanju sekvenci
Poravnanje sekvenci pomaže da se identifikuju regioni sličnosti u DNK, RNK ili proteina koji su rezultat funkcionalnog, strukturnog ili evolucionog odnosa između sekvenci. Stoga su sličnost i identitet dva ključna pojma u kontekstu poravnanja sekvenci. Ključna razlika između ova dva pojma je u tome što je sličnost sličnost između dva niza u poređenju, dok je identitet broj znakova koji se tačno podudaraju između dva različita niza. Dakle, ovo je sažetak razlike između sličnosti i identiteta u poravnanju sekvenci.
