Ključna razlika između Klenow fragmenta i DNK polimeraze 1 je ta što je Klenow fragment veliki dio DNK polimeraze 1 kojoj nedostaje 5′ do 3′ egzonukleazna aktivnost, dok je DNK polimeraza enzim E. coli koji ima sva tri domene uključujući aktivnost egzonukleaze od 5′ do 3′.
DNK polimeraza je jedan od ključnih enzima uključenih u replikaciju DNK u živim organizmima. Postoje različiti oblici enzima DNK polimeraze koji se nalaze u eukariotima i prokariotima na osnovu veličine i oblika. DNK polimeraze 1, 2 i 3 nalaze se samo u prokariotskim organizmima i igraju različite uloge u replikaciji DNK. DNK polimeraza 1 ima tri domena sa aktivnošću 5' do 3' polimeraze, 3' do 5' egzonukleaznom aktivnošću i 5' do 3' egzonukleaznom aktivnošću. Klenow fragment je proteolitički proizvod DNK polimeraze 1. Posjeduje 5 do 3′ polimerazu i 3′ do 5′ egzonukleazne aktivnosti intaktne DNK polimeraze 1, ali mu nedostaje aktivnost 5′ do 3′ egzonukleaze.
Šta je Klenow Fragment?
Klenow fragment je veliki dio DNK polimeraze 1. Za razliku od DNK polimeraze 1, aktivnost 5′ do 3′ egzonukleaze se ne vidi u Klenow fragmentu jer mu nedostaje 5′ do 3′ prednji domen egzonukleaze. Klenow fragmenti se proizvode varenjem DNK polimeraze 1 sa proteazom zvanom subtilizin, koja je enzim za varenje proteina. U nekim aplikacijama, aktivnost 3′ do 5′ egzonukleaze Klenowovog fragmenta postaje nepoželjna. Može se ukloniti uvođenjem mutacije u gen koji kodira Klenow fragment. Rezultirajući enzim koji ima samo aktivnost polimeraze od 5' do 3' poznat je kao egzo-Klenow fragment. Morfološki, fragment Klenowa podsjeća na ljudsku desnu ruku. Ima N-terminalni 3′-5′ egzonukleazni domen i C-terminalni domen polimeraze razdvojene sa oko 30 A.
Slika 01: Klenow fragment i DNK polimeraza 1
Klenow fragment je važan alat u molekularno biološkim tehnikama. Klenow fragmenti imaju višestruku upotrebu. Oni su izuzetno važni u kloniranju tupih krajeva kako bi se proizveli tupi fragmenti. Klenow fragmenti mogu ukloniti 3′ prepuste ili ispuniti 5′ prepuste kako bi formirali tupe krajeve. Štaviše, Klenow fragmenti se koriste za sintetizaciju dvolančane DNK iz jednolančanih lanaca. Nadalje, koriste se za pripremu radioaktivno označenih sondi koristeći aktivnost DNK polimeraze zavisnu od 5’ do 3′.
Šta je DNK polimeraza 1?
DNA polimeraza 1 (Pol 1) je enzim koji se nalazi u prokariotima koji je neophodan za replikaciju bakterijske DNK. To je prva vrsta DNK polimeraze koju je otkrio Arthur Kornberg 1956. Pol 1 je najzastupljenija polimeraza u E. coli. Kodira ga gen polA i sastoji se od 928 aminokiselina. Sastoji se od tri domena. Sve tri domene ispunjavaju različite funkcije. Dva domena provode 5′ do 3′ egzonukleaznu aktivnost i 3′ do 5′ egzonukleaznu aktivnost. Zbog ove aktivnosti koju posjeduje Pol 1, popularan je kao enzim za popravku DNK, a ne kao enzim za replikaciju DNK. Treća domena ima sposobnost da katalizira višestruke polimerizacije (5′ do 3′) prije oslobađanja šablonske DNK i povezivanja Okazaki fragmenata zajedno popunjavanjem nove DNK i uklanjanjem RNA prajmera.
Slika 02: DNK polimeraza
Pol 1 izolovan iz E Coli se intenzivno koristio u molekularnim aplikacijama. Međutim, kada je Taq polimeraza otkrivena, zamijenila je E Coli Pol 1 u PCR tehnologiji. Taq polimeraza je vrsta termostabilne DNK polimeraze koja pripada Pol 1.
Koje su sličnosti između Klenow fragmenta i DNK polimeraze 1?
- Klenow fragment je veliki dio DNK polimeraze 1.
- Imaju aktivnost DNK polimeraze zavisnu od 5’ do 3′ i aktivnost egzonukleaze od 3’ do 5′ koja posreduju u lekturi.
- Koriste se u više namjena.
Koja je razlika između Klenow fragmenta i DNK polimeraze 1?
Ključna razlika između Klenow fragmenta i DNK polimeraze 1 je ta što Klenow fragmentu nedostaje aktivnost egzonukleaze od 5′ do 3′, dok DNK polimeraza 1 ima 5′ do 3′ egzonukleaznu aktivnost. Dakle, Klenow fragment ima dva domena, dok DNK polimeraza 1 ima sva tri domena.
Infografika ispod pokazuje više detalja o razlici između Klenow fragmenta i DNK polimeraze 1.
Sažetak – Klenow fragment protiv DNK polimeraze 1
DNA polimeraza 1 je enzim E. coli koji ima tri domena kao 5′ do 3′ domen polimerizacije, 3′ do 5′ egzonukleazni domen i 5′ do 3′ egzonukleazni domen. Klenow fragment je veliki dio DNK polimeraze. Nedostaje mu jedan domen DNK polimeraze 1, a to je 5′ do 3′ egzonukleazni domen. Ključna razlika između Klenow fragmenta i DNK polimeraze 1 je u tome što Klenow fragmenti nemaju 5′ do 3′ egzonukleazni domen dok DNK polimeraza 1 ima 5′ do 3′ egzonukleazni domen.
