Ključna razlika između BLAST-a i FastA je u tome što je BLAST osnovni alat za poravnavanje dostupan na web stranici Nacionalnog centra za informacije o biotehnologiji, dok je FastA alat za pretraživanje sličnosti dostupan na web stranici Evropskog instituta za bioinformatiku.
BLAST i FastA su dva softvera koji se široko koriste za upoređivanje bioloških sekvenci DNK, aminokiselina, proteina i nukleotida različitih vrsta i traženje njihovih sličnosti. Ovi algoritmi su napisani imajući na umu brzinu. Jer, kada su naučnici uspeli da izoluju DNK u laboratoriji sredinom 1980-ih, pojavila se potreba da se uporede i pronađu identični geni za dalja istraživanja velikom brzinom. Stoga su ova dva softvera razvijena na način da korisnik može brzo pretraživati slične sekvence sa sekvencama njihovih upita.
BLAST je akronim za Basic Local Alignment Search Tool i koristi lokalizirani pristup u poređenju ove dvije sekvence. FastA je softver koji se odnosi na Fast A gdje A označava sve. Ovdje softver radi sa alfabetima poput Fast A za sekvenciranje DNK i Fast P za proteine. I BLAST i FastA su veoma brzi u poređenju bilo koje baze podataka genoma i stoga su veoma isplativi u novčanom smislu kao iu uštedi vremena.
Šta je BLAST?
BLAST je jedan od najčešće korištenih bioinformatičkih softvera koji je razvijen 1990. godine. Od tada je dostupan svima na NCBI lokaciji. Nadalje, svaka osoba može pristupiti ovom softveru i koristiti ga. Štaviše, BLAST je softver kojem su potrebni ulazni podaci ili sekvence u FastA formatu. Ali, daje izlazne podatke u običnom tekstu, HTML ili XML formatu. BLAST radi na principu traženja lokaliziranih sličnosti između dvije sekvence i kratkih lista sličnih sekvenci, a nakon toga traži sličnosti susjedstva.
Slika 01: Rezultati BLAST
Dakle, ovaj softver traži veliki broj sličnih lokalnih regija i daje rezultat pri dostizanju granične vrijednosti. Međutim, ovaj proces se razlikuje od ranijeg softvera, koji prvo pretražuje čitav niz, a zatim vrši poređenje, pa je stoga oduzeo dosta vremena.
Osim gornje provjere sličnosti, BLAST ima mnogo drugih upotreba kao što je DNK mapiranje, poređenje dva identična gena u različitim vrstama, stvaranje filogenetskog stabla, itd.
Šta je FastA?
FastA je softver za usklađivanje proteinske sekvence. David J. Lipman i William R. Pearson opisali su ovaj softver 1985. Iako je početna upotreba ovog softvera bila da se uporede samo sekvence proteina, modifikovana verzija je takođe mogla da uporedi sekvence DNK. Ovdje ovaj softver koristi princip statističkog pronalaženja sličnosti između dvije sekvence. Usklađuje jednu sekvencu DNK ili proteina s drugom sekvencom metodom lokalnog poravnanja sekvence.
Slika 02: FastA
Međutim, traži lokalne regije radi sličnosti, ali ne najbolje podudaranje između dvije sekvence. Budući da ovaj softver ponekad uspoređuje lokalizirane sličnosti, može doći i do nepodudaranja. U nizu, FastA zauzima mali dio poznat kao k-torke, gdje torke mogu biti od 1 do 6 i podudaraju se s k-torkama druge sekvence. Na kraju procesa uparivanja, kada dostigne vrijednost praga, proizvodi rezultat.
Koje su sličnosti između BLAST-a i FastA?
- BLAST i FastA su bioinformatički alati koji se koriste za poređenje proteinskih i DNK sekvenci radi sličnosti.
- Takođe, oba programa koriste strategiju bodovanja za poređenje između sekvenci.
- Štaviše, oba alata daju vrlo precizne rezultate.
Koja je razlika između BLAST-a i FastA?
BLAST je alat za provjeru sličnosti između bioloških sekvenci. S druge strane, FastA je još jedan program koji olakšava provjeru sličnosti proteinskih i DNK sekvenci. Međutim, u poređenju sa FastA, BLAST softver je veoma popularan jer daje preciznije i brže rezultate. Dakle, ovo je razlika između BLAST-a i FastA. Nadalje, za razliku od FastA, BLAST program se može mijenjati prema potrebama korisnika. Dakle, ovo je još jedna razlika između BLAST-a i FastA-a.
Infografika ispod o razlici između BLAST-a i FastA pruža više detalja.
Sažetak – BLAST vs FastA
BLAST i FastA su dva programa koja omogućavaju korisniku da uporedi svoj niz upita sa sekvencama u postojećim bazama podataka i provjeri sličnosti. Početna svrha FastA bila je upoređivanje samo proteinskih sekvenci. No, modificirana verzija ovog softvera olakšava poređenje proteina i DNK sekvenci. Iako je FastA dobar softver, većina ljudi koristi BLAST alat za poravnanje jer je popularniji i daje preciznije i brže rezultate od FastA. Također, BLAST alat se može modifikovati prema zahtjevima korisnika. Ukratko, ovo rezimira razliku između BLAST-a i FastA-a.
