Ključna razlika između kontiga i skele je u tome što kontig nema praznina dok se skela sastoji od kontiga i praznina.
Sekvenciranje genoma višećelijskih organizama je veoma teško u poređenju sa sekvencioniranjem jednoćelijskih organizama. Sekvenciranje puškom cijelog genoma je laka i brza tehnika sekvenciranja genoma za višećelijske genome. To je metoda koja paralelno sekvencira mnoge fragmente DNK koji se preklapaju. U ovoj metodi, mali fragmenti se sastavljaju u veće fragmente, a zatim u veće kontige pomoću kompjutera. Zatim se kontigi sastavljaju u skele i konačno u hromozom. Stoga je kontig kontinuirani dio nukleotidnih sekvenci dok je skela dio genoma koji se sastoji od kontiga i praznina. I kontig i skela su rekonstruisane genomske sekvence.
Šta je Contig?
Contig je genomska sekvenca. To je kontinuirani niz sekvenci sastavljen od A, C, G i T baza. Nastaje spajanjem nekoliko malih preklapajućih bitova DNK u duži niz. Jednostavnim riječima, contig je skup skupa fragmenata sekvence. Kreiranje kontiga uključuje identifikaciju preklapajućih fragmenata sekvence na osnovu lokalnog podudaranja nizova i metoda poravnanja koje identifikuju preklapajuće krajeve sekvenci.
Kontigi nemaju praznine. To je dio skele. Kontigi su vezani zajedno prilikom kreiranja skele. Zahtijeva dodatne informacije o relativnom položaju i orijentaciji kontiga u genomu. Praznine razdvajaju kontige u skeli. U osnovi, sastavljanje kontiga je važan korak u sekvenciranju puške cijelog genoma. Kontigi se konačno sklapaju u kompletan genomski niz. Contig sklapanje obično zahtijeva razumijevanje algoritama u podudaranju nizova i poravnanju niza.
Šta je skela?
Skela je rekonstruisana genomska sekvenca od krajnje sekvenciranih klonova sačmaricama sa celim genomom. Strukturno, skela se sastoji od kontiga i praznina. Stoga se skele stvaraju spajanjem kontiga zajedno i razdvajanjem praznina. Za stvaranje skele potrebne su informacije o relativnom položaju i orijentaciji kontiga u genomu. Sklop puške sa cijelim genomom ima za cilj predstavljanje svake genomske sekvence u jednoj skeli. Ali, nije sasvim moguće. Dakle, jedan hromozom može biti predstavljen sa nekoliko skela. Ponekad se skele mogu preklapati. Štaviše, neke skele se mogu filtrirati tokom montaže.
Slika 02: Pregled sklopa puške sa cijelim genomom
Dužina otvora skele ne pokazuje njegovu pravu dužinu. Generalno, praznine su proizvoljno podešene na određene fiksne dužine. Stoga, ove praznine i nesigurnosti u njihovoj dužini stvaraju probleme u razumijevanju pravih prostornih odnosa funkcionalnih elemenata u genomima i stvarnog obima informacija koje nedostaju. Ponekad praznine predstavljaju nedostajuće genomske informacije.
Koje su sličnosti između Contiga i Scaffolda?
- Kontig i skela su genomske sekvence sastavljene od nukleotidnih sekvenci.
- Skele se sastoje od kontiga i praznina.
Koja je razlika između Contiga i Scaffolda?
Kontig je kontinuirana sekvenca sastavljena od skupa fragmenata sekvence. Nasuprot tome, skela je dio genomske sekvence rekonstruiran spajanjem kontiga zajedno. Dakle, ovo je ključna razlika između contiga i skele. Štaviše, kontigi nemaju praznine dok su kontigi u skeli odvojeni prazninama.
U nastavku infografika prikazuje više razlika između kontiga i skele.
Sažetak – Contig vs Scaffold
I kontig i skela su rekonstruisane nukleotidne sekvence u projektima sekvenciranja cijelog genoma. Kontig je kontinuirani dio genomske sekvence koja sadrži A, C, G i T baze bez praznina. Skela je genomska sekvenca koja se sastoji od kontiga i praznina. Dakle, najkraće komponente sklopa su kontigi, dok su skele skupovi kontiga. Konačno, skele se sklapaju u hromozome u sekvenciranju cijelog genoma. Dakle, ovo rezimira razliku između kontiga i skele.
