Ključna razlika između sintenije i kolinearnosti je u tome što je sintenija fizička ko-lokalizacija genetskih lokusa na istom kromosomu u vrsti, dok je kolinearnost fizička ko-lokalizacija genetskih lokusa na istom kromosomu u različitim vrstama koje čuvaju isti red.
Synteny i kolinearnost su dva pojma koja se naizmenično koriste u genomici. Oba termina opisuju obrasce lokalizacije gena na hromozomima kod različitih vrsta. Ovi povezani rasporedi gena među taksonima su vrijedne informacije kada se zaključi zajedničko porijeklo gena. Sintenija se odnosi na fizičku ko-lokalizaciju genetskih lokusa na istom hromozomu u vrsti. Kolinearnost se odnosi na fizičku ko-lokalizaciju genetskih lokusa na istom hromozomu u različitim vrstama koje čuvaju isti red. Dakle, to je oblik sintenije.
Šta je Synteny?
Kod različitih vrsta, postoji skup gena koji se nalazi na istom hromozomu. I ova fizička ko-lokalizacija gena na istom hromozomu kod različitih vrsta poznata je kao sintenija. Takođe, ovi geni se nalaze veoma blizu jedan drugom na jednom hromozomu. Redoslijed gena ne mora nužno biti isti. Ali, lokalizacija gena jedan blizu drugog na istom hromozomu odvija se u sinteniji. Stoga sintenija uglavnom opisuje obrazac raspodjele gena na hromozomu. Ovi obrasci ko-lokalizacije gena ukazuju na odnose između različitih vrsta i njihovu evoluciju. Međutim, sintenija može biti poremećena zbog hromozomskih preuređivanja kao što su translokacije, inverzija i fuzija hromozoma, itd. duplikacije, gubitak i nejednaka homologna rekombinacija.
Slika 01: Synteny
Vjeruje se da su svi povezani geni sintenički. Međutim, nisu svi sintenički geni nužno povezani. Posjeduju zajedničke hromozomske sekvence. Ljudi imaju mnogo sintetičkih gena sa drugim sisarima. Štaviše, mnoge žitarice imaju sintetičke gene.
Šta je kolinearnost?
Kolinearnost je specifičniji oblik sintenije u kojoj se skup gena nalazi na istom hromozomu različitih vrsta istim redoslijedom kao i kod vrsta predaka. Stoga, ako postoji odstupanje od kolinearnosti, to će biti pouzdaniji filogenetski karakter jer kolinearnost objašnjava zajedničko porijeklo gena.
Slika 02: Kolinearnost
Višesmjerna analiza kolinearnosti pruža mnogo pouzdanije informacije o srodnim vrstama i njihovoj filogeniji.
Koje su sličnosti između sintenije i kolinearnosti?
- U sinteniji i kolinearnosti, skup lokusa u dvije različite vrste nalazi se na istom hromozomu.
- Ovi termini opisuju fizičku ko-lokalizaciju genetskih lokusa na istom hromozomu.
- Kolinearnost je specifičniji oblik sintenije.
- Ponekad se oba termina koriste naizmenično u genomici.
- Ako dvije regije imaju kolinearnost, one su očigledno sintene.
- Korisni su u zaključivanju filogenije.
Koja je razlika između sintenije i kolinearnosti?
Synteny i kolinearnost su dva termina koji se koriste naizmenično u genomici. Sintenija se odnosi na fizičku ko-lokalizaciju skupa gena u istom hromozomu kod različitih vrsta. Kolinearnost je oblik sintenije u kojoj je skup gena ko-lokaliziran u istom redoslijedu među različitim vrstama. Dakle, ovo je ključna razlika između sintenije i kolinearnosti.
Sažetak – Synteny vs Collinearity
Izrazi sintenija i kolinearnost odnose se na skup gena koji se nalaze na istom hromozomu kod različitih vrsta. U stvari, ovi geni su lokalizovani u istom hromozomu kod različitih vrsta. Synteny opisuje fizičku ko-lokalizaciju skupa gena na istom hromozomu kod različitih vrsta, dok je kolinearnost specifičniji oblik sintenije u kojoj je skup gena ko-lokaliziran istim redoslijedom. Dakle, ovo rezimira razliku između sintenije i kolinearnosti.
