Ključna razlika – Alpha Helix vs Beta plisirani list
Alfa spirale i beta nabrane ploče su dvije najčešće pronađene sekundarne strukture u polipeptidnom lancu. Ove dvije strukturne komponente su prvi glavni koraci u procesu savijanja polipeptidnog lanca. Ključna razlika između Alpha Helix-a i Beta Pleated Sheet-a je u njihovoj strukturi; imaju dva različita oblika za obavljanje određenog posla.
Šta je Alpha Helix?
Alfa heliks je desna spirala aminokiselinskih ostataka na polipeptidnom lancu. Raspon aminokiselinskih ostataka može varirati od 4 do 40 ostataka. Vodikove veze nastale između kisika C=O grupe na gornjoj zavojnici i vodika NH grupe donje zavojnice pomažu da se zavojnica drži zajedno. Vodikova veza se formira na svaka četiri aminokiselinska ostatka u lancu na gore navedeni način. Ovaj uniformni uzorak daje mu određene karakteristike kao što je debljina zavojnice i diktira dužinu svakog potpunog okreta duž osi spirale. Stabilnost strukture alfa heliksa zavisi od nekoliko faktora.
O atomi u crvenoj, N atomi u plavoj i vodikove veze kao zelene isprekidane linije
Šta je Beta plisirani list?
Beta nabrani list, poznat i kao beta list, smatra se drugim oblikom sekundarne strukture u proteinima. Sadrži beta niti koji su bočno povezani sa najmanje dvije ili tri vodonične veze okosnice kako bi se formirala uvrnuta, naborana ploča kao što je prikazano na slici. Beta lanac je deo polipeptidnog lanca; njegova dužina je općenito jednaka 3 do 10 aminokiselina, uključujući kičmu u proširenoj potvrdi.
4-lančani antiparalelni β fragment iz kristalne strukture enzima katalaze.
a) prikazuje antiparalelne vodonične veze (tačkaste) između peptidnih NH i CO grupa na susjednim nitima. Strelice pokazuju smjer lanca, a konture elektronske gustine ocrtavaju ne-H atome. O atomi su crvene kuglice, N atomi su plavi, a H atomi su izostavljeni radi jednostavnosti; bočni lanci su prikazani samo do prvog bočnog C atoma (zeleno)
b) Pogled sa ivice na centralna dva β pramena
U beta nabranim listovima, polipeptidni lanci idu jedan pored drugog. Dobio je naziv "plisirani list" zbog talasastog izgleda strukture. Oni su međusobno povezani vodoničnim vezama. Ova struktura omogućava formiranje više vodikovih veza rastezanjem polipeptidnog lanca.
Koja je razlika između Alpha Helix-a i Beta plisirane ploče?
Struktura alfa heliksa i beta nabranog lista
Alpha Helix:
U ovoj strukturi, polipeptidna kičma je čvrsto vezana oko imaginarne ose kao spiralna struktura. Takođe je poznat kao helikoidni raspored peptidnog lanca.
Formiranje strukture alfa heliksa događa se kada se polipeptidni lanci uvrću u spiralu. Ovo omogućava svim aminokiselinama u lancu da formiraju vodikove veze (veza između molekula kiseonika i molekula vodonika) jedna s drugom. Vodikove veze omogućavaju spirali da zadrži spiralni oblik i daje čvrstu zavojnicu. Ovaj spiralni oblik čini alfa spiralu veoma snažnom.
Vodične veze su označene žutim tačkama.
Beta plisirani list:
Kada se dva ili više fragmenata polipeptidnog(ih) lanca(a) preklapaju jedan s drugim, formirajući jedan s drugim red vodoničnih veza, mogu se pronaći sljedeće strukture. To se može dogoditi na dva načina; paralelni raspored i antiparalelni raspored.
Primjeri strukture:
Alpha Helix: Nokti na rukama ili nogama mogu se uzeti kao primjer strukture alfa heliksa.
Beta plisirani list: Struktura perja je slična strukturi beta plisiranog lista.
Karakteristike strukture:
Alfa spirala: U strukturi alfa heliksa, ima 3,6 aminokiselina po okretu spirale. Sve peptidne veze su trans i planarne, a N-H grupe u peptidnim vezama usmjerene su u istom smjeru, koji je približno paralelan osi spirale. C=O grupe svih peptidnih veza usmjerene su u suprotnom smjeru i paralelne su s osom spirale. C=O grupa svake peptidne veze je vezana za N-H grupu peptidne veze formirajući vodoničnu vezu. Sve R-grupe su usmjerene prema van od heliksa.
Beta nabrani list: Svaka peptidna veza u beta nabranom listu je ravna i ima trans-konformaciju. C=O i N-H grupe peptidnih veza iz susjednih lanaca nalaze se u istoj ravni i usmjerene su jedna prema drugoj stvarajući vodikovu vezu između njih. Sve R-grupe u bilo kojem lancu mogu se alternativno pojaviti iznad i ispod ravnine lista.
Definicije:
Sekundarna struktura: To je oblik preklopnog proteina zbog vodonične veze između njegove kičmene amidne i karbonilne grupe.
