Ključna razlika između konsenzus PCR i pan PCR je u tome što konsenzus PCR uvijek cilja na konzervirane regije dok Pan PCR cilja varijabilne regije kako bi se identificirali različiti sojevi grupe
Lančana reakcija polimeraze (PCR) je tehnika amplifikacije gena koja se sastoji od tri glavna koraka kao što su denaturacija, žarenje i ekstenzija. Ovo se široko koristi u dijagnostici i molekularnoj identifikaciji. Konsenzus PCR i Pan PCR tehnike su zasnovane na osnovnim ciljevima koje svaki tip PCR koristi.
Šta je konsenzus PCR?
Consensus PCR je PCR tehnika koja cilja na očuvanu regiju za određenu vrstu ili rodove. Zbog toga se za amplifikaciju biraju visoko konzervirane regije. Kroz ovu metodu, organizmi se mogu identificirati i razlikovati na osnovu njihovog konsenzusa. Ova metoda identifikuje očuvani region za određenu vrstu. Na primjer, 16s rRNA regija bakterija ostaje očuvana regija među bakterijama. Stoga je potreban samo jedan set prajmera za amplifikaciju. U većini slučajeva, univerzalni prajmer specifičan se može koristiti za očuvanu regiju.
Slika 01: PCR tehnika
Praćenjem konsenzus PCR metode, mogu se zaključiti karakterizacija vrsta i evolucijski odnosi. Na osnovu efikasnosti amplifikacije određenog uzorka organizma, takođe se može zaključiti konsenzus organizma prema grupi. Nadalje, provođenje konsenzusnog PCR-a je od vitalnog značaja u filogenetskim studijama. Omogućava identifikaciju vrste i tumači devijaciju određenog organizma prikazanu u smislu zajedničkog pretka.
Šta je Pan PCR?
A Pan PCR je način multipleksiranja PCR-a. U ovoj tehnici, različiti sojevi se umnožavaju koristeći različite mete prajmera. Mete, međutim, mogu biti uobičajene mete za grupe sojeva. Dakle, u Pan PCR-u, više od dva seta prajmera mogu se koristiti istovremeno. Može se odvijati u reakcijskoj metodi s jednom cijevi ili kao reakcijom u više cijevi. Pan PCR oduzima više vremena i složeniji je u odnosu na konsenzus PCR. Iz tog razloga, interpretacija rezultata PCR-a može biti složenija u Pan PCR-u.
Glavna primena Pan PCR-a je u molekularnoj dijagnostici. Omogućava razlikovanje različitih sojeva vrste putem ciljane amplifikacije. Pan PCR je idealna tehnika za identifikaciju različitih sojeva jedne vrste koja uzrokuje bolest. U većini slučajeva, automatizacija Pan PCR tehnika za različita zdravstvena stanja je vrlo važna i pouzdana je i visoko efikasna tehnika.
Koje su sličnosti između Consensus PCR i Pan PCR?
- Consensus PCR i Pan PCR su dvije vrste PCR tehnika.
- Obje procedure slijede opći postupak u tri koraka – denaturacija, žarenje i ekstenzija.
- Koriste prajmere koji su specifični za cilj.
- Obje reakcije se odvijaju u termalnom ciklusu.
- Ove reakcije se mogu automatizirati.
- Oba se mogu koristiti u molekularnoj dijagnostici i identifikaciji; međutim, tačnost varira.
- Ove procedure zahtijevaju validaciju.
Koja je razlika između konsenzus PCR-a i Pan PCR-a?
I Consensus i Pan PCR prate istu rutinsku proceduru. Međutim, ključna razlika između konsenzus PCR-a i Pan PCR-a zasniva se na primarnim ciljevima koje svaka procedura koristi. Dok konsenzusni PCR uvek cilja na konzervisane regione, Pan PCR cilja na varijabilne regione kako bi identifikovao različite sojeve grupe. Zbog ove razlike, protokoli za dizajniranje prajmera, broj korištenih setova prajmera i specifične primjene variraju.
Infografika ispod rezimira razliku između Consensus PCR i Pan PCR.
Sažetak – Konsenzus PCR vs Pan PCR
PCR, koji je predstavio Mulli, igra važnu revolucionarnu ulogu u primjenama molekularne biologije. Konsenzus i Pan PCR su dva tipa PCR zasnovana na njihovim ciljnim regionima prajmera. Dok konsenzus PCR cilja na očuvane regije, Pan PCR cilja na varijabilne regije i igra važnu ulogu u identifikaciji soja. Zbog ove osnovne razlike između konsenzus PCR-a i Pan PCR-a, specifične funkcije svakog tipa PCR-a također variraju od filogenetske analize preko molekularne karakterizacije do molekularne dijagnostike.
