Ključna razlika između linkera i adaptera je u tome što linker nema kohezivne krajeve dok adapter ima jedan kohezivni kraj.
DNK ligacija je proces spajanja dvaju molekula DNK, formirajući fosfodiestarske veze. Enzim koji se zove DNK ligaza katalizira ovu reakciju. To je jedan od kritičnih koraka u modernim molekularnim biološkim poljima kao što su tehnologija rekombinantne DNK i kloniranje DNK. Efikasnost ligiranja zavisi od krajeva molekula DNK koji se vezuju. Postoje dvije vrste krajeva DNK kao što su ljepljivi i tupi krajevi. Efikasnost ligacije je visoka sa ljepljivim nego sa tupim krajevima. Ako ciljni DNK molekuli imaju tupe krajeve, korisni će biti molekuli koji se nazivaju adapteri ili linkeri. Adapteri i linkeri su hemijski sintetizirani oligonukleotidni molekuli koji pomažu u vezivanju DNK. Imaju i interne restriktivne stranice. Adapter ima jedan lepljivi kraj i jedan tupi kraj, dok linker ima dva tupa kraja.
Šta je linker?
Linker je hemijski sintetizovana oligonukleotidna sekvenca koja je dvolančana. Linker ima dva tupa kraja. Linker se koristi za vezivanje molekula DNK koji imaju tupe krajeve za vektore. Sadrži jedno ili više internih restrikcijskih mjesta. Ova restrikcijska mjesta rade kao mjesta za prepoznavanje restrikcijskih enzima.
Slika 01: Linker
Nakon ligacije, DNK se ponovo ograničava restrikcijskim enzimima kako bi se proizveli kohezivni krajevi. EcoRI-linkeri i sal-I linkeri su obično korišćeni linkeri.
Šta je adapter?
Adapter je dvolančana oligonukleotidna sekvenca koja se koristi za povezivanje dva molekula DNK zajedno. To je kratka sekvenca sa jednim tupim krajem i jednim lepljivim ili kohezivnim krajem. Stoga se sastoji od jednolančanog repa na jednom kraju, koji poboljšava efikasnost DNK ligacije.
Slika 02: Ligacija DNK pomoću adaptera
Štaviše, adapter ima interna mjesta ograničenja. Stoga, nakon ligacije, DNK se može ograničiti odgovarajućim restrikcijskim enzimima kako bi se stvorio novi izbočeni kraj. Jedan nedostatak adaptera je što dva adaptera mogu formirati dimere tako što se baze uparuju sa sobom. Ovo se može izbjeći tretiranjem sa enzimom zvanim alkalna fosfataza.
Koje su sličnosti između linkera i adaptera?
- I linker i adapter su dvolančane kratke oligonukleotidne sekvence.
- One nose interne restriktivne stranice.
- Štaviše, oni su hemijski sintetizovani molekuli DNK i sintetički su molekuli.
- Oni mogu povezati dva molekula DNK zajedno.
- Nakon ligiranja linkera i adaptora, DNK je ponovo ograničen restrikcijskim enzimima kako bi se proizveli ljepljivi krajevi.
Koja je razlika između linkera i adaptera?
Linker je hemijski sintetizovan kratki oligonukleotidni dupleks sa dva tupa kraja. Adapter je hemijski sintetizovan kratki oligonukleotidni dupleks sa jednim lepljivim i jednim tupim krajem. Dakle, ovo je ključna razlika između linkera i adaptora. Štaviše, adapteri mogu formirati dimere, dok linkeri ne formiraju dimere. Dakle, ovo je još jedna značajna razlika između linkera i adaptera.
U nastavku je sažetak razlika između linkera i adaptera u obliku tabele.
Sažetak – Linker vs Adaptor
Linker i adapter su dva tipa hemijski sintetizovanih oligonukleotida koji su korisni u vezivanju DNK sa tupim krajem. Linker ima dva tupa kraja, dok adapter ima jedan tupi i jedan kohezivni kraj. Dakle, ovo je ključna razlika između linkera i adaptera. To su dvolančani molekuli koji imaju interna restrikcijska mjesta. Oni se široko koriste u tehnologiji rekombinantne DNK i kloniranju DNK.
