Ključna razlika između crRNA tracrRNA i gRNA je ta što je crRNA jedan od dva tipa RNK CRISPR-a, koji je komplementaran ciljnoj DNK sekvenci, dok je tracrRNA drugi tip RNK CRISPR-a, koji služi kao skela za vezivanje Cas nukleaze i gRNA je jedna od dvije glavne komponente CRISPR-Cas9 sistema bakterija i arheja koja prepoznaje ciljnu DNK i vodi Cas proteine da naprave dvolančane prekide u ciljnoj DNK.
CRISPR je skraćenica za grupisane pravilne isprepletene kratke palindromske ponavljanja. To je jedan od imunoloških sistema kod bakterija i arheja. Bakterije i arheje koriste ovaj sistem da se zaštite od virusnih patogena. To je jedan od najnevjerovatnijih mehanizama koji uključuje uspješnu genetsku modifikaciju. Ovaj mehanizam (CRISPR-Cas9) se koristi kao novi alat za uređivanje gena u biotehnologiji. Donio je nova dostignuća u biotehnologiji, posebno u oblasti genetskog inženjeringa.
Postoje dvije glavne komponente sistema CRISPR-Cas9. Oni su vodeći RNA (gRNA) i CRISPR-povezane (Cas) nukleaze. Vodeća RNK je specifična RNK sekvenca koja vodi Cas proteine da cijepaju ciljnu DNK. Vodeća RNK se sastoji od dva tipa RNK. To su crispr RNA (crRNA) i tracrRNA. Nukleaze povezane sa CRISPR-om (Cas) su nespecifične endonukleaze koje prave dvolančane prekide u ciljnoj DNK. Praveći dvolančane prekide u ciljnoj DNK, bakterije i arheje usmjeravaju svoje endogene mehanizme popravke da inaktiviraju virusnu DNK.
Šta je crRNA?
crRNA ili Crispr RNA je jedan od dva tipa RNK vodiča. Strukturno, to je sekvenca od 17-20 nukleotida. Najvrednija karakteristika crRNA je da je komplementarna ciljnoj DNK. Stoga se crRNA poklapa sa sekvencom virusne DNK. Specifičnost CRISPR-Cas 9 sistema zavisi od crRNA. U bakterijama, crRNA postoji spojena sa sekvencom tracrRNA, koja je drugi tip CRISPR RNK. Proizvodnja crRNA se pokreće ponovnim izlaganjem bakterija virusu. Kada su izloženi, dolazi do transkripcije gena koji kodira crRNA. Tada se pokreće odbrambeni mehanizam protiv virusa.
Slika 01: CRISPR-Cas9 sistem
Šta je tracrRNA?
Trans-aktivirajuća crRNA ili tracrRNA je drugi dio guideRNA ili CRISPR RNK. Izgovara se kao RNA za praćenje. tracrRNA služi kao skela za vezivanje za protein endonukleaze Cas 9. Drugim riječima, tracrRNA radi kao ručka za usmjeravanje Cas9 prema ciljnoj DNK. Strukturno, tracrRNA ima 42 nukleotida. Postoji u kombinaciji sa crRNA.
Šta je gRNA?
Guide RNA ili gRNA je jedna od dvije glavne komponente imunološkog sistema CRISPR-Cas9. To je specifična RNK sekvenca sastavljena od dva elementa: crRNA i tracrRNA. gRNA prepoznaje ciljnu DNK i usmjerava Cas proteine da naprave dvolančane prekide u ciljnoj DNK. Da bi se to postiglo, crRNA se sastoji od komplementarne sekvence ciljne DNK dok tracrRNA vodi Cas proteine koji rade kao ručka.
Slika 02: gRNA
Dizajniranje ispravne gRNA je kritičan korak u CRISPR-Cas9 alatu za uređivanje gena. Stoga, uspjeh i efikasnost uređivanja CRISPR sistema zavise od ispravnog niza gRNK. gRNA se može eksprimirati u stanicama iz transficiranog plazmida. Kada se klonirani plazmidi uvedu u ćelije, ćelije domaćini stvaraju gRNA. Najčešće generirana gRNA se sastoji od 100 baznih parova.
Koje su sličnosti između crRNA tracrRNA i gRNA?
- crRNA, tracrRNA i gRNA su RNA sekvence pronađene u bakterijama i arhejama.
- Svi pripadaju sistemu CRISPR.
- gRNA je napravljena od crRNA i tracrRNA.
- Oni su uključeni u prepoznavanje DNK bakteriofaga i usmjeravanje endonukleaza prema ciljnoj DNK.
- Dakle, sve tri vrste RNK su uključene u usmjeravanje Cas9 nukleaze kako bi napravile dvolančane prekide u invaziji stranih genetskih materijala.
- Uspjeh CRISPR eksperimenta zavisi od sva tri tipa RNK.
Koja je razlika između crRNA tracrRNA i gRNA?
crRNA je dio gRNK CRISPR-a koji je komplementaran ciljnoj DNK, dok je tracrRNA drugi dio gRNK, koji služi kao skela za vezivanje Cas nukleaze.gRNA je kombinacija crRNA i tracrRNA, i jedna je od dvije komponente CRISPR-Cas9 sistema, koji prepoznaje ciljnu DNK i vodi nukleaze da naprave dvolančane prekide u ciljnoj DNK. Dakle, ovo je ključna razlika između crRNA tracrRNA i gRNA.
Sljedeća tabela sumira razliku između crRNA tracrRNA i gRNA.
Sažetak – crRNA vs tracrRNA vs gRNA
CRISPR-Cas9 sistem je imuni sistem bakterija i arheja. Ovaj sistem se koristi kao alat za uređivanje gena u biotehnologiji. CRISPR se sastoji od dvije vrste RNK, naime CRISPR RNK (crRNA) i transaktivirajuće CRISPR RNK (tracrRNA). Oni su zajednički poznati kao guideRNA ili gRNA. Ova RNK prepoznaje ciljne sekvence invazivnih patogena i vodi endonukleaze da naprave dvolančane prekide u ciljnoj DNK. Jednom kada se u stranom genetskom materijalu naprave dvolančani prekidi, endogeni mehanizam popravke (nehomologno spajanje krajeva; NHEJ) inaktivira stranu DNK uvođenjem mutacija. Dakle, ovo rezimira razliku između crRNA tracrRNA i gRNA.
