Ključna razlika između Coomassie bojenja i bojenja srebrom je u tome što je bojanje coomassie tehnika bojenja proteina koja koristi briljantno plavo bojenje coomassie, dok je bojenje s srebrom tehnika bojenja proteina koja koristi srebrnu mrlju.
Razdvajanje i identifikacija proteina su kritični koraci u analizi proteoma. Potrebna im je proteinska karakterizacija visoke rezolucije nakon gel elektroforeze. Postoje brojne tehnike bojenja koje uključuju različite boje kao što su anionske boje (coomassie brilliant blue), metalni katjoni (imidazol-cink), srebrno bojenje i fluorescentne boje, itd. Ponekad se mogu koristiti i radioaktivne sonde. Izbor tehnike bojenja zavisi od jednostavnosti, dostupnosti opreme za snimanje u laboratoriji, itd.
Šta je Coomassie bojenje?
Coomassie bojenje je tehnika bojenja proteina koja koristi briljantno plavu boju coomassie. Općenito se naziva coomassie blue tehnika. Coomassie brilliant blue je najpopularnija anjonska proteinska boja. Ova mrlja normalno boji gotovo sve proteine dobrom kvantitativnom linearnošću pri srednjoj osjetljivosti. Coomassie briljantna plava boja se nespecifično veže za gotovo sve proteine. Postoje dvije različite varijante coomassie brilijant plave boje: R-250 i G-250. R-250 nudi kraće vrijeme bojenja, dok je G-250 dostupan u osjetljivijim i ekološki prihvatljivijim formulacijama.
Slika 01: Coomassie bojenje
Coomassie boje su veoma popularne u studijama masene spektrometrije i studijama identifikacije proteina. Štaviše, biosigurna coomassie mrlja je neopasna formulacija coomassie blue G-250 koja je trenutno dostupna na tržištu. Prednost ove formulacije je što je potrebna samo voda za ispiranje i uklanjanje boje. Biosigurna coomassie boja nudi osjetljivost jednaku konvencionalnoj coomassie plavoj G-250, ali bolju od coomassie boje R-250. Nadalje, ima jednostavniji i brži protokol bojenja od konvencionalnog Coomassie blue G-250. Nedostatak bojenja coomassie plavom je što je manje osjetljivo u odnosu na srebrno bojenje. Bojenje Coomassie plavom je otprilike 50 puta manje osjetljivo od bojenja srebrom. Međutim, zbog svoje jednostavnosti u povezivanju, preferira se u mnogim studijama.
Šta je bojanje srebra?
Srebrno bojenje je tehnika bojenja proteina koja koristi srebrnu mrlju. Bojenje srebrom se koristi za bojenje i agaroznih i poliakrilamidnih gelova. Srebrno bojenje proteina u agaroznim gelovima prvi put su razvili Kerenyi i Gallyas 1973. godine. Kasnije je prilagođen za proteine u poliakrilamidnim gelovima koji se koriste u SDS-PAGE. Trenutno se bojenje srebrom također koristi za bojenje DNK ili RNK. Za bojenje gelova, gelovi se ovom metodom inkubiraju sa rastvorom srebrnog nitrata. Bojenje srebrom boji mjesta na kojima su prisutni proteini od smeđe do crne.
Slika 02: Srebrno bojenje
Intenzitet bojenja srebrom zavisi od primarne strukture proteina. Štaviše, čistoća upotrijebljenih posuda i čistoća reagensa također mogu utjecati na kvalitet bojenja srebrom. Međutim, nedostatak bojenja srebrom je u tome što nije u stanju otkriti sve proteine, posebno glikoproteine i proteine s velikim modificiranim grupama vezanim za njihove bočne lance.
Koje su sličnosti između Coomassie i Silver Staining?
- Coomassie i srebrno bojenje su dvije tehnike koje se koriste u bojenju proteina.
- Mogu da obole i proteine i DNK.
- Obje tehnike bojenja imaju nedostatke.
- Ove tehnike imaju slične korake, kao što su fiksiranje, bojenje i uklanjanje boje.
Koja je razlika između Coomassie i Silver Staining?
Coomassie bojenje je tehnika bojenja proteina koja koristi briljantnu plavu boju coomassie, dok je bojanje s srebrom tehnika bojenja proteina koja koristi srebrnu boju. Dakle, ovo je ključna razlika između Coomassie i srebrnog bojenja. Nadalje, Coomassie bojenje je manje osjetljivo od bojenja srebrom.
Infografika ispod navodi razlike između Coomassie i bojenja srebrom u obliku tabele za usporedbu.
Sažetak – Coomassie vs Silver Staining
Da bi se vizualizirali proteini, može se izvesti kemijska reakcija vezanja boje specifična za protein ili kemijska reakcija za proizvodnju boje. To se zove bojenje proteina. Coomassie i srebrno bojenje su dvije tehnike koje se koriste u bojenju proteina. Tehnika bojenja Coomassie koristi briljantnu plavu boju Coomassie, dok se za bojenje s srebrom koristi srebrna boja. Dakle, ovo je ključna razlika između Coomassie i bojenja srebrom.
