Ključna razlika između NGS-a i WGS-a je u tome što je sekvenciranje sljedeće generacije (NGS) masovno paralelna tehnologija sekvenciranja druge generacije koja je visoke propusnosti, niske cijene i brze, dok je sekvenciranje cijelog genoma (WGS) sveobuhvatna metoda analize cjelokupne genomske DNK ćelije u jednom trenutku korištenjem tehnika sekvenciranja kao što su Sanger sekvenciranje, pristup sačmaricama ili NGS sekvenciranje velike propusnosti.
U posljednjih nekoliko decenija, razumijevanje genoma ljudi i drugih životinja se značajno povećalo zbog otkrića tehnika brzog sekvenciranja i bioinformatičkih alata. Konvencionalne tehnike sekvenciranja kao što je Sangerovo sekvenciranje imale su svoja ograničenja, što je zahtijevalo razvoj novih metoda brzog sekvenciranja kao što su sekvenciranje sljedeće generacije (NGS) i sekvenciranje nanopora. Tehnika sekvenciranja cijelog genoma (WGS) je noviji pristup koji se već koristi u mnogim projektima istraživanja genoma, kao što je 100.000 genomski projekat Genomic England, UK. Dakle, NGS i WGS su dvije metode sekvenciranja koje su trenutno uključene u mnoge genomske projekte.
Šta je NGS?
NGS (sljedeća generacija sekvenciranja) je masovno paralelna tehnologija sekvenciranja druge generacije koja je visoke propusnosti, niske cijene i brze. Ne postoji precizna definicija sekvenciranja sljedeće generacije. Ali možemo ga jasno razlikovati od konvencionalnih tehnika sekvencioniranja baziranih na kapilarama. Sekvencioniranje nove generacije omogućava sekvenciranje molekula DNK ukupne veličine veće od 1 milion parova baza u jednom eksperimentu. Nudi neviđenu brzinu i opcije visoke propusnosti, kao što je omogućavanje sekvenciranja DNK više pojedinaca u isto vrijeme. Ovo se postiže minijaturizacijom volumena pojedinačnih reakcija sekvenciranja. Štaviše, ovo takođe ograničava veličinu instrumenata i minimizira troškove reagensa po reakciji.
Slika 01: NGS platforme
NGS je metoda sekvenciranja kratkog čitanja koja je već napravila revoluciju u polju bioloških istraživanja. Nadalje, NGS se primjenjuje u različitim područjima kao što su de novo sekvenciranje genoma, sekvenciranje cijelog genoma, analiza transkriptoma, sekvenciranje male RNK i mikro RNK, ciljano ponovno sekvenciranje i sekvenciranje cijelog egzoma.
Šta je WGS?
WGS (sekvenciranje cijelog genoma) je sveobuhvatna metoda analize cjelokupne genomske DNK ćelije u jednom trenutku korištenjem tehnika sekvenciranja kao što su Sangerovo sekvenciranje, pristup sačmaricama ili NGS sekvenciranje visoke propusnosti. Takođe je poznato kao sekvenciranje potpunog genoma ili sekvenciranje kompletnog genoma. Sekvenciranje cijelog genoma podrazumijeva sekvencioniranje cjelokupne hromozomske DNK organizma kao i DNK u mitohondrijima, a za biljke i DNK u hloroplastu u jednom trenutku. WGS omogućava naučnicima da pročitaju tačan niz svih slova koja čine kompletan set DNK. Očekuje se da će WGS koji koristi NGS platformu revolucionirati kliničko postavljanje.
Slika 02: WGS u odnosu na hijerarhijsko sekvenciranje sačmarica
Sekvenciranje cijelog genoma uvedeno je u kliničku njegu 2014. Nadalje, primjena WGS-a uključuje sekvenciranje gena na nivou SNP-a za preciziranje funkcionalnih varijanti u studijama asocijacija, terapijske intervencije u personaliziranoj medicini, evolucijsku biologiju, komparativnu genomsku analizu, studije mutacija i preuređivanja, studije rijetkih varijanti asocijacija i predviđanje podložnosti bolesti i odgovora na lijekove.
Koje su sličnosti između NGS-a i WGS-a?
- NGS i WGS su dvije tehnike sekvenciranja.
- Obje tehnike sekvencioniraju DNK ili RNA.
- Ove tehnike su nove i pouzdane.
- Obe se koriste u dijagnostici bolesti i otkrivanju lijekova.
Koja je razlika između NGS-a i WGS-a?
NGS je masovno paralelna tehnologija sekvenciranja druge generacije koja je visoke propusnosti, niske cijene i brze, dok je WGS sveobuhvatna metoda analize cjelokupne genomske DNK stanice u jednom trenutku korištenjem tehnika sekvenciranja kao što su kao Sanger sekvenciranje, pristup sačmarici ili NGS sekvenciranje visoke propusnosti. Dakle, ovo je ključna razlika između NGS-a i WGS-a. Nadalje, NGS se sastoji samo od metoda sekvenciranja druge generacije, dok se WGS sastoji od metoda sekvenciranja prve, druge i treće generacije.
Sljedeća tabela predstavlja razlike između i NGS-a i WGS-a u tabelarnom obliku radi usporedbe.
Sažetak – NGS vs WGS
U proteklim decenijama, različite tehnike sekvenciranja su se rutinski primjenjivale u savremenim molekularnim istraživanjima. Čak su i vrlo moćni alati za mnoge kliničke primjene. NGS i WGS su dvije metode sekvenciranja koje se trenutno uključuju u mnoge genomske projekte. NGS je tehnologija sekvenciranja druge generacije koja je visoke propusnosti, niske cijene i brze. S druge strane, WGS je metoda analize cjelokupne genomske DNK ili pune genomske DNK ćelije u jednom trenutku korištenjem tehnika sekvenciranja kao što su Sengerovo sekvenciranje, pristup sačmaricama ili NGS sekvenciranje visoke propusnosti. Dakle, ovo je sažetak razlike između NGS-a i WGS-a.
